Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SNX29_0008900

Sequence Length

2604 nt

GC Content

0.5230

GUAGGAAUGGGAGCCGGGAGGCACGGGAGUCGGGGUGUGGUUCAGGGCCAGGGGGAGCUCACUGAGAUGCAGAAGUGAGAGAGGGCUUGGCUUCUCUCCCUGAACCUGGGUAUCCUGAGGUGCUCUCCGUGGAGUGAGUGUUGGGCUGAACCAGCUGGCAAGUCACCAGGGCCUGCAGGCCUGUUUUUCUCCCUUACCAGUGGCCCGUUGAACUUGGUCGUUUAAAAGCUGACCACAAAUAGUGACCACGAUUUUGCCUCUUUGGAGAUGCAAGAAGGUAACUGAACCCCUGUCUGUAAAGGCCCUGCCACCCUGUGCAGAAAAGUGCUUGGGGAUCAGGAAGUAGCUUGGUUAAAAGCUGUUUCUGGGCUGGGUGCGAUAUCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGUGAAGCCGAGGCGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAGCCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUAUGGUGGUGUGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCACGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCGAUAUCGUGGCACUGUACACCACCCUGUGUGACAGUGAGACUCUGUCUCAAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAUGUCUCUGGUAUGGGUAAGCAUUUUUGCACCAUUCCACACGGUUGAGCACGUGCCCGUGUGGUUUGUUAUUGUUUUCUUUAGUGCAGGUCAUGGGGAGGACGUGGUUGAUCCCAGCUGGCCUGUGGGGUGCAGUGUAAUGCAGCUGGCACAGCAUCUGGCUCAGAGAAGUGCCCAGUUGCUGUCCCUGCCCUCAGAACACCGCUGGGUCAGAGAAGACUUGGCCCAACCUUCUUAGGCGCCUCCUCGUUUUCUUAGGAAGUGAAUGUGCCUUCUCUGGGCCCAGAUUUAGGAAAUUAUGACUGGAGCCCACUAAUCACUCAGGAAGCUGUUGAAAUUCUGAACUGGGGUGUAGAUUCUUCCUGUCACUUGGCAGGGAGCAUAAACCUACUCAAACUAGCUGAAGCACAGAGGCAGGGCGGGGACAGUCACUGGCAGCAGGACGGGGCCAGUCAGAUGCAGUACUAGCUCUAGAAAGUUGAGUAAGCCUGAGUGCAUUACUGCUCUGAGCGUCAGCAUUCCUGGCUGUUAAAUGAGGCUGAGUGCUUCCUGUCUGUCAGUUGCUGUGUCCUCAUCUGGAAAAUGGGGAUGACAGUGACAAUGAGAGCCAGCAUUUGCAAAGCCAAAGGAGCCCUGCACUGCAGUGUGGCUGACCCUGAUGAACUCAUCUGCUCUUGAGCACAGUCCUGUGAGAGUGGGGGGUGUGAUUAUAUCAGCUACCUUUGAGAUCCACAGUGAAGGCGCCUUGAGUUAAUCUGGGGAAGGUGCCAGGCACAUGCCAAGGCCCCUGGUGAGAGCUUCAGGGACAUCUUGUCCAUGGCCCAGGAGCUGGGGCGUUGGCAUGGAGGGGGCUUUCCUGACUUGGUGGGGUGCUGUCAUCUUUCUUAUGUGGCCUCCCUCCACUUCCUGAUGGGGGUCUGCCCACCUCUUCUUUUCCUAGUCCAUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGGUGGAGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCAUGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCGCCUUCUGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCUUCCAGAUUAGCUGGGAUUACAGGCAUGCACCACCAUGCCCGGCUAAAUUCUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGCGUUUCGCCAUGUUGGCCAGACUGAUCUCAAACUCCUGACCUCACGUGAUCCACCUCCUUGGCCUCCCACAGUUGCUGGGAUUAUAGGCAUGAGCCACCGUGCCCGGCCUUUUCUAGUCCGUCUUUGCUCCCUGUUCAUUCUCAUGCCCUCCUUGGCCCACACCAUGCCUCAGUCACAUGACCUUCCAUACCAACUGGAAUUUCUCAUGGGUCUCAGUUGAGGUCCCCUAAAAGUGACAAUCUCGUAGGCCUAGCUCAUGUUUGCAGGCCAGGCCACCGAAGUCCUGCAUUUCUAGACCAUCCAUGGUCCAAAUAGCCAAAGGUUACGGGGUUGGUGACCUUGCUGAUGCCUGUUCAGCGGCAGUGUAGAUGCAGGCAGGUCAUCUGAGGAGGGGCAGGGGCUGGGAGAGAGCAGGUGGUCCCAGGAUGUGUCUAGGACCCCUGGGGAGUUUUGAAUGUGUGUUCACAGGCUCUGUCUCAUGAAUCAAUUUCCUGCUCACCUUGUCCCGUUCCCCAUGGAGGGGUCUUGUAGUUGGGUUCUUGAAUUAUUGUGGAACCGUGAGGUGCUUGCAGUAGGUGGUCUGAUUGUUUUGGCAGCUCCUUUGCCGCUUAGCUGGGCCCCCUGAACCAUCAGACAUCCGGGUCAGCUCCUUUGCCGCUUAGCUGGGCCUCCUGAACCAUCAGACAUCCGGGUCUCCUUUUUCGUGCAUGUUGGGCUUUGGUCUUAGAGAACCCAGAGCUCUUCCUGCUCUUCUGGGCUUUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1221.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1263.28

Frequency: 0.0000

Diversity: 537.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((.(.((((((.((..(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((...(((.....))).((.((((((((......)))))))).))..((((.((....)).))))))))))).))).......(((((......))))).((((((..((((((..(.((.((((....................)))).)).)..))))))........(((((.(((.(((((((((((((....((((((.((((......)))).))))))..((((((....(((..((((((((.(((((((..(((......)))..))))..((((((.((((((......))))))))))))(((((((((((....(((((((((((((((((((((((.((.((.(((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((.(((((.(((.((((.(((((((((((((((((((((((((.(((.(((.(((.(((.(((............................(((.(((((((((....))))).)))).)))...((((((.(((((.(((.((((((((((.((((.......)))))))))))))).)).).))))).))))))...(((((((....((.((((......)))).))))).))))...(((((..((((((((((.(((.((((((((((((((...........((((((((.......)))))))).(((....))).(((((.((((((((...)))))))).(((((.(((..(((((((((...(((....)))...)))).)))))........((((((...........)))))).((((...((((((.(((((((((....))))))))).))....)))).....))))..))))))))))))))))))))))))))).)))))))((((..((((((...(((((.((((((...((((.((...(((.....)))))))))....)))))))))))((....))..((((((((..((((((((((.....)))).(((.((.(((((((((((((((((((.......)))))))).))))))))..))).)).)))))))))...))))..))))))))))..)))).(((.(((.((((((.((.(.((((........))))((((....)))).((((((((((.(((((...))))(((((...(((((......((((.(((((((((((((......((((((((.((.....((((((((.(((((.......((((((.(((.(((.......))).))).))))))))))).))))))))...)).)))))))))))))...)))))))).))))...))))).)))))).))))))))))..).)).)))))).)))))).....))))))..)).)))....))).))).))).))).))).)))))))))))))))))))..)))))).)))).))).))))).)).)))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))).))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)).)).)).)))))))))))))))))))))....)))))))))))..((((((.(((((((.(((.(((((((.((((((.(((((...((.(((........((((((....(((((((((((.......)))).....(((((((((((....)))).)))......)))).....(((..(((((.(((((....))..))).)))))..))).(.(((((((((...(((((....)))))......(((.((((((((.......))))))))(((((.......)))))))).....))))))))))))))))))))))).))).))))))))))))).))))))).)))...)))))).).))))))....(((((((....((....(((....((((.....((....))........))))..)))....))...)))))))))).)))))))).)))..)))))).....(((((((((.(((....)))..)))))))))))))))..)))))))))))))))..))))))(((((((((((((((((((....))))......)))...((......)).)))))))))))).))))))))).....)))))).)).)))).....)))))...)).)))))).)))))).((((((((((((.......))...))))))..))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((({,(.((((((.(,..(((((((((((.(((((((((((((({(((.(((((((.(.((,(({{{({,.{(.((((((((......)))))))).)}..,{{|,{|},,.)).))),))))))).))).((((.(({{,(((((...))))),}}||.)))){{(((((.{{.|||},,..........,..,,.,,(({{{{{({,...{(({{{,.....{{{{|||||.,{{{{{{|{{{||..,{(((((({{,,,.}}..}))))},)))})..((((((..,.((|,.{{(((((|.{{,((((,.(((......))).,))))..((((((.((((((......))))))))))))(((((((((((....(((((((((((((((((((((((.((.((.(((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((.(((((.(((.((((.(((((((((((((((({((((((((.(((.(((.(((.{((.{({.....................,|,,,,,,,{..{|||,,,{||..,,}||,||{..((((((((....{(....)}))))))))..))..,,,{.......,,)}))}|{.|,|{(((((((.({((,{((.((((((.((..{.(((((.((((.(....(((((((((((..{.((((...))))}..)))}}}))))))..,},))))))))).,...))))))))))}((((.(((...((((.(((...(((((.((((((((.{(((({{{{|||.{.{{.((((((((..(((((((((...(({....}}}.,.)))).)))))......,.(((({,..|,,..,...,}}}}}((((((((.{..{,.(((((((((....))))))))).}}...{{{{(((..({..((((..((.{((,((((({,(((((.(((((((..((.((((..((((((...(((((.((((((...((((.((...(((.....)))))))))....)))))))))))((....))..((((((((..{(((((((((.....)))),(((.((.(((((((((((((((((((.......)))))))).))))))))..))).)).)))})))))...)))),.,)))))))))..)))).))))))))).))))).,,....},}))))),})).)),}}}},.,))..))))))){(({{{{{{...}))),}})}}),},),)))).))))))))))))|)),),},..}}}}}}}))}||||,,.}}}((((((((.(((((.......((((((.(((.(({.......})).))).))))))))))).))))))))))))))))...)))))...))).))))...))).))))......{,((({,{({{{{{......),,))))),}.)))))),,),))}},,)),}}.)).....,,},}}},})},))}.))).))))))))}))))))))))..}))))).)))).))).))))).)).)))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))).))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)).)).)),}))))))))))))))))))))....)))))))))))..((((((.(((((((.(((.(((((((.((((((.(((({...{{,(((........((((((....(((((((((((.......)))),....,{{{(((((((....)))).)))......}}}}.....(((..(((((.((({{....}}..))).)))))..))).{.(((((((((,,.(((({....}))))......(({.((((((((.......))))))))(((((.......))))))))...,.)))))))))}))))))))))))).})),))))))))))))).))))))).)))...)))))).).)))))).,,.{((((((,...((,.,,(,{,,||{(((,..,|||....}},,}}..,.)|})|,}|}|,.,,|,..|}}}}}},)).)))))))}.}))..))))))......{(((({||.{((....)))..,,))))))||}}|||{{||}||||,||}}||},,.,,||,,,|||)},)))),,}}|||}}.,}))),,..,,||}||||||.....}}.},},))))))}))})))))))),....}))))).)).)))).....))))).,.}).)))))).)))))).((((((((((((.......))}}..,))))..))))