Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TPCN1_0005200

Sequence Length

651 nt

GC Content

0.5115

GUUUCUACUUGUUCUCCCCUAACCCUUCAGACCCCUACUUCAGCACCCUGGAGAACAGCAUCGUCAGUCUGUUUGUCCUUCUGACCACAGCCAAUUUCCCAGAUGUGAUGAUGCCCUCCUACUCCCGGAACCCCUGGUCCUGCGUCUUCUUCAUCGUGUACCUCUCCAUCGAGCUGUAUUUCAUCAUGAACCUGCUUCUGGCUGUGGUGUUCGACACCUUCAAUGACAUUGAGAAACGCAAGUUCAAGUCUUUGCUACUGCACAAGCGAACCGCUAUCCAGCAUGCCUACCGCCUGCUCAUCAGCCAGAGGAGGCCUGCCGGCAUCUCCUACAGGCAGUUUGAAGGCCUCAUGCGCUUCUACAAGCCCCGGAUGAGUGCCAGGGAGCGCUAUCUUACCUUCAAGGCCCUGAAUCAGAACAACACACCCCUGCUCAGCCUAAAGGACUUUUACGAUAUCUACGAAGUUGCUGCUUUGAAGUGGAAGGCCAAGAAAAACAGAGAGCACUGGUUUGAUGAGCUUCCCAGGACGGCGCUCCUCAUCUUCAAAGGUAUUAAUAUCCUUGUGAAGUCCAAGGCCUUCCAGUAUUUCAUGUACUUGGUGGUGGCAGUCAACGGGGUCUGGAUCCUCGUGGAGACAUUUAUGCUGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-190.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -202.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 108.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...((..(((.((((........((((((((((.((((((.((((..((((....((((((((((((((.........(((....))).........))))).))))))))).)))).....((((.....))))............(((((.((((((..(((....)))..)))...))).)))))(((.((((((((((.(((((...)))))......(((.((((...((....)))))))))..(((....)))..((((...))))....((((.((.....)).))))...))))))))))))).(((((.............)))))...((((((((..((.(((((.((((.....(((((((((((.(((((((((.((((.((((..((((..(((..(((............))).))))))).)))).............((.((((((....)))))).)).(((((..((..(((..(((......))).)))..))..))))).)))).)))))))))..........))))))..)))))))))))))).)))))))))).(((((.....))))).)))).))).)))....)))))))))).......)))))))..)).))(....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((...{{..((,{((((........((((((((((..((((((,...}|||||....((((((((((((((.........(((....))).........))))).)))))))))..,,,.....,,((,,{{...))},}.|,{.....,{{{{.||((((.,({{....)))..)))...|},.})))}(((.((((((((((.(((((...)))))..,,,.(((.{(({,..,,....}))))})))..{((....))}..((((...))))....((((.((.....)).))))...))))))))))))).((((((.((((...((((,{.{{{,,((((((((..((.(((((.((((.....(((((((((((.(((((((((.((({.((((..((((.,(((..(((............))).))))))).}))).............,,.((((((....)))))),)).(({((,{((..{((..(((......))).}))..)).}))))),)))).)))))))))..........))))))..)))))))))))))).)))))))))).}}.}},.,.))))...)))).)))))).....)))))))))).....}.)))))))..}}.))(....)