Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SPTA1_0014400

Sequence Length

366 nt

GC Content

0.4563

GGGAAAUAUCAGAAGCAUCAAUCCCUUGAAGCAGAGGUGCAAACAAAAUCAAGACUCAUGUCUGAACUGGAAAAAACAAGGGAAGAACGAUUUACCAUGGGUCAUUCUGCCCACGAAGAAACGAAGCAUGAGAUUGACUCUUACGAUGACCGAUUUCAAUCUGCUGAUGAGACUGGUCAAGACCUCGUGAAUGCCAAUCAUGAAGCCUCUGAUGAAGUUCGGGAAAAGAUGGAAAUACUUGACAACAACUGGACUGCCCUGCUGGAACUGUGGGACGAGCGUCAUCGUCAGUAUGAGCAGUGCUUGGACUUUCAUCUCUUCUACAGAGACAGUGAGCAAGUGGACAGUUGGAUGAGUAGACAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-91.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -97.35

Frequency: 0.0001

Diversity: 38.42

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((((((((.((.(((.(((((((..(((....)))........(((.(((....))))))...........)))))))....((.(((..(.(((((......))))).)..))).))........(((((.(..((((((((((((.(((((.((....))))))).)))))).....))))))..).))))).))).)).))))))).(((((((..........................)))))))((.(((((.(.((((((((((....))).))).)))).).))))).))......)))).)(((((((((..(..(((((..(....)..)).)))..)..)))))..))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.((({{((((((.((.(((.(((((((..(((....)))........((,{(((....))))))...........)))))))....{(.(((..{.(((((......))))).}..})}.))........(((((.(..((((((((((((.(((({,((....))))))).)))))).....))))))..).))))).))).)).))))))}.(((((((.......,{......,},........)))))))((.(((((.(.((((((((((....))).))).)))).).))))).))......)))).}(((((((((..(..(((((..(....)..)).)))..)..)))))..))))