Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SNX29_0018200

Sequence Length

2476 nt

GC Content

0.4645

GAGGAUUGCCUGAGCCCAGGAGUUUGAGAUUGCACUGAGCUGUUAUAAUGCCACUGCCACUCCGGCCUGGGUGGCAGAGCAGGACCCUUCUCAAAAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAAACUAGAAGCAGCUGGGACAGUCACCCUCAUUCCAAAAGGCAAGGCCCAGCUCAACGAAGAUCUCACCUGCAUGGGCAGCCACCUACACCCCUGAGAUGGUAGGCUAAGGGCAGGCCUGCAGCCAAGCCAGGACUUUUCCAUAGGACCUCUCUGGGUCCACUGUGGUGCACACAUUAUCCAGCAAGCCCUCCACAUCCAAGAGCCAGGCUGAGAUGGUUUGCUUUGGAAAGUUGUCAGAGCAGUUGCUGGUCCACAAUAACUUCUGUGGCCGUCCAGUAUCUCAGGACAUCUUGUUUGAGCAAUGUCAGGGUCCCAGAACCUGCCUCGGGGUGGCUGCUUGAAAAAGUCCUCCGGCCAGGUGCAGUGGCCCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAAGCCAAGGCGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGUCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCAUGGUGGCACACGCUGUAAUCCCAGCCACUCGAGAGGCUGAGGCAGGAGACUCACUUAAACCUGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGGGACAGGAACAAAACUUCUAAAGGAAAUAAAAUGUCAUCCUACAUGCCAAAGAAAUUAAGGUAAUUCCCCUGCUAUGUGCAGUCACAGAGCCCCCACUACUUCUAUUGUGGAAAAAUCUGGAAUUAUAUUUGGCACAGAGGAUUCUAGCAAGAAGUGCUGUGCAUUGCCAAGGUUGAAUGCAAAUUAUUGCAAAAAGUUUGUGUUCCUGUGUCCUGAGAGGGAGCUGAGGUGUGUUAUGCCACUGAAAAUAAGAAAUGGCGGCAUUUGACUACUUUUCAGGACAAAGUAAUAUCUGGAGAGUUCCUGAUUUUAAGUUUUUCAUCCGUGAGUACUUCUUACACGGUAGGCUGUGCUGAUGCGUGGCUGCUGGCAGGCACUAGCCGGAGACAAAAUGAUUAAGGAGUGUCAAAUAAAAUGGAAAACAAAAUUAAACUCAAUCCAGUACCUUGUUUUGCUGGGUUUUUCUCUUUCUCUUGUUAACACACAUUUUGGUUUGAUUUUUCUGGCACUUCCAUAUGACAGAGUUAAAUUUGUUGUUAAUUAAUUUCUAGUUUAUACCUUUGCAGAUGUUUGAUCUUAUUCCCCAAAUUCCCUGACUCCAAACGGGUUUGAGAUUCACUGUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUUACCCAGGCUGGAGUGAAGUGGCGCAAUCUUGGUUCACUGCAAGCUCCACCUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGUGCCUGUCACCACGCCUGGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGUGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCAAUGAGAUUCACUGUCUUAAUAUCCCACUCAAGUGUCUCUAAAGGUAUGUUAGGCCUUAAAAAAGCUCACCUAUUUGUUUUCUUCAACUAUUACAGCCAUCAGAUUGGUAUGAAGUAAUACAUCAGUGUACUUACCUGAGAUCUUAGGUCUUUCCCUUUGAAAAAUACCUUCAGUGUAAGUACAUUUGGAAUCAGUCUUCCAUGUGGGAUAAAUUUCAGCCUUUGCGUCUAGCGACCACAAAUGCUGGCUGUUGUACAAUAUUUCAUUUGCGCAACAGAACCGAUUAGAUCUUCUUUGUAAAGAGGGUUGCUUUGUUUCAGCAAAGCGUUUUUUUUGUUGUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUCUGAGAGGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUAGCGCAAUCUCGGUUCACUGCAAGCUCCACCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAGUACAGGCACCCAUCACCACGCCUGGCUAAUUUUUUGUAGUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCGCUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUUCUGACCUCGUGAUCCACCUGCCUCGACCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGUGUGAGCCACUGCGCCUGGCCGCGUUUUUUUCUUCUAGAAUAAGUUCUGUUUCCUAGAGGCCACAGGGUGUUGUCUUGGCCUGAGGAAUGUUGGUAUCCCAGGAAAACUUGUUCAGUAUCUGAACUCUUCCCAUCUCCCAUCCUGCAGAACAAAAUCACAUAGCCUGAGUGGUUAUUAUUAUUACUUUGUUGGAGACAGGGUCUCGCUUUGUCACUCAGGCUGGGGUGCAGUGGCACAAUCAUGGCUCAUUUCAGCCUUGAAUUUCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1045.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1083.79

Frequency: 0.0000

Diversity: 510.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((....)))...)(..((((((((((.(((...((((((((.((..(((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((......................................(((((((...(((...............)))....)))))))((((((((.......(((((.((((((((((((.....(((((((((((.((((..(((....)))..))))..))))(((....)))...((((((....))))))(((((..((.(((.(((.(((((((((((.((((...((........)).)).)).)))))))..)))).))))))))..)))))((((((.(((((........)))))....)))))))))))))((((..(((....)))))))((((.........)))).....))))))))))..(((((((.....(((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(.(.(((((((((((((((..(((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((......(((((.(((((((.(((((.(((((((((((((((((.((((((.(((((((((((.((((.((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((..(((((((((((........(((((...(((((((.........(((((((..((((.....))))...((((....((((..........)))).....))))))))))).)))))))...))))).((((((....(((.(((....(((.((((((((((((((....)))))..............((.((((((((((((.((.(.((((((....(((((((.......))...))))))))))).))).)))))))))))).))(((.(((.(((....))).))).)))(((...((((.(((.(((((..(((((...)))))..))))).))).))))..)))((((((((((.((.(((((....((((....(((((((((...(((((.(((..((((((.......(((((((((........))))))))).............(((....))).)))))).))).)))))..))))))))).....((((((((...((((((.......(((........))).......))))))(((((...........)))))..((((........))))...(((((((.(.(((((.......................)))))))))))))))))))))(((((((.((((((..(((((..((....))..)))))....)))))))))...)))))))).....))))).))((((((..(....)..))))))......))))))))))((((..((((((((((.....................((((((...)))))))))))))))).)))).....((((((.....)))))).((((((((...(((.......(((((.......)))))......)))........(((.(((((((.........((((......)))).))))).)).)))..(((((((((((((((......((((.((((.....))))...)))))))).)))))))))))(((((......))))).))))))))...))))))))).)))....)))..)))...))))))(((((((.(((........))).))))))).........(((((((((....)))))))))(((((((....)))))))))))))))))..)..)))))))))..........(((((.....)))))..))))).)))))))))))))))))).))))))))).)))))))))))).)))).))))))))))).)))))).))))))))))))))))).))))).))))))).))))).......)))))).)))))))))).)))))))).))))))))))))..))))))))))))))).)))))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))).).).))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))...)))))))...(((((....))))).(((((..((((((.(((......))))))))).)))))...(((....)))((((.....((((((...))))))..))))..........)))))))...........((((((.....))))))........)))))))))))).))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))..)).))))))))...))).))))))))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((....)))...}|,.((((((((((.(((.,.((((((((.((..(((((((({,((((((((((((((((((((((.(((((((((((......................................(((((((.,.{{,..{,,..........))}...})))))))((((((((.......({{{{.{(((((((((({.....(((((((((((.((((..(({....)))..))))..)))}(((....)))...((((((....))))))(((((..((.(((.{((.(((((((((((.((,,,,.((........)).)).)).))))))),.,))).))))))))..))))){(((((.(((((........)))))..,.))))))))))))){{,,.,|||.,|,}},,,|,{{((.,|...,,.)))),},,})))))))))),.(((((((.,...(((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(.(.(((((((((((((((..(((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((.....,(((((.(((((((.(((((.(((((((((((((((((.((((((.(((((((((((.((((.((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((.,({{((((((((,,,.,...(((((...(((((((...,,...,({{{,,||.((((.....)))),,.((((....((((..........)))).....))))))))},,.)))))))...))))}.{({(((,{,,{((|||,|||,|((,(((((((((((((({{,.||,,,...}}}}}}||||,((.((((((((((((.{(.(.((((((....((((({(.......}}...))))))))))).))}.)))))))))))).)),||,|{(.(((,,,.}}}.}}}.}},,{,...|{{{,{((,(((((..(((({...)}}))..)))}}.}}|(||({,.,.{((((((((((.((.(((((....((((....(((((((((...{{{{{,(({..{(((({,,,,,..(((((((((........))))))))).............{({....,,},}}}))).))),))))),.))))))}}),...,((((((((...((({({,{{.,,{{{,....,}}}),),,.....}}}}}}{{{{{,,.........,,,,,..{{{{........,)))...(((((({.{{(((((.......................)))))))))))))))))))))|((({((.((((((..(((((,.({....)),,)))))....))))))))),,.)))})))).....))))).))((((((..{....)..))))))......))))))))))||||,,((((((((((...,{{.{{,,...}}}),)}((((((...)))))))))))))))).}}||..,..{(((((.....)))))}.((((((((...,({,......(((((.......))))).....}}}.,,,.....{((.{,(((((,,{{.....{{{{......)))).))))).}}.))}..{((((((((((((((......((((.((((.....))))...)))))))).))))))))))}(((((......))))).))))))))...,})))))}},))||{,|||},,..,.,,})))))(((((((.(((........))).))))))).........(((((((((....)))))))))(((((((....)))))))}}}}}))))},.)..))))))))),,,,......,{{({,,,,.}}}}},}))))).)))))))))))))))))).))))))))).)))))))))))).)))).))))))))))).)))))).))))))))))))))))).))))).))))))).))))),}.....)))))).))))))))))))))))))).})))))))))))..))))))))))))))).)))))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))).).).))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))).}.)))))))...{{({,...,|||||,{((((..((((((.(((......))))))))).)))))...(((....))}((((.....((((((...))))))..))))......,,,.,,})))),,,........((((((.....))))))........)))))))))))).))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))..)).))))))))...))).)))))))))),.)