Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TPCN1_0006700

Sequence Length

899 nt

GC Content

0.5083

GUGAGUUCUUCUCUGAGACCAUAGAAGGAGUAGACAGAGAGGUCCCCACGUGGGGCAGUGAGGAGCAGGGGCACCCCGAGAUCCAGCUCUCUCCCUGCUAGAGCAGCUCAGCCCCCAGCUUGGCAUGGUACACUUCAGGGAUCACAGGUGGCCCCAGCCCCCAAAUCUGCCCUUACAUUUGUGAUACAGUGUCAUCGUUAACAGCACCGAAUCUUACUUAGACCCCAUUGGUUAUUGUGUGACAUCAGGCGGGUUACUGAGCCUUUCUGAGGCUUGUCUUACCUGGGAAGUGGCGUAAGGAUAAUCCCUACUGACAAACCUCAUUUCAGGACUAUACUAAAAUAAGGCCUCUGCAUGGCACAUUGUAAACGCUCGGUACACACUGGCUGGCUGUGUUGUCAUGUAGAUCCCUGAAGGUUAACAUUGUUCCCCAGUUUAGCAGGGUGAACAGGAAAGGAAGCCAGCAUCCUGGCUCCAGGCAGGGCCCUGGUCCCUGGCCCUGACACCCUCCCUCUUGGUCCUGUUGUCUACCAGGCCAAGAAAAACAGAGAGCACUGGUUUGAUGAGCUUCCCAGGACGGCGCUCCUCAUCUUCAAAGGUAAGUGGGCUUGAGUAUGGCAGGUGUUGGCAGCUGGGGGCCGAUGGAGGUUUUCAGAGACCACAGAUAAGCGUCUGAGGAGAGGUUCAGAGGGGUGUGUGUGUGUGUGUGUUUGUCUGAAUGCCUGUGUGAAGAGACAGUGUGAUUACCCCAGCAGGGACGUAAGGGUGGUAGGAAGCAGAUUGGGAGAGAAAUGGGUAACUUAACCCAACCAAAAUGGGUAACUUAACCCAACCAAGACAUUUGGGGUAUUUUUCUUUUUUCAUACAAAAGCAAAGAUGUUCAUUGAAGAAACUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-300.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -316.74

Frequency: 0.0000

Diversity: 261.11

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((((((((((((..((......))..)...)))))))).((((....))))(((((((((...(((....)))....)))...((((((((((((..(.((.((..((.(((.(((.((.....((((((((......(((((((((((((((((((((...(((((...((((((((.((((.(((((((((.((((.........(((.....)))........)))).)).)))))))(((((...(((((..((((((.(((((..((((.(.((((((((((...(((.(((...))).))).....(((((....(((((......((......))...((((((((((((((.((....((.((((....))))))..)).))).)))))))))))..))))))))))....(((((((((.((...)).))).))))))....(((.(((((....))))))))((((((((((.........)))))))....)))...((((((.((((........))))))))))....((..((((....))))..)).))))))))))).))))..))))).....)))))).)))))))))).)))).)))))))).))))).)))))))...))).))))(((((((((((((.(((..(.((((((......)))))).)........))).)))).)))..)))))).)))))))......)).)))))).....)).))).)))..))..)).)).)....))))....))))))))..(((((......))))).......(((((......))))).((((.....))))..((((((((((((.......))))).))))))).))))))....)))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,(((((((((((((,..((......))..}...)}}}}}||,((((,.,,||||{((({,(({.{.(((,...)))..|.}}}..,((((((((((((..{,({{((,.((.(({.((|.{(,.{{{(((((({{......(((((({{(((((((((((((...(((((...((((((((.((((.,{(((({,{.{,{({{,{{{,..(({.....}}}.,,..,|,))||,}},)))))}|((({{,,,{{{{{.,((((({.{|(((,,((((.{.((((((((((...(((.((,...,}),))).....(((({...,(((((......,,......||,..((((((((((((((.((....((.((((....))))))..)).))),,))))))))))..)))))))))}....{((((((((.({...}).))).)))))}....((,,(((((....)))))))).{{(((((((..{....}.))))))).,..},}...((((((.((((........))))))))))....{(,.{{{{.,,})))),.}}.)))))))))),.)))),,))))}.,...}})))).)))))))))),)))).)))))))).))))).)))))))...))).))),(((((({((((((.(((..(.((((((......)))))).)..,,}.),))},)})}.)}}..)))))}.))))))),.....}}.})))}|||||,||,}}}.}}}..))..))}))})....})))....)))))))}..(((((......))))}.......{((((......))))).((((,...,)))),,|||||||||||||,,,,,,},,}},}}}}})}})))}}),}},}))))....