Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TPCN1_0004000

Sequence Length

705 nt

GC Content

0.5461

ACCUCGGUGCUGGUGGUGCAGUUUGUCGAGGCCAUCGUGGUGUUGGUACGGCAGAUGUCCCAUGUGCGGGUGACCCGAGCACUGCGCUGCAUUUUCCUGGUGGACUGUCGGUAUUGCGGUGGCGUCCGGCGCAACCUGCGGCAGAUCUUCCAGUCCCUGCCGCCCUUCAUGGACAUCCUCCUGCUGCUGCUGUUCUUCAUGAUCAUCUUUGCCAUCCUCGGUUUCUACUUGUUCUCCCCUAACCCUUCAGACCCCUACUUCAGCACCCUGGAGAACAGCAUCGUCAGUCUGUUUGUCCUUCUGACCACAGCCAAUUUCCCAGAUGUGAUGAUGCCCUCCUACUCCCGGAACCCCUGGUCCUGCGUCUUCUUCAUCGUGUACCUCUCCAUCGAGCUGUAUUUCAUCAUGAACCUGCUUCUGGCUGUGGUGUUCGACACCUUCAAUGACAUUGAGAAACGCAAGUUCAAGUCUUUGCUACUGCACAAGCGAACCGCUAUCCAGCAUGCCUACCGCCUGCUCAUCAGCCAGAGGAGGCCUGCCGGCAUCUCCUACAGGCAGUUUGAAGGCCUCAUGCGCUUCUACAAGCCCCGGAUGAGUGCCAGGGAGCGCUAUCUUACCUUCAAGGCCCUGAAUCAGAACAACACACCCCUGCUCAGCCUAAAGGACUUUUACGAUAUCUACGAAGUUGCUGCUUUGAAGUGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-210.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -222.67

Frequency: 0.0000

Diversity: 173.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((.((((..((((((((((..((.(((((..(((((((...(((((((((((((((((.(((...(((((.....(((.....)))(((.....((((.(((((((((...(((((.(((...))).)))))....)))))).))).))))....))))))))..))))))))))....))))).)))))....)))))))...))))).))..)).(((....)))((((((((.......((..((.......))..))......))))))))((((((((((((((.........(((....))).........))))).)))))))))..(((.......)))..(((((((.((.(((((..(((((.((((((..(((....)))..)))...))).))))).((.((((((((((.(((((...)))))......(((.((((...((....)))))))))..(((....)))..((((...))))....((((.((.....)).))))...))))))))))))(((((..((.....))..))))).(((((.(((((....).))))...)))))...))))))).))))))).)))))))).))))....((((..(((..(((............))).)))))))..))).(((((((........((((((....))))))..)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((.(((((.((.((((..{(((((((.((((,((((((,{.,(((((((((((((({{{(((.{.(((((.....{((.....)}}{{{.....((((.(((((((((.,.(((((.(((...))).)))))...,)))))).))).))))....))))))))..)))))))))}...,}}}}}.}))}}..,.})))))}.......(((......))}.......((((((((.......,,..{{.......,,..,}......))))))))((((((((((((((.........(((....))).........))))).)))))))))..,,,.......||},,{.,.))}.,,}||,,...,{|||,|||{||,.{{{....)}),,)))},.))),)))),(((.((((((((((.(((((...)))))..,,,.(((.{(({,..,,....}))))})))..{((....))}..((((...))))....((((.((.....)).))))...))))))))))))).((((({,.....,,..,.))))).{((((((....,,(((((({{....|{,..,...}.).}),.)))))))).......))))))})))).))}..}})},}....))))}).))...)))...))).(((((((........((((((....))))))..)))))))