Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SPTA1_0013500

Sequence Length

1309 nt

GC Content

0.3575

GUAGGCAGAGUUUUCAGGAGCUGGAUGUAGUUAUCAGGAGUUCCUUUCAUUGGAAGUACAGUCUUGGAGUAAAAUGAACUUUAGCGUUCAGCUGGUGAUCCUCAUUUUAUAGAUGACAAAACAGAGGCUCAGAAAAGGGCAAUGAAUCCCUGAAGGCUAUUUAUACAGUUAAAUAUCAAGGAUCUAGAUUUUGGUUUUCCUAUAUUCUGAUGUUCUUCACCUCUUUCCUCUGGCACAAUUUCUGGUGAUUCUUAGCCAAAUGGGGGAAGGUAGGGAAUGUUCCUUAUUGAGCUGCUUAUUGACCUUUUCUCACCUUUUCUGCUCCCCUCUGCAUCCGUAUAGUAGGUAAAUGUUGUGUCUAAUCCCAUCAAUACAUUUAAAGUGUGUGAAAACUACUAGGAACUCAAAAGUAACCUAAAUAUUUGGUAUAAUAUAAACUUAUAAAAUUUUAUAGCUGGAAGAGAACAGCCCCUUAUUUUAUAGUUAAAGAAACCAGGAUCUAAGUUGAGAAGUGAGUUGCCCAAAGUUAUGCAGUUAUUUAGAAGGUGGUUUAACAAAAAGUUAGAAGCAUGAACUCUGGAGCAGGUAAACCUGGGCUUGAAUUUUUGCUUUAGUUUGUUUAUGGAAAUUCCUGAAUUAUCUCUGUGCCAUAGAUUACUCUUCCUUAGGGUUGUACUAACACAUAUAUUGCACUCAAAAAUGUUAUAUAAUAUAAACUAUUAUGUACACACUUGUAUGUUUACAAACCUUCACAUUUACCAUCAGGAUGAGAAUUAGGCUUUUGAUUUCUAGGCCGGUAUCUAUUGAAAGUGUUUAUUUUCCUGAUAUUAUUUAGUUUUAAAUGUAUACUUCUGAUCCUUUUGUUCUUAUAUCUUGAUAGAGCUAUGAACAUCUUAUCCUUGCAUUUCAUUUUGUGAAGCUUGUUCAUAUGUGUUUGCAUUCACUAGAUGAGUUAUGGCUCCACUAUAUGUUUAAUAAACAGAUCUCUAUAUGGGUCAAAUGGAUGGAAGGUUCAUGUAUGCGGUGAGGAAUGCAAGAUAAUUUUCACCUUUCAUGACAGCUCUGAUUGUUAGUGCUUGAAUGGGGUGUCAUAUUCAAAAUGAUCUUCAAGCCAUAUCUAAGUCCAGCAAAAAAAUUGCCAGCUUAGUUCGCCAUGUCUGCCACAUGUAGAAAGAGGGAUUCAUUGCAUGAAUUUCUCAAACGUUGGACUAGGAAACUUCCCCCUUUUAUCUUCUUGUUAGCAUCGUUCGUUAGAUUUAUAGUGAGAAGUAACCUCUUAUUCUCAAAAUUUCUGUCCCUCAUUCUUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-307.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -333.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 446.67

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((((.......(((((((((((....(((((((((..(((((((.((((..(((.(((.....(((((((((...(((((.....)))))......)))))))))....)))....((((((..(((((((((.....((......((((((....((..(((((.(((((((.((((.(((............))).)))))))))))........((((((((((((......((....))......))))...))))))))(((((((....)))))))..)))))..))..).)))))))...)))))))))....))))))(((((.....((.((((((((((((((............)))))....((((((((.........((((.(((....)))..))))((((((((((.(((((((((((.(((((((......((((........)))).....))))))))))).....(((((...(((((((......((((.((.....)).))))......)))))))...)))))((((.....))))((((((.(((.((.((..((((....))))..)).)).))).))))))((...(((((.(((...))))))))...)).((((...(((((.(((((.....))))).)).))).))))))))))).)))...)))))))((((((((.....))))))))))))))))(((....)))........)))))))))))..))))).......(((((.........))))).))))))).)))))).)......))))))))).)))))))))))....((((((...(((.((((((((((.............(((((((((.(((((......((((...(((..((((((.....)))))).)))..))))......)))))..))))))))).......(((((...)))))(((((......)))))....)))))))))).))).))))))(((((((..((.(((((.((((((((((..(((...(((.((((...)))).)))...))))))))........))))).)))))))..))....((((((...((((.....))))..)))))).)))))...)))))))).((.((((.(((((((.......((((((((..(.((((.((...((((((................))))))....)).)))).)..))))))))..((((((...........))))))........))))))).)))).)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,.((((((({{{{.{(((((((((((({(.,,{{{(((({{((,,,,{.{|||..,.|,{{{,,,,,(((((((((,{.{{(((.....)))}},,....}}))}}}}}.,},}}}....{(((((..{((((((((.,,,{((,,,,.,(({{{.{{,,((..{{{{|,|||||||{((({.{(((....((....}),,.,.))))}}|||,{{,,(((((((((((((((......((....))......))))...)))))))))||))}}}.|,||}}}},.,)))}}.,)),}).)))))))}.,)))))}})),,,,}}})))|||||,....,..(((((((((,({(,.........,{.{{((({,...|||||||},.......{(((.(({....}}}..)))}.,,.{{((((,({{{,{,((({{(((((((......((((........)))).....)))))))))))....{(((((...(((((((.,....((((.((.....)).))))....,.)))))))...)))))|{((.....}}},((((((.(((.((.((..((((....))))..)).)).))).)))))){{...(((((.(({...}))})))}...}}.|||{},,{{|{|.(((({.....))))),|}.}}},}}}}|||}}}|.|,.,,,...|||{((((((((.....)))))))))}))}.||(({....)))}}..,..,))))))))){{{(((({{((({{..(((((.......,.))))){{.{||.,.,||||(({{.{{{{{,,||||,.....))))....))))}.}}}}}},,}}}}}...,||||}|,.,|}}}}}}.(((((((((.(((((......((((...(((..((((((.....)))))).)))..))))......)))))..))))))))),{{{{{{,(((({{{.|||.((({{,.,...|||}}..,.||||||||||.|||{{,,,|.((((((({,(........}))))))))...}}}}},{((.{{{{...}}}}.|||{{{,{{|||.|{{{{.......)))))))))),}),...,(({((({{{((,,.....}}||..||,,,),},}}|,|,|||||,,},|},|||,.((((((({(({...||||||||}}|.,,,|}||}|}},|||....,,,.},,,,,,,})}}}}},,,,,),)))).)}})))),)))})}|{{{{{,{.....},,))))}}}}}.,}})))))||,..,,...))