Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SPTA1_0015900

Sequence Length

275 nt

GC Content

0.5127

GCCCAUAUAGAGGAGCUACGCCACCUGUGGGACCUGCUGUUAGAGCUGACCCUGGAGAAGGGUGACCAGUUGCUGCGGGCCCUGAAGUUCCAGCAGUAUGUACAGGAGUGUGCUGACAUCUUAGAGUGGAUUGGAGACAAGGAAAACCAUCCUGACCUACCCUUAAUUCAGUCUAAGCAAAAUGAGGUGAAUGCUGCCUGGGAGCGCCUUCGUGGUUUGGCUCUCCAGAGACAGAAAGCUCUGUCCAAUGCUGCAAACUUACAACGAUUCAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-83.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -87.30

Frequency: 0.0029

Diversity: 59.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..(((((((..(((((.....)))))..))).))))(((((((((((((.....)))))...))))).))).))))(.(((((((...(((((((...((((((((((((..(((((((((.((((((((((...((((......))))...)).))...)))))).))))))....))).)))..))))).))))((((.(((..........))).))))...((((((....))))))..))))))).)))).........)))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((..,,{{{{(.,(({{|,....}))))|.)||,||||,,{((((((((((.....)))))...))))),)}),))))|.{((((((...(((((((,..((((((({{{((..(((((((((.((((((((((...((((......))))...)).))...)))))).))))))....))).)))..}}))).))))((((.(((..........))).)))).{.((((((....)))))),.))))))).))))}.,,......,,...)