Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SNX29_0003400

Sequence Length

692 nt

GC Content

0.5087

GCAGAGGUUGCAGUAAGCCGAGAUCACACCGUUGCAAUGCAGCCUGAGUGAGAGAGUAAGACUCUCUCAAAAAAAUAAUUAAAAAGAAGAAGAAAGUUGAAUCUCAAGAGGGAAAGUCAGCGAACAUUUAAAAAUAACUUAGGACUGACAAGAUAGAUGAGUUGCCUCCCUUCCUCACCGCUGAUAGCUGGCCCGGCCCUGGAGUUGAGCUCAAAUCCACUCACUUCCCUCCAACUCCUCUCCUGGCCCGCGGUCCCCAUCACCAGCAUCUCACAGCAUGGCCGCUGCAGCCUUAGGCUCUUCCCAUUCGUUCUUGUCCUGCUUCCACCACAUUGAAUGCAGAAUGCAGAUUCCCUCACCUCAUGCUCCCUUGAAACCUCCCAGCUGCCUUGUCUUUGCUCUUGGGAGAAAGACCCACGUCCUUAACACAGCCUGGAGGCCUCACAUGCCCUGCUCUCUGAUCCAGCCAUCUGCCCUUUUUCUCCUUUUGUUUUUAAAGCUUUUCACUACUUUUUCUUUCUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCCGGAGUGCAGUGGCGCUAUCUCGGCUCCCUGCAAGCUCUGCCUCCCAGGUUCACGCUGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAUGUAGCUGGGACUACAGACGCCCGCCACCAUGCCCAGCUAAUUUGUUUGUAUUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-215.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -224.51

Frequency: 0.0000

Diversity: 152.80

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.((((((..(((((((((..(.((((((((.(.(.(((((.((((.(((((.(((((((((((((((((.((..((((((.((..(((((((......((((((((((((...(((..(((((((.........((.(..(((((((..((((((.(((...........(((((........((((.((....(((((((((...................)).)))))))...)).)))).)))))...........))).))))((((......)))).((((...))))........))..))))))).).)).........)))))))((((..((((............((((......(((..(((((..((((....((((((.(((....)))))))))..............))))..)))))..)))))))..))))..))))...........)))...))))).))))))).......)))))))..)).))))))..)).)))))))))))..)))))).))))).)))).))))).).).)))))))).)..)))))))))..)))))).))))))......(((...((((((..((((((..((........))..)).))))..)))).))...)))...((((..(((......))).)))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.((((((..(((((((((..(.((((((((.{.(.(((((.((((.(((((.(((((((((((((((((.((..((((((.((..(((((((.,,...(((((((((((({{{((,...,,,,,..........,,|.}}|||{{(,,,((((,({{(,..............(({{.,.({.((((.((.,..(((({{(((...................,,.,}))))}.,,)).)))).)}|||.......,,},)),.|,,,.((({.{{{.},||.,((({{{|||{........,}..||||||}{{{{|{,........}))),)|||,..{{{{,..........{{{,,......|||..,(((({{(,,({...,,....}|.,,}}}))),},|||....)},.......,)))}})))))}.,))...)}},)))}.,,})}..}}}},,}}))}...,)))).)))))))...,,..)))))))..)).))))))..)).))))))))))}.,)))))).))))).)))).))))).).}.)))))))).)..)))))))))..)))))).)))))).....,(((...{(((({..{{{{{{..{{,,......})..)),))))..}}}}.}}...}}}...,,{|..{||......))}.))},.....