Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SPTA1_0002600
Sequence Length
2703 nt
GC Content
0.4909
GUGACCAUACUGGGGGAGACAGCAGAGCGGCUCAGUGAGUCCCAUCCAGAUGCCACUGAGGACCUGCAGAGACAGAAAAUGGAGCUGAAUGAGGCCUGGGAAGACCUGCAGGGGCGUACAAAGGAUCGUAAGGAGAGCCUAAAUGAGGCCCAGAAAUUCUACCUGUUCCUCAGCAAGGCCAGGGAUCUGCAGAACUGGAUCAGUAGCAUUGGUGGCAUGGUAUCAUCACAGGAGCUGGCCGAAGACUUAACUGGCAUAGAGAUCUUGCUGGAGAGACAUCAGGAGCACCGUGCUGACAUGGAGGCAGAGGCUCCCACCUUCCAGGCCUUAGAGGACUUCAGUGCAGAACUUAUCGACAGUGGGCACCAUGCUAGCCCUGAAAUUGAAAAAAAGCUUCAAGCUGUCAAGCUAGAGAGAGAUGAUUUGGAGAAGGCUUGGGAAAAACGCAAGAAGAUCCUAGACCAGUGCCUGGAGUUGCAGAUGUUCCAGGGGAACUGUGAUCAAGUUGAGAGCUGGAUGGUGGCACGUGAGAAUUCCCUGAGGUCAGAUGACAAAAGUUCCUUAGACAGUCUGGAGGCUUUGAUGAAGAAACGGGACGAUUUGGACAAAGCAAUCACUGCCCAGGAAGGGAAGAUCACUGACCUAGAACAUUUUGCUGAGAGCCUCAUUGCUGAUGAACACUAUGCCAAAGAAGAGAUUGCUACGCGGCUCCAACGUGUACUAGACAGGUGGAAGGCUCUCAAAGCACAACUGAUUGAUGAGCGGACAAAGCUUGGAGACUAUGCCAACCUAAAACAAUUCUACCGAGACCUUGAGGAGCUGGAAGAAUGGAUCAGUGAGAUGCUGCCCACAGCCUGUGAUGAAUCCUACAAAGACGCCACUAACAUUCAGAGGAAAUACCUGAAACACCAGACCUUUGCACAUGAAGUCGAUGGCCGAUCUGAGCAGGUGCAUGGCGUCAUCAACCUGGGGAACUCCCUGAUUGAGUGUAGCGCUUGUGAUGGCAAUGAAGAGGCCAUGAAGGAGCAACUGGAACAGCUGAAGGAACAUUGGGAUCAUCUGCUUGAGAGAACAAAUGACAAAGGGAAGAAGCUCAAUGAGGCCAGUCGUCAACAGAGGUUCAACACAAGCAUCCGGGACUUUGAGUUCUGGCUCUCAGAGGCAGAGACAUUGCUGGCCAUGAAAGAUCAGGCCAGGGACUUGGCUUCAGCAGGAAACCUACUCAAGAAGCAUCAGCUAUUGGAGAGAGAGAUGUUGGCUCGAGAGGAUGCACUCAAGGACCUGAAUACAUUGGCUGAAGAUUUGCUCUCCAGCGGGACUUUCAACGUUGAUCAGAUUGUGAAGAAAAAAGAUAAUGUCAACAAGCGUUUCCUGAAUGUCCAAGAAUUGGCAGCUGCACACCACGAAAAAUUGAAAGAGGCCUAUGCCUUGUUCCAGUUCUUCCAGGAUCUAGAUGAUGAGGAAUCCUGGAUAGAGGAGAAGUUGAUACGAGUGAGCUCCCAGGACUAUGGGAGAGAUCUUCAGGGGGUUCAGAACUUGCUGAAGAAGCACAAACGCCUAGAGGGGGAGCUGGUGGCCCAUGAGCCUGCCAUCCAGAAUGUGCUGGAUAUGGCAGAGAAGCUGAAAGACAAGGCUGCUGUGGGGCAAGAGGAGAUCCAGUUGCGGCUGGCUCAGUUUGUUGAACACUGGGAGAAGCUCAAAGAGUUGGCCAAGGCCCGAGGACUUAAGUUGGAAGAAUCCCUAGAAUACUUGCAAUUCAUGCAGAAUGCUGAGGAAGAGGAAGCUUGGAUCAAUGAAAAGAAUGCUUUGGCUGUCCGAGGAGAUUGUGGAGAUACAUUAGCUGCUACUCAGAGCUUGCUAAUGAAGCAUGAAGCUUUGGAAAAUGACUUUGCUGUCCAUGAGACCCGAGUACAAAAUGUGUGUGCACAAGGAGAAGACAUCCUAAAUAAGGUGUUGCAGGAGGAAAGUCAGAACAAAGAGAUUUCUUCCAAGAUAGAGGCUCUGAAUGAAAAGACCCCUUCUCUGGCUAAGGCAAUAGCUGCUUGGAAGUUGCAAUUGGAAGACGAUUAUGCCUUUCAGGAAUUCAACUGGAAGGCUGAUGUGGUAGAGGCUUGGAUAGCUGAUAAGGAAACAAGCCUAAAGACCAAUGGCAAUGGUGCAGACCUUGGUGACUUCCUCACUCUUCUGGCAAAACAGGACACUCUGGAUGCCAGUCUGCAGAGUUUCCAGCAAGAGAGACUUCCCGAGAUCACUGACCUGAAGGACAAACUGAUUUCUGCUCAACACAACCAGUCUAAAGCCAUUGAAGAGCGUUAUGCCGCUCUGCUGAAGCGCUGGGAACAGUUGCUGGAAGCCUCGGCAGUCCACAGACAGAAAUUGCUGGAGAAACAGCUGCCUCUACAGAAGGCUGAGGACCUGUUCGUGGAAUUUGCACAUAAGGCUUCAGCUUUGAACAACUGGUGUGAAAAGAUGGAAGAAAACUUGUCAGAGCCUGUGCACUGUGUCUCCCUGAAUGAAAUUCGGCAGCUGCAGAAAGACCAUGAGGACUUCUUGGCCUCCCUGGCUAGGGCUCAAGCAGACUUUAAAUGUUUGCUGGAGCUAGACCAGCAGAUUAAGGCCUUAGGUGUGCCUUCCAGCCCUUAUACCUGGUUAACAGUGGAGGUGCUGGAAAGGACCUGGAAGCACCUAUCUGACAUCAUUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-861.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -912.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 860.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((((.(((..((((((((((((((((.((((...((((((((((((.(((((((..(((((((..(......(((..((...(((((..((((.(((....(..((((.(.((.(((.((.......)).)))...))).)))).)....))).))))..)))))...)).))).)..)))))))..))...))))).)))))..))).)))).....))))..))))))(((((((..............(((((((((((((((((.((...(((((.(..((((........))))..))))))..(((((..((((((....((((((((((((((.((((((((((((.(.((((((.(((((.((.((.((((........(((.((((....)))).)))...........(((.....((((.(.....).))))....))).....((((.(((((((.........)))))))...))))...)))).)).)).))))))))))).)..((((...((((((..((.(((.(((.......(((..(((..((((.(...((((...))))...).))))..))))))........)))))).))....))))))..))))...............((((((((((((((((...))))).......(((...(.((......)).)..)))((((.(.(((.....))).))))).)))))))..))))..)))).)))))))).......((.((((........)))).))......(((((.(((...((....))...))).)))))((((..((.(.(.((((....)))).).).))..))))...................(((((.(......))))))..........))))))).)))))))....(((.(((...((((((((...(((.(.((((.(.((((....))))).)))))))).))))))))))))))......))))))..)))))...........((((((((((..(.(((((..(((((.((((((..((((..............(((.(((..(((.(.....).)))...))).)))...........((((((((...))))))))(((((.(((((.(((...((.((((((.(((....))))))))).))))).)))))...(((...))).(((....(((....)))....))).))))).))))..)))))).)))))..))))))..))).......)))))))......))))))))))))))).))))..(((((((((.(((((...........))))).)...(((((..(((((.....(((.....((((((.(((((..((((........(((.(((((....))))).)))((((((((((....(((((...((.((...((((......))))....)).)).........((((((......))))))...(((((((.(((((...))))).))))))).((......)))))))))))))))))))))(((((.((((((((((((((......)))))..))))))...((((.........))))))))))))((((..((....))..))))((((((((((((((.((.........)).)))))....))))))))).(((((...)).))).(((((.((((.((....)).).))).)))))..)))))..)))))))))..)))))))))))))))))).........)))))))..(((((((...(((((......(((((((.(((......)))..)))))))...)))))..)))))))......)))))))))).......))).)))).....((((....)))).((((((((((.(((.....))))))....((((((((.((........))..))))))))........((.(((........))).)))))))))(.(((((((..((((((((.((((((((((((((.....)))))..(((((((((........))))))))).....((((..(((((((.....((....))....)))))))....))))....(((.(((....)))))))))))))))........((((((...((((....))))..))))))..((((.((.(((..(((((.....(((((.(((((((.((.((....)).))...))))))).......((((.(((((.((((((......((((((......)))))).....(((((((....))).)))).(((((((.((((((((((.(((((.....((((......))))..((((...........))))..))))).)))))..)))).)...))))))).))))))....))))))))).......)))))....)))))..))).)).))))(((((.((.((.((((...)))))).)).))))).(((.((....)).)))(((((((.....)))))))((((.(((((((.......))))))).))))......))))).)))..))))))).)((.(((((((((((((....(((.....)))..)))).))))).)))))).)))...)))((...((....))...))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((.{{,,.{({{{{{,{{|||{{{.{||,((({((({(({((({({{{{(((.{(((({{.,(((((({..(......{{(.,((...{((((,,{(((.(({.,,.{..((((.(.{{.(((.((.......)).)))...}}).)))).,....})).|||,,,|||||,,.,|||||,,..}||||}}..||,,.||}}}.}}}}||||||(|{((,.{{,(({{,(,{{(({((((,,..,,,..,||||,.,{..,{{{||||||.|||.{{||,(((((.,,.({((,.,,,,,.}|||..||)||}..,((((({({((({...,({(((({(((((({.(((((((((((({(.((((((.(((((.((.({.((((.......,(((.((((....)))).))}.,......,||(({.....((((.(.....).))))....))),,,,,((((.(((((({........})))))))...))))...)))).}).)).))))))))))).)..{,,{...{,,,((.{((((((.(((,.....(((((..(.((((.,,(..((((((.,,|||,..|,...),.))),,,))))))..))))))},.))))),,,..,.)))))))))),}.....,.{(((((((((((((({...}}}},.......(((...{.{{......}}.}..)))(((,,(.(((.....))).)))))})))))))}.,))}..)))).)))))))).......{(,((((,,......))},.,,......,{|||.||}}}.||},,,))..}))),)),,}{{{{,,|{.|.|.{(({....)))),),),)),,}})).........}},,}},...(((((.(......)))))).,,{|||..,}}}}|}|.|}}}}}},,,,|||,,.({{{(((((,(((((((.((.((((.,.((((....)))}).))))((((((({{{||{|(((((.......,.))))).,,||{{(,,,{,...(((((({(((..(.(((((..(((((.((((((..((({..,......,|,..{{,.|||..{({,({|||,|,}},.,.)}|,)))..,.,..,,..((((((({...})))))))((({{.(((((.{((...((.((((((.(((....))))))))).))))).)))))...{((...}||.(((,{..(((....))).}}.))).}}}}|.})))..)))))).)))))..))))))..))).......}}))))}..,,.,}}))))}}}}},||||}|||{{{(((({{.,.(((((...........)))))}))}}).}}}))}}}}}),,,|}||,,...,})))})))))))............,|...}|,||}.}})))))}))}|}}{|{{((((((((((.........)),,))))))).}}}}}....|||,||,|,,|||..((((((......))))))...(((((((.(((((...))))).))))))).{{......}}{{..{||||,{{|||}||,((({{.((((((((((((((......)))))..))))))...((((.........)))))))}}})),)}.,,{{,|,|||||||||||||},|{{{(({{...,,},}|}}||..,,{{((.,.|||||((({,,{|||.,,.|}}||...||||,,|..|||}|||....,(((({.,,,.}}}}}..}))))})}},,})}.,,||||||||........,...}))))}}}}}||||||.,,.{{(((.{.{{{(({{,,||{|{.,{(((((((((((.....)))}...))))))||....{(((,,,.,.}}||.|...,|||,}}||||.,,}}}}),),)}}}|(((,,,{{{{||||.....,))}))}.,.((((({{{,{(........},,,)))))))).....,,.((.(((........))},)})))))}}||||.,|||,.,,,})}})}||||||||||||||},...|,|||,.(((((((((........)))))))))}}}}.{(((..(((((((.....((....))....)))))))....)))}...,({{.(((....)))}}}})}},}}}))),}},,.((((((...((({....})))..)))))).{{{{,{{{|{{{{{(({{,.|...,{{{{,(((((((.((.((....)).))...))))))).,,,...,{{..(((((,{,,(((......((((((......)))))),},..||{||||}...),,)))))}|||||||}.||||(({{(,(,(({....,||||..,...))))}.||||}..,,{{{{{{||||.{||,,|.|||,}...},)})...)))))))}))))),....}))}))))}....,.}))}}}....,}}})},)))))},))).)))))))}}))},|||,...}))}||}}}}}).}},.,,||,,},||.}}}||,(({(|,.(((({{,.{((((.(((((((.......))))))).)))))}}.)))),,|,...,})))|{((((,,.(((((((((((((.,,.(((.....))),,)))).)))))))}))})}})}..})})||,..||,,.}))}},))
Back