Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SNX29_0006300

Sequence Length

687 nt

GC Content

0.5764

AGCCCGUGUUCUGGUACUACGUGAAGGAGGUCCUCAACAAGCACGAGCUGCAGCGCUUCUACUCCCUGCGCCACAUCGCCUCAGACGUGGGCCGGGGUCGCGCCUGGCUGCGCUGUGCCCUCAACGAACACUCCCUGGAGCGCUACCUGCACAUGCUCCUGGCCGACCGCUGCAGGCUGAGCACUUUUUAUGAAGACUGGUCUUUUGUGAUGGAUGAAGAAAGGUCCAGUAUGCUUCCUACCAUGGCAGCAGAUGCCCCCCUCGGAAGCCUGGAGAACGGGACAGGACCAGAGGACCACGUUCUCCCAGAUCCUGGACUUCGGUACAGUGUGGAAGCCAGCUCUCCAGGCCACGGAAGUCCUCUGAGCAGCCUGUUACCUUCUGCCUCAGUGCCAGAGUCCAUGACAAUUAGUGAACUGCGCCAGGCCACUGUGGCCAUGAUGAACAGGAAGGAUGAGCUGGAGGAGGAGAACAGAUCACUGCGAAACCUGCUCGACGGUGAGAUGGAGCACUCAGCCGCGCUCCGGCAAGAGGUGGACACCUUGAAAAGGAAGGUGGCUGAACAGGAGGAGCGGCAGGGCAUGAAGGUCCAGGCGCUGGCCAGAGAGAACGAGGUGCUCAAAGUCCAACUGAAGAAAUAUGUAGGAGCUGUCCAGAUGCUGAAAAGAGAAGGUCAAACAGCUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-246.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -255.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 124.92

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((((((.............((((((.........((((.(((.(((((.........(((((..((((.((......)).))))..))))).........)))))))))))).........)).))))((((((((((((((...(((((.((((.....(((((((((((((..((((((....))))(((((.(((((.(.........).))))).)))))..((((((......((((.....))))......))))))((((((((((((..............)).)))))).)))).....(((((((.((...((.((((((....)).)))).)).)).)))))))..))..))))))))..(((((((((((....((((.((((.(.((.....)).).(((((.(((((((...))))).)).))..)))...))))...))))..))))....((..(((((((((.......))).))))))..))......((((((((..(((.....(((((....))))).....)))..)))))))).))))))))))))))))))))).))))...))))))..))))..)))))).)).)))(.....((.((...........)).))((((((...(((.((......))...)))..))))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.((((((,,..,..|,,...(({{{,,}.......((((.{((.(((((.........(((((,.((((.((......)).)))),,))))).........)))))))))))).......,.,,.}}}}((((((((((((((...(((((.((((.,,..({{({((((((((..({((((....))))(((((.(((((.(.........}.))))).)))))..((((((......((((.....))))......))))))((((((((((((.,.........,..)).))))))}}})).....(((((((.((...((.(((({(....}}.)))).)).)).)))))))..))..))))))))..(((((((((((....((((.((((.{.,{.....||,..{{{|||(((((({...})))).)).,}..}})...))))...))))..))))....((..(((((((((.......))).))))))..))......((((((((..(((.....(((((....))))).....)))..)))))))).)))))))}))))))))))))).))))...))))))..)))).,)))))).)).)))(....,((.((...........)).))|(((((...{{{.((......,,..,)))..)))))}...)