Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SNX29_0002600

Sequence Length

2515 nt

GC Content

0.4569

UGCCAGAUCCGCUUUGGAGGGAGAAAGGAGAUUGCCUCGGAUUCCGACAGCAGGUAAAUAUGUCACUUCUAAAACCGUUGACCAUCGAGGUUGGAAAGGCGGCAGAAGGUGGCCGGCUUCUAAAACCGUUGACCAUCGAGGUUGGAAAGGCGGCAGAAGGCGGCUGGCUUCUGGGCUCUGCCUCUGCAGCCAAGAGGUGCAGCGCUGAAAUUUGACUCAACCGUGGACUCUGUGCGGUGACUGCUCAUCUCCAACACUCCACAUUUUCCAUAAUUCUCUUUCUAGGAAUCUAUUCUGAGGGAAUUAUUCGAGAUACCUUUCCAUAUAAAGUUAUUUUCAGGGUAAUUAAUAAUUAUGAGAACUUGGAUGCCUAAAUACCCAAGAUUUGGGAAAUGGUUAAUAAAAUAUAGUGCAUUAAUGGGGUGGAAUGUUAUAUAGCCAUUAAAAAUGAUGUUUAUGUAGAAUUUGUUUUCAACAGAAAAAUGCAUAGGUAGUGAUUUAAAAAUUACAUAUAUAGUAAAAAGGCAUAUGUUAUAACAAGAGCAGGAUCCGAAAUUCUAUGCGUAUGGAGUGGUCCUAGCUAUGUUAGAUAGCACCUCUGGCCAGAACACACCGAAACGUGGCCUGAGGUAGCAGUAGGGGUAAGAAUACUGGGAAUAUUGCUUUCUAGUAUUUUUCACAUUUUUUAUUGUGAUCAUUUGUUCCUUUUAUGACAAAAAUAAUUCCUAAAAAUGGGCCGGGUGCGGUGGCUCAUGCCAAUAAUCCCAGCACUUUGCAAGGCUGAGGCAGGUGGAUCACUUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGGCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUGAAAACACAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGUGCACACCUGUAGUCCCAGGGUCUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCCAGGCUAAUUUUGGGGAAAAUUAAGGGUUUAGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCGCGCCACUGUACUCCAGCCUGGGUGACAGAGUGAGACAGGAUGAGACUGUGUCUCAAAAAAUAAAAUUCGGCUGGGCGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGCGGGUGGAUCACGAGGUCAGGAGUUCGAGUCCAGCCUGGCCAAGAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCAGGCACGGUGGCGGGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGACUGAGGCAGGAGAAUUGCCUAAAUCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUUGCGCCACUGUACUCUAGCCUGGGCGACAGAGCAAGAUUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAUUCCUAAAAAUGGCCAUUGACAUUCACGACCCAGGAAAGGCUGACAUCAUUGCAUAAGCUGAUAACAUUGGCUGGAAGGAGACACAUAGGGCUUGGUAAAGGUAGGAGACACAUAGGCAUCCAGUCCUUGCUGCAAAUGCGUUGUGAGCUCAGUCAGAGCUGAUCCUUGCUCUGUAGCCCCUGGGGUGGCAGGAGGGACAUUCCUGUGUGGGAAGGAAAGGGAAGGGAACUUGCUUGCUCAAUGUUCAUCUCAUCCUGGAAACUGUUCAUGUCCCCCACCCUCUCACCCUAGCCCACCCUCCUGUGUCCAUCGUUCCUCUUUCUGUCCUUUCCUACCCUUGUUCUUUUGUAGAAUUUUAACAGCCAUGAGAAAGCAUGUAGACCUUCCUGGAAUAGAGCCACGUGGAUGAUUUGAAACUGGCACAGAUUUAAAAUGAUGCACCCUAUUAUCCAUUCCUUCUUUGCUUAGGUUUUCUCCAUUGCACGUAUUACCAUCCAACAAACUAUAUAUACAUUCGGCUUUUUAAUUUUGCCUAUUACCUGUCACUAUAAUGUCGGCUCUGUGCAGGCAGGGAUGAUUUGCUGUCUUGUUUACAGAUGUUUCUCUAGUGCCUAGAAGCAUCUAGAAGGUGCUCAGUAAAAAUUUGUUAUCCGGAUGAGCGUGUGUAUCACAUUGUACUGUAGUCAAGCAUUUAAAUAUGUGUGCCACCACGAAGCCUGUAAGAUUUGAAGGCAGAAAGGGUGUUUCUCCAUUUAUUUUUAAAAUUUUACUUCUCAGUGUUGUACACAAGCACUUUGUGCCUGUCGUACAUUAGAUUCUCAGUAUAUGUUUGUGGCAUUAGAUCAUUCGACUGAUUGAUCAAUUUAGUCCUUCUUGAGGGCCUACUAUGGGGCCUGGCCUUGGUCCACACAGGGAUCCAAGGUCUGCUUGCAUCAGAAUCACCUGGGAGGCUUAUUGAUUAAUGAUCCUGUGUCUAAGUCCUGUCCUAGUUGUACUGGAGCAGGAUGUGUAUAUGUGCAUGAGUGUGUGUGUGUAUGCCUGAAGCCGAGGAGCUUGCUGAGAAUUUGCAUUUCAACAGGACUCCCAGGUGAUUCUGCUGGACACCAAAGCUUCCAGUGCAAUCACUGUUCCAGGGUCUGGGAUGCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-814.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -861.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 634.23

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((((((((((((..((((....(((.....)))...))))....(((((((.....((((.(((......((((((((.((..(((((.(.((((((((((((.((((((.(((((....(((((..(((.......)))...))))).))))).)))))).))))))....)))))).).)))))..))))).)))))..)))...)))).....(((((.(((((((((((..(.(((((.((.((((.((((((((((((((((((((((((..(((....)))....)))))))))))..((((((.((((......)))).))))))((((....................))))..(((((.....((((((((((((((...(((((((...........((.(((((((((...(((((...(((((.....((((.((.((((((((...((((((...))))))....))))))))..)).)))).....((((.......))))...(((...((((.(((((..(((((((((....(((((((....))))))))))))).))).)))))))))(((((((.(((((...............))))).))))).))..(((((((.(((((((((((((......)))))))))))))(((((........)))))...((((((........))))))....)))))))...((((((((.......)))))))))))......((((((.(((...))))))).))((((((...)))))).((((..(....)..)))).)))))...)))))......)))))))...)).))...........)))))))(((((((......)))))))....))))).)))))))))......))))))))))))(.(((((((((....(((((((....))))))).))))))))).))))))))))).))))))).)..)))))((((((((.(.((((((.((((.......(((((((.(.......).))))))).........))))))))))).))))))))............((((((....))))))(((.((((((((.(..((((.((((((((.............)))))))....).))))..))))))))).)))...................(((((((........)))))))...((((((....)))))).....((((((.....))))))...((((((((((((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).))))..((((.((((((((.................................((((........))))........(((((((((.((............(((((((...)))))))((((.((((((((.((((..(((..((((..(((..(......)..)))...))))((((((...(((..((.(((((.....))))).))...)))..))))))..(((((((((.(((.((((((((((.(.((((((.(((..((((((........))).)))....))).)))))).).)))........)))))))....))).))))))))).)))))))..))))))..)).))))....)).).))))))))...)))))))).))))..............((((......))))........))))))))))))))))).(((((((((((...((.(((((((......((((((((.(..((((((..........(((...((......))...))).((((....................))))....(((...........))).....((((.(((...............)))))))...(((((((((((((.....(((..((((((((((.........))))))))))..))).....))))))......)))))))))))))..).))))))))...(((((((.((((..((((..........))))...(((..((...((((((((((((((.(((((.....))))))).)))).......))))))))..))..))).((((((((.((((...)))).))).)))))...))))..))))))).))))))).)))))))))))))((((((.........))))))........((((((......))))))(((((((((((......))).)))))))))))))))..((((((((((((((((..(((((....)))))((((((......(((((((.(((((...))))).)))))))((((((((((((((....))))))))))))))...((((......))))..(((((.......))))))))))))))))))))))))))).......)))))))...(((((....))))).....)))))))).)(.....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.(((((((((((((((.{{{({..,{(,{,{{{{||(({...))}}..{{{{{{{.....((((.{{{......((((((((.((..(((((.(.((((((((((((.((((((.(((((....(((((..(((.......)))...))))).))))).)))))).))))))....)))))).).)))))..))))).))))).,}},...)))).....(((((.(((((((((((..{.(((((.((.((((.(((((({(((((((((((((((((..,{(((.....}))))))))))))))..{{({,,.{{((,,,...,,||,|}||{{({{{|{,,|,....,,},)}}}}}))))}}(((((.....((((((((((((({((((((({{((.{{({(..(.(({{...,.)})).}}}})),)}))))))))........{.{(((((((...((((({...})))))....)))))))},,((((({....}))))),{{{{{.{{......))})}}||,.(((((..(((((((((....(((((((....))))))))))))).))).)))))..,,{{(((((.(((((...............))))).))))).}|,{((((({{.(((((((((((((......)))))))))))))(((((........)))))...((((((........)))))}.....,,(({,....,}|{(((,,,.|||((((.,..}}},....,{|((((.(({...,}}))}|,||(,((,(..{||||||.((((((..,,,...}}},...))))))..,,.)))})..)))})))))}}}}}...............|{,(((((((......)))))))},.,)))))))))))))))......))))))))))))|.(((((((((....(((((((....))))))).))))))))).})))))))))).))))))).}..)))))((((((((.{.((((((.((((.......(((((((.(......,).))))))).........))))))))))).))))))))...,((((,...((((({....}))))){{{.((((((((.(..((((.((((((((.,...........)))))))....|.))))..))))))))).}}}.................,,|||||(({{{{{{,,|||||||,,,(({({{,,.,||||}}.....((({{(,,...||||||...||||||,|||{{{|,,|{(((({.{||,.....},))))))))}}))}.})))}}},..,)).))}|,,},}},,,,................,,,,.....,|})}}.}}}.,}}},,,...((((({{{(((({,(((,.,,.{,,..((({.,,,((.,((,,((((((,((((,{.((((..{((,..({({(((((.((((.(.((((.((((....))))...)))).})))).(((....((((((........)))))),)))..(((((((((.(((.((((((((((.{.((((((.(((..(((({(.,..,.,.))}.}}}....))).)))))).}.))),.......,))))))....))).)))))))))....,}))))))},,)}),,,..})},}.,.))))))))))..)),.))}|||..,..}}},...,..)))),}})....,},)))))).))))))))).))))))))))).(((((((((((...((.(((((((.,,...,((.(((((((.{{..({.{{(,,((,,,{(.,(((((((.......(((((((({............{{((((,,{,(((((((......{{(((({{,...((((((((((......)).)))(((((((((((((.((....)).)))})}}))..)))))......((((((((......))).))))))))))....)))))},}}......))))))).,,(((((...)))}}})),.}}}}}}...,.,....}))))))))}.......))))))))})))}...)))))..)).))))))).}}....|||,....,,,,....{(({....,,||.((((((((.((((...)))).))).))))).,,.......)}}},}.))))))).)))))))))))))((((((.{.....,.)))))).......,((((((......))))))(((((((((((......))).))))))))}}}}}}|,.((((((((((((((((..(({({....}}}},((((((......(((((((.(((((...))))).)))))))(((((((({{((((....})))))))))))))...{(((......)))},|,{{{{....,,.}}))})))))})))))))))))))))).||.,..)))))))...(((((....))))).....)))))))).)(.....)