Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SNCA_0001700

Sequence Length

612 nt

GC Content

0.3905

AAGCAUCCAAAAUACAAACCAUCUAAGAGGCAAGAAAAUGUCGUGAUGUUCCUAGUGCAAGUUAAAAAGAUUUGCUUUCCUCAAGUCGGAAAGCCCUUCUCAUUUUUGAGGUUUUUUUCUUCUUUUUUUUUUCAAGUGAAAGCAUUUUGGAGGAGUCAAUAUCCAUCUUUAAAGGUAGCCAGGUCACAUGUAUACAUAUGUAACUAACCUGCACAAUGUGCACAUGUACCCUAAAACUUAAAGUAUAAUUUAAAAAAAAAGAAUUUAAAUAAAAAAAGAAAAUCAGAGAGAAAAAAAAAAAGAUGCAUGUGCACCCUGAUACUACCAUCCAUAGUGAUACGGUUUGGCUUUGUGUCCCCACCCAAAUCUCAUCUUGAAUUGUAACCCCCAUGUGUUGAGGGAGGGACCUUAUGGGAGGUGAUUGGAUCAUGGGGGUAGUUUCUCCAUGCUGUUCUCAUGAUAGUGAAUGAGUUCUCAUAAGAUCUAAUGGUUUAAAAUCAUGGCACUUCCUUUUGCUCUCUCUUUCUCCUGCCAUGUGAGGUGUGCCUUGCUUCCCCUUCCCCUUCUGCUAUGAUUGUAAGUUUCCUGAGGCCUCCUCAGCUAUGCAGAACG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-140.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -151.98

Frequency: 0.0000

Diversity: 181.70

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((...........((((((.((((((((.(((.((((...................(((...(((((((.......)))))))...)))))))..))).))))))))))))))....(((((....))))).))))))))(((.......))).........(((((.((((.(((((((((................(((((...)))))..(((((..(((...)))..)))))(((((((.........)))))))................................)))))))))...))))...)))))...((..((((...(((((((....(((....))))))))))))))..))....((((((.(((((.((.((((((((((.((((((((((.(.(((..((((((((((((((........))))))))))))))....))).).)))))))))).....((((((...))))))((((........)))).))))))))))..)))))).).))).)))..)))))(.........((((((................((((((...))))))....)))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,.....................((((((((((,,.((((((((({{{(({..,((({{({.....}}}}}||(((((.......)))))}}...|||{{....))))}{((((((((({((((((((((((((((....))}}}||||(((.......))).,{{{{{,,{{{,,...(((.((((((.(((((.((((.......))))..))))).))))))}}),}...,}})}}})....{(((({{.........})))))}..,,}}))))}}..}))))))))}},.....{{|{{,.{||||{,,||,{,,{{{.||.{{..{{((...(((((((....(((....))))))))))))))..)).,,.}}}.,{(,((.,.,,)},)))}))|}}((((((((((.(.(((.,((((((((((((((........))))))))))))))..,.))).).)))))))))),{{....}}|.....))))))))).,,..}))))).))))}}}|,|,{,||,,,|{||||,|,|||{|}},},..,||....,(({{{...|,..,.,,,....{{||||,,.)))))},.,,))))}}.)