Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SNX29_0013100
Sequence Length
2615 nt
GC Content
0.4811
GAGCUGUUUUCCUGCAGUUUGAUGCUACUGAUGAAAUUCAGUCAAGAUGAACGAUUGAUAUUGUUUGUUUGUUUGUUUGUUUUUGAGACGGAGUUUUGUUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGGGCGAUCUCAGAUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCGCCUGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCAUGUUGACCAGGCUGAUCUCAAACUCCUGACCUCAGGUGACCACUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACCUGAGCCACCGCUUCUGGCCGAUAUUGUUUAUUUGUUGAUUCACUCUUCAAACAUUUACUGUUCCGUGUGAAGCUUAGUCAAUCAGAGAGAAACACAAUACAGCUGAUUCUGUCCUGUGGGUGCUAGAAAUUGAAGGGAAGGAUAUGCAAGCAAAGAAAAUUUUUUUUUUUUUUGAGGCAGAGUUUCGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUCCAGUGGUGCGAUCUCAGCUCAUUGCAACCUCUGCCUCCUGGGUGCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUACCUGGGAUUACAGGCAUGCGCCACCAUGCCCGGCUAAUUUUUAUAUUUUUAGUAGAGGUGGGUUUCUCCAUGUUGGUCAGGCUGGUCUCGAACUCCCGACCUCAGGUGAUCCGUCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCGCCUGGCCGGCCACAAGCAAAGAUUUUAACCUUCAGUCUGACAGCUCCAGGAGUUCCAUUUUCGUGGGGCUACUCUGAGCAGGAAGUGUCGUAUGGGGCAGGUGUGGACUUGAGUCCUGCUUCUCAGGGUUAGGGCAAGGGUGAGACAAGUGAGGCACCUACGCUGCUUAAUUUAAGGCGGUGCUCGUCCUUAGUGUCAUGCAAGGGCUUCCACCGCUCCUAGAUGUGGGAUCUGAGAUGGCCAUUUUACCUCUCAGGCUCCCUAUCUAGAAAACCACGGUGGUAACAGACCCUCCCUUAGAGAGAGGAUGAAGAGAGAUUGCAUGUCAAGGGUUAAGCACAUUGAAUACCCUGCGUAAGUACUGAGUAACAGACAGCCAUGGUGAUUACUGUUGGUUUCAUGGAAGUAAAUUAUGCCUCCAUUUCAAGCCUGCAAAAAGUCAUUCUCUGCAGUUAAUCUAGCCUGCUGUUGCUCAGAUGUAACUAGCUUCCUAAUAAAGAAUUCUCUGGGUUGAAGAGCGAAAUAUGUUGCUUAAACUUUGCUGAACAUCAUAGUCACCUGGGGAGCUUUUAAAAUGGUUAUGUCCAGGCUGCCCUCCAGACCAAUUAAAUCAGAAUCUCUGGAGCUGAGGCCCAGACUCUCAGGUAAUUCCAGUGUGCAGUCAAGGUUGACAACUGGUGGCUUAGAGCAGAGUUUCUCAAACCUUAAUGUACCCACGAAACACCCGGGGCUCAGGUUAGAGAUUAAAUUCUCAUUGAGCAGGUCUGGAGUGGGGCCUGCUAUCCUGGAGUUCUAAUAAGCUCCCAGGUGACACUGAUGCUGCUGGUUCCUAGACCACACAUUUUAAGUAGCAAGGACUUAAGAGAGGAUGCCAGGAAUGAUCUGAACGGAUAAGCUCAUUGAAAACCUUAGAAAGGCUGAUUUUUAGCUCAGAACCAAGUUGGGAGCUAAUUUUUUGUUGCUUGGCUGGUUUGAAAAAUAUAAAGAAUAGUAUGACCCACUGCAACAAUUAGCACUACUAACAUUUGUCAUUUUUGUUUUAGAUUUUAUUUUUAAGUAAACCAUAAACAACAUGUAGGUUUGUGCUAUGGUUAGAAGGUUGUCCCUCUAAAACUCAUGUUGAAACUUAAUUACCAAGCAACAGUAUAAAAAGGUGGUACCACCUGAGAGGUGAUUAGACCAUGAGCGCUCCACCCCCCAUGGAGGGGAGGUGCGAUUCAUGCUGUUAUAAAAGGGCUAGCUGGGCUCCUUUUUCCGUUACUGCCUUCUGACCUAUGAUGACGCAGCAAAGGUCCUCGCCAGACGCCAGCCCCUUGAUCGUGGACUUCCCAGCUUCCAGAACUGUGAGAAAAGAAAUUUCUGUUCAUUAUAAAUUACCCAGCCUCAGGUAUUCGGUUAUAGCAGCACAAAACAGACUGAGACGGCUUGCUUUGUGGGUAUUUAUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUGUGUUACCCAGGCUGGACUGCAAUGGCGCGAUCUCUGCUCGCUGGAAGCUCCUCCUCCCGGAUUCACACCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCCAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACCACACCCGGCAAAGUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCGGGUUAGCCAGGAUGGUCUCUAUCUCCUGACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCGCUGCGCCCGGCCUCUUUGUGGGUUUUUAAGGAUCUGCCUCUGAGCUUUCAACGUGCGCCCACUGUUCUGCAACUUGGUUUGCUCACCCAAUGUAAAGCUGAAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-860.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -909.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((......))))))).((((.((.((((((((((.((((((((((((((..((((.....))))...)))))))))))...))).))))))))))...)).))(((((.((.((.((((((((((....(((((((((((((.(((((.((.(((.(.((((.(((((.(((((((((((..(((((......)))))...((((((..........))))))(((((.............))))).(((((...)))))........((((((((..(((......))).(((((((........((.((((((.....)).)))))).......))))))).....((((.((((((....(((((.(((.((((((.((((((((.((............)).)))))...))).)))))).)))))))).......((..(((((.((((.(.(((.......))).).)))))))))..))....((((((((....))))))))(((((((((((..(((((..(((.(((((((..((....(((.((((((((........))))).))).))))).)))))))))))))))..)).)))))))))..((((.(((((.(((((...(.((((((......)))))).)(((((...........))))).((((((((..((.((.((..((((.((..(........)..)))))).)))).))....))))))))....)))))..)))))))))...(((((....((....)))))))..)))))).))))..............))))))))..(((((((.(((.......))).)))))))...))))))))).)).))))).)))).).)).).)).(((((((((((((.((.(((((...((((((((((.((((..(((((.((...((((((((......))))))))...))))))).)))).))).((((((.((((((...(((((((.(((((((((((.((........))))))))).))))))))))).......))))))....)).))))..(((((((((((((...((..((.((((((....(((((....((...))...)))))((....)).(((((((((((.(((....(((((((..(((.(((((.(((((.(((.....))).)))))...))))).)))...)))))))....((((.....)).))))))))))))))))))))))))..)))))).........))))))))).....((((((......))))))...)))))))...(((((..((((((((((.((((((((.(((.........((((((.(.((((((((((((((..(.(((...(((((.((....))))))).))).)..)))))(((((((.(((......))))).)))))..((((((.(.((((((((((.(((((....(..(((.((.......)))))..)))))).))))...))))))).)))))).))))))))).).))))))..........))).))).)))))))))))))))..))))).((.(((((....))))))).))))).)).))).))))))))))))))).)).)))...))))))))(((...(((((((.(((((((((..(((((((((....(((((((..(((...)))..)))))))....(((((((..((..((((......................))))..))))))))).((((((.(((.((((((((.........((((((.......))))))..........)))).)))).)))..)))))).(((((((((((.((((((((........(((((................)))))........(((((....))))).))))).)))..((((((((((((.((.((((.......)))).)).))).))))))..)))..(((((((((.....))).)))))).........)))))))))))........((((((.((((..((.((.....)).))..))))((((..(((......(((((((((...((((((((.(((....))).))).)))))...((((((....(((((.(((((((................)))))))...))))).....))))))..........((((.(((((((.((((((((...(((...)))...)).)))))).)).)))))))))))))))))).....)))..))))..............(.((((((((.(((((((..(((((.((((((.((.((((.........))))..)).))))))......((.(((.(((((..((((.(((((((...((((((...)))))).))))))).))))..).)))).))).)).)))))...))))))).....)))).)))).)))))))..)))))).)))..)))))))))(((.....))).)))))))....))))).)))))))).)).)).)))))(((((.........))))).....)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((......))))))).((((.((,(({{{{{{||,|(((((((((((((,.((((.....)))).,.)))))))))))..,}}},))}}}}}}}},..|,.||(((((.((.((.(((((((((({...(((((((((((((.(((((,((.(((.(.({((.(((((.(((((((((((..(((((......)))))...((((((...,......))))))(((((.............))))).(((.((((({({{..,..({{(((,(((({{,{,....{{{{..{{||||{|......,|,{((((({{{{{..,.,,))))}......,,,,|||{....}|}}.,|||}|,,{{((({{.(((.((((((.((((((((.((,......,....}}.)))))...))).)))))},})}}}},)}}}}}..((..{{(({.{(((.,.(((.......}}}.|,))},})))}..})....{(((((((....})))))))|((((((((((..(((((..(({,(((((((..((....(((.((((((((........))))),,)).))))).)))))))))))))))..))},)))))))},,{{{|,||,,,.|||||...,.((((((......)))))).}{{{{{...........})))).||||{(({..,,.||,|{..||||}|,}}|}}}..}})},)))),,)})|||{|,.....,)))))|{({{{((({......)))))...{{(((....{{....},)))))}}})))}....))..{{||,.....,,,,})))),..(((((((.(((.......))).)))))))...)))))))))},).))))).)))),},)),}.}}.(((((((((((((.((.{((((,.{((({{(((((.((({..(((((.((...((((((((......))))))))...))))))).)))).}}).{((({{.((((((...(((((((.(((((((((((.((........))))))))).))))))))))).......))))))....,).)))),{({,{{{{(({{{{.{{((..((.((((((....(((((....{,...})...)))))||....}}.(((((((((((.(((....(((((((..(((.(((((.(((((.(((.....))).)))))...))))).)))...}))))},....|||{,....}},)}))))))))))))))))))))))..))))}}.........})))))}}},,...((((((......)))))).,.}}}}||}...(((((..(((((((((((((((({((.(((,,....,..((((((.(,(((((((((..,,.,,{.((({{{((({({.(((({,{{|,|,.,,},.{{|..{{({,(,(({((...{{{{{|||,{|||,,..(((,,,,|},,||||{,||.||||},..}|}}|,|.,|},..,,},))),}}))),))})))),..,,}))),,))}),,.))))))))).),))))))..,.,,....))).))}.)))))))))))))))..))))).,{.(((((....))))),,.,,}}}.}),)))},)))))))))))))).))}}))...)))))))){((...(((((((,{(((((((({{((,((((((....(((((((..(((...)))..)))))))....(((((((.,((.,((((......,{{,......,,,.,,})}),,,,))))))}.((((((.(((.(((({(((.....,{{,(({{{{...,,..}}}}}}}}))..,.,,)))).)))).)))..)))))).(((((((((((.(({(((({...,,,..{{{{{....,.......,,}}))}})}.......(((((....))))).})))),}}}.,{{,(((((((((.((.(((((,...,.)))).)).))).))))))..}},..{((((((((.....))).)))))}.......,.)))))))))))......{.{(((((.,{((,,{{,({..,..}}.})..)}}}{{{{,.(({......(((((((((...,{{(((({.(((....))).})).}}|||({.((((((....(((((.{((((((................)))))))...))))).....)))))),)),,.....{(((.(((((((.((((((((...(({...}))...))}}))))).)).))))))))}))))))))).....}}}.})),,.........,,,.,||{|||||||.(((((,{,}|||||.,.{{((||,.{|||.........)))}..||,||||||......,|,|||.{((((..((((.(((((((...((((((...)))))).))))))).))))..}.)))).))},}}.|||||...,}})))).....}))),,)})}}))))))},)))))).))),.)))))))))|||.....})}.)))))))....)))})|)))))))).)).)).))))),,,{|..,......)})})}}...)).
Back