Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TPCN1_0006100

Sequence Length

1017 nt

GC Content

0.5320

CUUCUGGCUGUGGUGUUCGACACCUUCAAUGACAUUGAGAAACGCAAGUUCAAGUCUUUGCUACUGCACAAGCGAACCGCUAUCCAGCAUGCCUACCGCCUGCUCAUCAGCCAGAGGAGGCCUGCCGGCAUCUCCUACAGGCAGUUUGAAGGCCUCAUGCGCUUCUACAAGCCCCGGAUGAGUGCCAGGGAGCGCUAUCUUACCUUCAAGGCCCUGAAUCAGAACAACACACCCCUGCUCAGCCUAAAGGACUUUUACGAUAUCUACGAAGUUGCUGCUUUGAAGUGGAAGGCCAAGAAAAACAGAGAGCACUGGUUUGAUGAGCUUCCCAGGACGGCGCUCCUCAUCUUCAAAGGUAUUAAUAUCCUUGUGAAGUCCAAGGCCUUCCAGUAUUUCAUGUACUUGGUGGUGGCAGUCAACGGGGUCUGGAUCCUCGUGGAGACAUUUAUGCUGAAAGGUGGGAACUUCUUCUCCAAGCACGUGCCCUGGAGUUACCUCGUCUUUCUAACUAUCUAUGGGGUGGAGCUGUUCCUGAAGGUUGCCGGCCUGGGCCCUGUGGAGUACUUGUCUUCCGGAUGGAACUUGUUUGACUUCUCCGUGACAGUGUUCGCCUUCCUGGGACUGCUGGCGCUGGCCCUCAACAUGGAGCCCUUCUAUUUCAUCGUGGUCCUGCGCCCCCUCCAGCUGCUGAGGUUGUUUAAGUUGAAGGAGCGCUACCGCAACGUGCUGGACACCAUGUUCGAGCUGCUGCCCCGGAUGGCCAGCCUGGGCCUCACCCUGCUCAUCUUUUACUACUCCUUCGCCAUCGUGGGCAUGGAGUUCUUCUGCGGGAUCGUCUUCCCCAACUGCUGCAACACGAGUACAGUGGCAGAUGCCUACCGCUGGCGCAACCACACCGUGGGCAACAGGACCGUGGUGGAGGAAGGCUACUAUUAUCUCAAUAAUUUUGACAACAUCCUCAACAGCUUUGUGACCCUGUUUGAGCUCACAGUUGUCAACAACUGGUACAUCAUCAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-333.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -351.03

Frequency: 0.0000

Diversity: 257.01

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((.(((((...)))))......(((.((((...((....)))))))))..(((....)))..((((...))))....((((.((.....)).))))...)))))))))).((((((((((((...(((.((((((((((((((((.....)).))))..((.((((((..(((.((((.(((((((((.((((.((((..((((..(((..(((............))).))))))).)))).............((.((((((....)))))).)).(((((..((..(((..(((......))).)))..))..))))).)))).)))))))))...(((((((((.........)))).)))))......(((..(((((((.....)))).))).))))))).))).)))))).))...(((((((((............((((((((((........(((((.((....))..)))))....))))))))))......)))))))))..))))))..)))).))).)))))))..)))))....((((........))))((((((((((((((..((......))))))).))))(((((((((((......(((((.((.((.(...((((((........)))))).).)).)).))))))))((((((((.((.((((((((.........)))))..))).)).)).))))))(((((((.(((((((.((((((..((((((.(((..(((.....))).)))...................))))))..))))).).)))))...((.((((......)))))).(((.(((..((((.((...((((..(.((((.......)))))..)))))))))).))).))))).))))))).))))))))..........((((.....))))...)))))..(((((..........)))))(((.....((((((....)))))).....))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((((.(((((...)))))..,,,.(((.{(({,..,,....}))))})))..{((....))}..((((...))))....((((.((.....)).))))...)))))))))).((((((((((((...(((.((((((((((((((((,....)}.)))}..{{.((((((..(((.((((,(((((((((.((({.((((..((((.,(((..(((............))).))))))).}))).............,,.((((((....)))))),}).(({((,{((..{((..(((......))).}))..)).}))))),)))).)))))))))...(((((((((.,,....,,)))).)))))......{((..(((((((.....))))},)).))))))).))).)))))).}}..,(({((((((............((((((((((,,,,,...{((((.((....)}..})))),,.,)})}))))))......)))))))))}.))))))..)))).))).)))))))..)))))..{(((,(((({.(({,{{{(((.{(({{{{{{{.,,...,,}}},))))}.)))),|{,|||.|||},,{,.(((,,.,})),.,...((((((,{,{{{{.,{((((((((((((((.((({,{{,,{{.,{|||,}{((((...(((((..((((((...(((({,,|,|,.{{{{,.,,}))}}(((((.((((((..((((((.(((..(((.....))).)))...................))))))..))))).).)))))...})))).,.)).}})),.)))))...))))}.,,,||,,.((((..{.{(((....,.,)))}}..})}},,,)}))))..))))))))))))))))))))))).}}}|.....,,|.....|||{{{{{...((((((((..........)))}}})))....,,||||}}},,,})}))))).)))},...