Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SPTA1_0002200

Sequence Length

1550 nt

GC Content

0.4800

GAUGCACUCAAGGACCUGAAUACAUUGGCUGAAGAUUUGCUCUCCAGCGGGACUUUCAACGUUGAUCAGAUUGUGAAGAAAAAAGAUAAUGUCAACAAGCGUUUCCUGAAUGUCCAAGAAUUGGCAGCUGCACACCACGAAAAAUUGAAAGAGGCCUAUGCCUUGUUCCAGUUCUUCCAGGAUCUAGAUGAUGAGGAAUCCUGGAUAGAGGAGAAGUUGAUACGAGUGAGCUCCCAGGACUAUGGGAGAGAUCUUCAGGGGGUUCAGAACUUGCUGAAGAAGCACAAACGCCUAGAGGGGGAGCUGGUGGCCCAUGAGCCUGCCAUCCAGAAUGUGCUGGAUAUGGCAGAGAAGCUGAAAGACAAGGCUGCUGUGGGGCAAGAGGAGAUCCAGUUGCGGCUGGCUCAGUUUGUUGAACACUGGGAGAAGCUCAAAGAGUUGGCCAAGGCCCGAGGACUUAAGUUGGAAGAAUCCCUAGAAUACUUGCAAUUCAUGCAGAAUGCUGAGGAAGAGGAAGCUUGGAUCAAUGAAAAGAAUGCUUUGGCUGUCCGAGGAGAUUGUGGAGAUACAUUAGCUGCUACUCAGAGCUUGCUAAUGAAGCAUGAAGCUUUGGAAAAUGACUUUGCUGUCCAUGAGACCCGAGUACAAAAUGUGUGUGCACAAGGAGAAGACAUCCUAAAUAAGGUGUUGCAGGAGGAAAGUCAGAACAAAGAGAUUUCUUCCAAGAUAGAGGCUCUGAAUGAAAAGACCCCUUCUCUGGCUAAGGCAAUAGCUGCUUGGAAGUUGCAAUUGGAAGACGAUUAUGCCUUUCAGGAAUUCAACUGGAAGGCUGAUGUGGUAGAGGCUUGGAUAGCUGAUAAGGAAACAAGCCUAAAGACCAAUGGCAAUGGUGCAGACCUUGGUGACUUCCUCACUCUUCUGGCAAAACAGGACACUCUGGAUGCCAGUCUGCAGAGUUUCCAGCAAGAGAGACUUCCCGAGAUCACUGACCUGAAGGACAAACUGAUUUCUGCUCAACACAACCAGUCUAAAGCCAUUGAAGAGCGUUAUGCCGCUCUGCUGAAGCGCUGGGAACAGUUGCUGGAAGCCUCGGCAGUCCACAGACAGAAAUUGCUGGAGAAACAGCUGCCUCUACAGAAGGCUGAGGACCUGUUCGUGGAAUUUGCACAUAAGGCUUCAGCUUUGAACAACUGGUGUGAAAAGAUGGAAGAAAACUUGUCAGAGCCUGUGCACUGUGUCUCCCUGAAUGAAAUUCGGCAGCUGCAGAAAGACCAUGAGGACUUCUUGGCCUCCCUGGCUAGGGCUCAAGCAGACUUUAAAUGUUUGCUGGAGCUAGACCAGCAGAUUAAGGCCUUAGGUGUGCCUUCCAGCCCUUAUACCUGGUUAACAGUGGAGGUGCUGGAAAGGACCUGGAAGCACCUAUCUGACAUCAUUGAGGAACGGGAGCAGGAGCUGCAAAAGGAAGAGGCAAGACAGGUCAAGAACUUUGAGAUGUGUCAGGAGUUUGAACAGAAUGCCAGUACCUUCCUUCAAUGGAUCCUGGAAACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-500.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -531.00

Frequency: 0.0000

Diversity: 493.05

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((...(((((.............((((.(((.....))).)))).((((.(((((((((....(.(((((...........))))).).....)))))....)))).))))....(((((((.((((((((((.........(((.(((((....))))).)))..((((.((((((((((.........)).))))))))((((((...(((((....((((((.((((((......))))))...(((((((.(((((...))))).))))))).........(((.((((((((((((((((.(((((.((((((((((((((......)))))..))))))...((((.........))))))))))))((((..((....))..))))((((((((((((((.((.........)).)))))....)))))))))..((((.(((.((((..((((.....((((..((....(((....((((.(((...)))))))...)))....)).))))))))...)))..).))).)))).((((.........))))....)))))))).....(((((((((.(((..((((.......(((((.....(((((((.(..(((.((.(((((..(((((.......)))))...((((.......))))......)).))).)))))).)))))))...)))))......)))).....)))))))))))).........))))))))..)))..(((((.....)))))((((((((((((((.....)))))..(((((((((........))))))))).....((((..(((((((.....((....))....)))))))....))))....(((.(((....)))))))))))))))))))))..((((((...((((....))))..)))))).((((.(((((((((((((..(.........(((((((.((.((....)).))...)))))))............(((((((..(((......((((((......)))))))))..)).)))))...)..)))))))))).))).))))((..(((.((.....)))))..))..))))).))))))...((((((((((.(((..(.(((.......))))..)))))))))))))))))...)))))))....(((((........)))))...((((((....(((.(((.(((((((...)))).((((((.(((((.(.((....)).))))).(((((..((((((..(((((.(((((((.......))))))).))))))).)))).......)))))((((((...(((((((((((((....(((.....)))..)))).))))).))))))))))..((.(((.(((..((....)).)))..))).)).).))))))...))).))).)))..))))))...(((((((((......))).))))))...)))..)))))))....)))))...)).)))((((...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.((.,.(((({..,,....,.,,.((((.(((.....})).)))).((((.(((((((((({{.,.(((((...........)))))})}}}}.|||}|{,,,|}}},||}|.,{,((((((({(((((({((,.......,,({,.(((((....))))).}}}||||{({((((((((((.........)).,))))))).|||||,..,{{{,...,,,{{,..((((((......))))))...(((((((.(((((...))))).))))))).,{......||({,,{|||||{{(({|((.(((((.((((((((((((((......)))))..))))))...((((.........)))))))))))).)}.,,((,,.,||{|||||{{({,,((({({||.,,,.},)}}))),,,{||{{...|||||((({,,{|||,,,.||}||..||||||||..|||,,{{....{(({({.,,,.}|||}..,}))),)},.}}}.|}}}}||},}|,.,.....,...}))))||||||||{{{....{{({(.{.{{{(({{,|||{{{.,{(((((((({((,....}}}}...})))}|||....((((,{,.,.}||{.|,.,{{{{,,|||||.,,}}}}),),)}},|(((,..,,{,}|||......))}))}.},||||{|||}||,.......},,.}))))))).....,,,((,(((........}}},)})))))},}||,.,{||,...,})}))}||||||||||||||,....|}|||,.(((((((((........)))))))))}}}}.{(((..(((((((.....((....))....)))))))....))))...,({{.(((....)))}}}})}}}}))))),}}}..((((((...((({....})))..)))))).{(((.(((((((((((({..{.,.,{{{{,(((((((.((.((....)).))...))))))).,,,...,,,..{((((,{..(((......((((((......))))))}}}..||,|||)),,.),,))))))))))||)}.)))}(({,({(,(({....}||||..,,..))))}.|||}}...,{{{(((((((.(((,,|.(((.,...,.))),..))))))))))))),....,})))))))....|.{||,||....}}}})),|,|||{||,},||||,|||}|{{{{{{...,})),||||||}|{{,{{(.((....)).}))}}.(((((,.((((((,.{((((.(((((((.......))))))).)))))}}.)))),,|,...})))){(((((.,.(((((((((((((.,,.(((.....))),,)))).)))))))})))))))}..||.|||,|||,.{,.,,,)},))}.,)}}.||,}.,)))))...|||.|},{|||..}|}}||{,.{{(((((((......)))}}))))),..),}..)))),,).}}})))))...)).)))((((...))))