Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SPECC1_0010300
Sequence Length
1580 nt
GC Content
0.4576
GGGCCUUUACAACAACUAAACGGACAGGCAUUCCAGCCCCACGGGAAUUUUCAGUAACUGUCUCAAGAGAGAGGUCUGUGCCACGUGGUCCCUCCAACCCCAGGAAAUCAGUGUCCAGUCCAACUUCUUCCAACACUCCCACUCCUACGAAACACCUGAGGACCCCUUCCACAAAGCCCAAGCAAGAGAAUGAAGGUGGAGAAAAGGCUGCGCUUGAGUCCCAAGUUCGGGAACUUUUGGCAGAAGCCAAAGCAAAAGAUAGUGAAAUUAACAGGCUUCGAAGUGAACUAAAGAAAUACAAAGAGAAAAGGACUCUGAACGCUGAGGGGACUGAUGCUUUGGGCCCAAAUGUCGAUGGAACAUCAGUCUCCCCAGGUGACACGGAACCUAUGAUAAGAGCUCUUGAGGAGAAGAACAAGAACUUUCAGAAAGAGCUUUCCGAUCUAGAGGAAGAAAACCGGGUCCUGAAGGAGAAACUGAUCUAUCUUGAGCACUCCCCAAAUUCAGAAGGGGCAGCAAGUCACACUGGCGACAGCAGCUGCCCAACAUCCAUAACUCAAGAGUCAAGCUUCGGAAGCCCAACUGGAAAUCAGAUGUCCAGUGACAUUGAUGAGUAUAAAAAAAACAUACAUGGAAAUGCAUUACGGACAUCAGGCUCCUCAAGUAGCGAUGUUACCAAAGCUUCUUUGUCGCCAGAUGCUUCCGACUUUGAGCACAUUACAGCAGAGACACCCUCAAGGCCCCUGUCCUCCACCAGUAACCCCUUUAAGAGUUCAAAGUGUUCUACUGCUGGGAGUUCCCCAAACAGCGUAAGUGAAUUGUCCCUGGCUUCCCUCACAGAGAAGAUACAAAAGAUGGAAGAAAACCACCAUAGCACUGCAGAAGAACUACAGGCUACUCUACAAGAAUUAUCAGACCAGCAACAAAUGGUACAGGAAUUGACAGCUGAAAAUGAGAAGCUGGUGGAUGAAAAGACGAUUUUAGAGACAUCCUUUCAUCAGCAUCGAGAGAGGGCAGAGCAGCUAAGUCAAGAAAAUGAGAAGCUGAUGAAUCUUUUACAAGAGCGAGUAAAGAAUGAAGAGCCCACCACUCAGGAAGGAAAAAUUAUUGAACUGGAGCAGAAGUGCACAGGUAUUCUUGAACAGGGCCGCUUUGAAAGAGAGAAGCUACUCAACAUUCAGCAGCAGUUGACCUGUAGCUUGCGGAAGGUUGAGGAAGAAAACCAAGGAGCUUUAGAAAUGAUUAAACGUCUGAAGGAAGAAAAUGAAAAACUGAAUGAGUUUCUAGAACUGGAACGGCAUAAUAAUAACAUGAUGGCCAAAACUUUGGAAGAGUGUAGAGUUACCUUGGAAGGGCUAAAAAUGGAGAAUGGAUCUUUGAAGUCUCAUUUGCAGGGUGAGAAGCAGAAAGCCACAGAGGCCAGUGCUGUGGAGCAGACGGCAGAGAGCUGCGAAGUUCAAGAAAUGUUGAAAGUAGCCCGAGCAGAGAAAGAUCUACUGGAACUGUCUUGCAAUGAGCUCAGACAAGAAUUACUAAAGGCAAACGGUGAAAUUAAACAUGUUUCCAGUCUGCUGGCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-413.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -442.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 331.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((................((((((((......)))(((((((......(((...((.(((....))).))..)))..)).)))))....(((.......)))......))))).(((((..((((.(((.....(((..((((.((.......))))))...(((((.(((..(((((((...........(((((((...(((..((.((((((...((((.((((((.(.((((((.((((((.........................))))))......................((((.......))))..((.(((.(((((((((((((.(.(((......))).).))..))))))))))).)))))((((.((((.((.((.(((..((((((((((((............((((((...(.((((.(((((((.((((((.......((((.((.(((((((......))).)))).)).))))......))).....(((((((..(((.(....).)))....)))))))...........))).)))........)))))))))...))))))....(((((((((((.((((..((.((((.........)))).))..))))))))..)))))))...))))))))).)))....))).)).)).)))).)))))))))).).)))))).)))).((........)).........)))))))).)))...)))))))........(((..(((((.....(((((((.((((((((.....)))).........((((...((....((((((((.((.................)).)))))....))).))...)))))))).))))).)).....)))))..))).........((((........))))((((((((((.(.((((((..((((.((((...(((((..................))))).(((((((((.((..((...(((......)))...))..........)).)))))))))((((((...((((((...............((((.....(((((((...............(((..(((....))).)))...)))))))...))))))))))....)))))))))).))))...)))))).))))))..))))).))))).))....))).)))))....((((((((((((...............(((......)))..............(((.(((((.......)))))..))).......((((..(..((((....))))..).)))))))))).))))))..))).......))))))))))))((((....((((((((...)))))))).....))))((((((.........))))))(((((((.((((....))))....(((((......)))))......((.((.(((......))).))))...(((((.((.....))..)))))............((.(((((((........)).))))))).)))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((................((((((,({{{...||,....((((((((((((({.,,.(((((((((..(((((((((.(((.(((..,,({{......,))}..(((((((,{(((((...(((((......,,.....((((.(({{...{{{{,|||,,{{{({|.....{(....}|........},|||{|}{{....{{||.||||,(((((((......)))},)}|{{|||...,)))}},,,.........,........}})),)))).)).)}......,.......,,))),,..))))}.,).)))))))(((((((((((((.(.(((......))).).))..)))))))))))))).))).)))))}})))..........))))))))}||.((((((.(((((((...{{{(..,(((((........))))}......((((.(((..((((...{{({......,,{|,...,,.......}}}}.((((((.,,{{(((.{,((((((((((.((((....((((((..,.{((..,(((((..((({.,,}))){{....))......(((((((,(((.((((..{{.((((.........)))).},..))))))))..))))))).))))),}..))),,.)))))).....))))...)))))))))).}|,|,..}}}},.},||........}}.(((.....)))...))))))...))))..)))..)))))))).}))))))....)))))).,))))))))))))))......}}...})))..}})))).{{{(((((.((.................)).)))))....}},(((((((((((....{{..((.{(((..((((((({....,,.{(,{{((..(..{{,..(.(((((((((((.(.((((((..((((.((((...(((((,,,,.....,}}}.....))))).(((((((((.((..{{...(((......)))...))..........}}.)))))))))((((((.{,((((((...............((((.....(((((((...............(((..(((....))).)))...)))))))...))))))))))}.})))))..)))).))))...)))))).))))))..)))))).))))..)..))))}}.........((((((..(((((((..{......,..)))))))..............,{{.....}|||((,,....,)))},(((,,.,{......}}..,.)))....}})))).....))))))))..))}})..})..)}......{{{{{.....)))}}....((((((({...})))))))..,.....(((.....))))))))))))))(((((((.(({{...,))||....{((((......))))}.||,|,{(.{(.(((......))).))})...(((((.((.....))..)))))............((.(((((((........)).))))))).)))))))))))...
Back