Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SNX29_0015800

Sequence Length

747 nt

GC Content

0.4793

CCACCACGCCCCACUGAGCCUUCAGGUUUUGGUGGCAUUUAUGUAACACGUCUACUGGCUAGCUGAUUCCAUCUUCAGGCGGCAGGGUCUGGCUACCAUCCCUAAUCGAGACCGGAUUUGAAUCUAUCUUUGAAAGGGAAAUUUGGACUUGGCCAAUGCUCAGAUAAGUUGGGAUUAUGGGCUGGGACUGUGGUGAAGUGUAGGAUGAGGCUGGAGACUCCCUGUUGGGGCUUUUGUACAAGCCAGCAUUGCUGUUGUCAUGCAGUGCAUCUGGGGGUCUGGCGGAUUGGGUGCUGCUUUUCUGGGGACAUAGCAGUAGCUCUUCCUUUCUCCCCAUUUUACUUCCCUUGUCAUCCCACAGAGCUGAAUGUUCCGAUCAUGACCGUGUGGUUAGGAACAGCCCUGUUUAGCGCAUUUCUCACCUUUUCCUUUUCCUCACUUCUUCUCUUGGACUCCUUCCCCCAACCCAAAUGAUCUGCACCCCAGUGACAACGUGGAGUGGCUCCGCGGAAGAUGGAUGAUACACACUUGUGAUGUUGCUCAUGUUUUAUGGUUAACUGCCUGGAAUUCUUCAGAGUUCUUUUCAUAGCAGUUGAAGGCUGAAAGGCACACAGAAAUGACCAACUCAAUUCUGUCAACAUUUGCUGAGUGUUCUUUUUCUGUGUCAGGCCCUGGGAACUGGAGCUUAUCUUACACAAAUCUAUGGGGGGAAAGUAAGUUCUCUAGAUUCUUGCUAUUCAAAAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-218.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -236.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 208.89

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(......((((((..(((((....)))))))).))).............(((....)))........(((((((((..((((.(((((.((((((((((((((..(((((...((((....))))...))))).)))))....)))...))))))..)))(((((...(((((.((..(((..(((((((.((.((((((.((((.((((..((((.....((((.((((....((.(((((...(((((((((....)).)))))))...((((((...((.(((..((.(((((((.............))))))).))..))).)).))))))..........))))))))))))))).((((((((((((((((((......)))))).))))))......))))))...........)))).)))).))))))))))..))..)))..)))).)))..)))))))...)))))(((.(((((....)).))).))).)))))).))))))))).(((((((....))).)))))(((((.....((((((((((((..(((((((....))))))).......))))))))..(((....)))(((((((((......(((((.................)))))......)))))))))((((..(((((((((...((((.(((..((........))..))).)))).))))).))))...)))))))).....)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.{{{,{,.,(({{{.,,,)))},)))}))|......,,...,.(((....}|},..,,,,.{((((((((.,{{({,{((((.((((((((((((((..((((({..((((....)))).))))})).)))))....)))...))))))..}}}(((((...(((((.{,..(((..(((((({.((.((((((.((((.((((..(((({...{(,,..||(((({......})))}.(((((((((....)).)))))))...((((((...((.(((..((.(((((((..,,....}}...))))))).))..))).,..}))))}............,}},,.}},})}|.((((({((((((((((((,.....)))))).)))))).....})))))).....,}}}.,}....)))).)))))))))).,).,..)}..)))).})),.},)))))...)))))(((.{{{||,...}|,|||,|}}.)))))),))))))))}.,,{,{{{....))).})}}}{(({{,,,,,||{{((((((((.,(((((((....))))))}.......)))))))}.{(((....}}}(((((((((.((.,.{((((....,{....,,...,.)))))}.}}..)))))))))}}|}}}|,{((({((,|{({{{.{(({.(.,...,,..}),,})},,}})}))}})})))).,,}},)))}},,...}})))