Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TCF25_0007000

Sequence Length

891 nt

GC Content

0.6083

GUUCUGCUCCAGACGAGCCCUUACCACGUUGACUCACUCCUGCAGCUCAGCGAUGCCUGCCGCUUUCAAGAGGAUCAGGAGAUGGCUCGAGACCUCGUAGAGAGAGCGCUGUACAGCAUGGAAUGUGCGUUCCACCCCCUGUUCAGUCUCACCAGUGGGGCCUGCCGGCUGGAUUACCGCAGACCCGAGAACAGGAGCUUCUACCUGGCCCUCUACAAGCAGAUGAGCUUCCUGGAGAAGCGAGGCUGCCCGCGCACGGCGCUGGAGUACUGCAAGCUCAUCCUGAGUCUCGAGCCGGAUGAGGACCCCCUCUGCAUGCUGCUGCUCAUCGACCACCUGGCCUUGCGGGCCCGGAACUACGAGUACCUGAUCCGCCUCUUCCAGGAGUGGGAGGCUCAUCGGAACCUGUCCCAGCUCCCUAAUUUUGCCUUCUCUGUUCCACUGGCGUAUUUCCUGCUGAGCCAGCAGACAGACCUCCCUGAGUGUGAGCAGAGCUCUGCCAGGCAGAAGGCCUCUCUCCUGAUACAGCAGGCGCUCACCAUGUUCCCUGGAGUCCUCCUGCCCCUGCUCGAGUCUUGCAGUGUGCGGCCCGACGCCAGCGUUUCCAGUCACCGCUUCUUUGGACCCAAUGCUGAAAUAAGCCAGCCCCCUGCCCUGAGCCAGCUGGUGAACCUGUACCUUGGGAGGUCACACUUUCUCUGGAAAGAGCCCGCCACCAUGAGCUGGCUGGAGGAGAACGUCCACGAGGUUCUGCAAGCAGUGGACGCCGGGGACCCAGCCGUGGAAGCCUGUGAGAACCGGCGGAAGGUGCUCUACCAGCGUGCACCCAGGAAUAUCCACCGCCAUGUGAUCCUCUCUGAGAUCAAGGAAGCCGUCGCUGCCCUGCCCCCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-334.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -348.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 158.14

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...((((.....))))....))(..((......))....((((..((((((((.((.((..((((((((((((((.(.(..((((((((((.((..((.((((((((((.((((..((((((....))))))....)))).))))....(((((.((.....)).)))))......(((((((((((..((((........))))...))).....((((....(((((.....)))))....))))..((((...)))).)).)).))))..)))).))))))))))))))))....((((....))))(((((((((..............((.(((((...))))).))......((((((((..((((((..(((((((((..(((((((....(((..(((...))).)))....((((((((.((((((((((((((.((.....((((((...))))))....))...))..)))).)))))))).......))))))))))))))))))))).....((((((..((((..((.(((((((.((((..((((...(((.........((((.(.(((((.......((((((((((((...........)))))...)))))))......))).)).).))))(((.((((((((((((..(((...((..(((((((...)))))))..))..)).)..))))......))))))))..)))(((((.((...)).)))))))).)))).)))).)))))))..))...))))..))))))..)))..))))))))))))))...)))))))))....(((...))).....).).))))))))).)))))....)).)).))))))))..))))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((...((((.....))))....))(..{.......,,....((((..((((((((.((.((..((((((((((((((,(.{.,((((((((({{((({((((.((({((((.((((..((((((....))))))...,||||.}}}}||}.,,,,{.((,.{{{||{|,,,,....}}}})).)}}.,|..{{||.{...,,.}}}},.,})}}}}.,{{,{{{{{|{{{,.,,,,}..||.,||{|,((.((((...)))).)),)),},)),}))))})),}))))))))))))}...((((....))))(((((((((.,,...........((.(((((...))))).))......((((((((..((((((..(({((((((..(((((((....(((..(((...))).)))....{(((((((.((((((((((((((.(,.....((((((...))))))..,,},..,)}..)))).)))))))).......)))))))}))))))))))))).....((((((..((((..((.(((((((.((((..((((...(((.........((((.(.(((((.......((((((((((((...........)))))...)))))))......))).)).}.))))(((.(((((((({(((..,{{.,.{{..{{{|{||...,||||||,.,),.)),)...,,)},},..}))))))).,}))(((((.((...)).)))))))).)))).)))).)))))))..})...))))..)))))),.))}..))))))))))))))...)))))))))....(({...)))....,).}.))))))))).)))))....)).)).))))))))..))))....)