Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TMEM165_0003300

Sequence Length

1491 nt

GC Content

0.3628

AAAAUAUUUACACCAGCAGCUCCAGUUCAUACCAAUAAAGAAGAUCCUGCUACCCAAACUAAUUUGGGAUUUAUCCAUGCAUUUGUCGCUGCCAUAUCAGUUAUUAUUGUAUCUGAAUUGGGUGAUAAGACAUUUUUUAUAGCAGCCAUCAUGGCAAUGCGCUAUAACCGCCUGACCGUGCUGGCUGGUGCAAUGCUUGCCUUGGGACUAAUGACAUGCUUGUCAGUUUUGUUUGGCUAUGCCACCACAGUCAUCCCCAGGGUCUAUACAUACUAUGUUUCAACUGUAUUAUUUGCCAUUUUUGGCAUUAGAAUGCUUCGGGAAGGCUUAAAGAUGAGCCCUGAUGAGGGUCAAGAGGAACUGGAAGAAGUUCAAGCUGAAUUAAAGAAGAAAGAUGAAGAAUUUCAACGAACCAAACUUUUAAAUGGACCGGGAGAUGUUGAAACGGGUACAAGCAUAACAGUACCUCAGAAAAAGUGGUUGCAUUUUAUUUCACCCAUUUUUGUUCAAGCUCUUACAUUAACAUUCUUAGCAGAAUGGGGUGAUCGCUCUCAACUAACUACAAUUGUAUUGGCAGCUAGAGAGGACCCCUAUGGUGUAGCCGUGGGUGGAACUGUGGGGCACUGCCUGUGCACGGGAUUGGCAGUAAUUGGAGGAAGAAUGAUAGCACAGAAAAUCUCUGUCAGAACUGUGACAAUCAUAGGAGGCAUCGUUUUUUUGGCGUUUGCAUUUUCUGCACUAUUUAUAAGCCCUGAUUCUGGUUUUUAACAAGCUGUUUGUUCAUCUAUAUUUAGUUUAAAAUAGGUAGUAUUAUCUUUCUGUACAUAGUGUACAUUACAACUAAAAGUGAUGGAAAAAUACUGUAUUUUGUAGCACUGAUUUUGUGAGUUUGACCCAUUAUUAUGUCUGAGAUAUAAUCAUUGAUUCUAUUUGUAACAAGGAGUUUUAAAAGAAACCUGACUUCUAAGUGUGGGUUUUUCUUCUCUCCAACAUAAUUAUGUUAAUAUGGUCCUCAUUUUUCUUUUGGUGCAGAACCGUUGUGCAGUGGGGUCUACCAUGCAAUUUUCUUUCAGCACUGACCCCUUUUUAAGGAAUACAAAUUUUCUCCUUCAUCACUUAGGUGUUUUAAGAUGUUUACCUUAAAGUUUUUCUUGGGGAAAGAAUGAAUUAAUUUCUAUUUCUUAAAACAUUUCCCUGAGCCAGUAAACAGUAGUUUAAUCAUUGGUCUUUUCAAAACUAGGUGUUUAAAAAAAGAGACAUAUAUGAUAUUGCUGUUAUAUCAAUAACAUGGCACAACAAGAACUGUCUGCCAGGUCAUUCUUCCUCUUUUUUUUUUAAUUGGGUAGGACACCCAAUAUAAAAACAGUCAAUAUUUGACAAUGUGGAAUUACCAAAUUAAAAGAGAAUACUAUGAAUGUAUUCAUAUUUUUUCUAUAUUGAAUAAACAAUGUAACAUAGAUAACAAUAUAAAUAAAAGUGGUAUGACCAGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-376.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -407.78

Frequency: 0.0000

Diversity: 417.65

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((....))(((...(((((......(((...........)))....))))).((((((....)))))).......((((((((.(((.(..(((..((((.(((....))).))))..)))...((((((....))))))(.((((((.(((((((..(((.......))).)).))))).)))))).)((((...))))...).))).)))).)))).(((((((((((((..(((..((((.(((((((..((((((.((.((((((.......((((((((.(((((...(((((....)))))....)))))(((((...((((((....)))))).((((....))))....(((((......)))))...)))))....................(((((..((..(((..........)))..)).)))))))))))))((((((..........)))))).....((((((....))))))...((((((..(((((((.(((................))))))))))..))))))((.(((((..((((.(((....)))))))......)))))))........)))))))).)))).)).)))))))))))..))).....))))))))))))).....((((((((((((((.((.(((((((.(..((((....((((((...))))))..))))..).)))))))))...((((.....))))....(((.(((((........))))).))).((((((..(((......)))..)))))).....((((((...((((((..((((((...))))))..(((.(((..(((((((((.....(((((((...((.(((((((....(((((...(((((((.(((((((..((((........((((..((.((((...)))).))..)))).((((((((.(((....)))..))))))))....))))..))))))).))).......))))))))).......)))))))...))....)))))))((((((.....(((............)))..)))))).......((((........))))..)))))))))))).)))...)))))).))))))..........(((((((((((((((((.....))).)))).........))))))))))......(((((((((...(((((..(((((((..((((.....)))).....)))))))....))))))))))))))............(((((..(((.....))).))))).))))))))))))))....(((((((((((((.....))))))).))))))..(((((...)))))....(((...(((((..........((((((.......)))))).(((((....(((((((......)))))))....)))))................)))))...))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{,.....,,,,...{((((......{((.,.........}}}....))))}.((((({....}))))).......,.,,{{{{,((((({{(((,.((({,(({,,,,|||,||||,,|,||||||,,.{{{{,...,,{(.((((((.((((({,..(((.......))).}}.))))).)))))),}{{{,.,,}}))}..|{|{{...{{{{{,,..|||||||||{||..(((..((((.(((((((,.{{((((.((.((((((,,,....{{(((,,,.(((((...(((((....)))))....))))).,{{|},.((((({....})))))|||,{,,||||||....(((((......)))))...||,.......,,,....,,{,.....{{(({,({..((,..,.......,))..})}}.,,)))))))},((((((..........))))))..,,.((((((....))))))..,{(((((..(((((({.{{{...,,...........))})))))))..)))))}{{.(((((..((,,,(((....)))}}),.}}.,.)))))))}}}}}}},)))))))).)))).)}.)))))))))))..)))...}}))))}))}))))),....((((((((((((((.((.(((((({.,..((((....((((((...))))))..}||}..|,}}}}}}))),..|||{..,,{||||{{,.{({.(((((........))))}.}}|.,{{{(({{{{({,,,{.||.,{|||||,.,.,,{({{(,...}}}}}...{(((({...}))))}..,,}}|}},|{||||||||.,,,,|{{{{{{,,,{{,{({,,((....(((((...(((((((.(((((((..{(((,,.,,,....||||{|.,||,...}},||||....,,.((((((((,(({....})).})))))))).,,.}))),.))))))}.))).......)))))))))...,,...))))))}}}}.....))))))}((((((.....(({,,......,...}}}..)))))).....,((((,........,,,)}})}}}}}}|||{|{||{(((((({.,,...||||||,,.....{||||||{||||{.{{{.....}}}.,,,))))}}}}}},,},))))))...|,,(((((((((...(((((..(((((((..((((.....)))).....)))))))....)))))))))))))).,........,.{((((..{{{.....))).))))).))))))))))))))...,(((((((((((((.....))))))).}))))}..(((({...}))))}}}}|{,.,}}})),.}}}...,{,((({({,,,,,..}}}))),|||,}}}},(((((((......)))))))...,)))),.}}}}}...,,.....)))))))}},})))