Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0006100

Sequence Length

1110 nt

GC Content

0.3658

AAUUUGACAUCUGCAGUAUAUGGUGUAGUAAACCAAUUUCUGUCCUGCAAGAUUAUUGCGAUGCCAUUAAAAUAAACAUCUUCUGGCCACUUCUGUUUCAACAUCAAAACAGUUCCGUAAUAUCACGAUUGCAUCCCUGUGUGGACGCCAACAAUUCACGUGCUUCUGAGAUAAAUUUGAAGAAACUACAACAUCUUGAGUUGAUGGAAGAUAUUGUGGAUUUGGCAAAGAAAGUUGCUAAUGAUUCAUUCCUUAUUGGAGGCUUAUUGAGAAUUGGUUGUAAAAUAGAAAAUAAAAUCUUGGCAAUGGAAGAAGCUCUGAAUUGGAUAAAAUAUGCAGGCGAUGUAACAAUUCUAACUAAAUUAGGAUCAAUUGACAAUUGUUGGCCUAUGUUAAGUAUUUUCUUUACUGAAUACAAGUACCACAUAACUAAAAUUGUAAUGGAAGACUGCAAUUUGCUUGAAGAACUUAAAACUCAAAGUUGUAUGGAUUGUAUAGAGGAAGGAGAACUAAUGAAAAUGAAAGGAAAUGAAGAGUUUUCCAAAGAAAGAUUUGAUAUAGCUAUUAUCUAUUACACCAGAGCCAUUGAAUAUAGACCUGAAAACUACCUUCUUUAUGGUAACCGAGCUCUUUGUUUUCUUCGUACUGGACAGUUUAGAAAUGCACUCGGUGAUGGAAAGAGAGCCACUAUUCUGAAGAACACUUGGCCAAAGGGUCAUUAUCGUUAUUGUGAUGCUCUUUCUAUGCUGGGGGAAUAUGACUGGGCCCUGCAAGCAAACAUAAAAGCUCAAAAACUCUGUAAAAAUGACCCUGAGGGAAUCAAGGAUCUAAUUCAGCAGCAUGUAAAGUUACAAAAACAAAUAGAAGACCUACAAGGUCGAACAGCAAAUAAGGAUCCAAUUAAAGCCUUUUAUGAAAACAGGGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-253.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -271.94

Frequency: 0.0000

Diversity: 218.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((.((((.((((((.....(((((...((........)).)))))....)))))))))).))..........(((((....(((((((((((((........))))))...(((......))).(((((((((((((((........(((((((.(.((((((........((((..(((.((((((.(((((..........))))).)))))).)))..))))..(((((.(((((((........))))))).)))))........((.(((((.....(((........)))..))))).)))))))).)))))))).......)))))))).)))))))..(((((((.....)))))))(((((...))))).((((.((((((((((.((((((((.((..((((((...(((.((((((.((((((((.........))))))))..((((............)))))))))).))).))))))..))...((((((((.......................))))))))))))))))))))))))))))))...(((((((((((...((((((((((((((..((((((((((((........))).((((((.....((((((((....(((....)))..))))).))))))))).((((((((((...(((.((..(((.((.....(((((....))))))).)))..)).)))...)))))))))).(((((......((..(((((((((........((((((((((.................((((((...)))..))).((((((......((....((((....)))).............(((((...))))).....))......))))))......)).))))))))....)))))))))..))))))).))))).))))...)))))))).((.((((((........)))))).))((((....)))).................))))))....))).))))).)))......)))))))))))).((.(.(((((((.((((((.......))))))....))))))).).)).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

...,{(,{(((,((((,(,,({{(,,,,...}}}}.....})).}}))|,,,,}}}}}}||||,{...........,,{{.{{{,(((((({((((((........))))))...(((......))).(((((((((((((((........(((((((.(.((((((........{(((..(((.((((((.(((((..........))))).)))))).)))..)))}..{{(({,(((((((........}}}}})).})}}}........{(.(((((.....{{{........))),.))))).}})))))).)))))))).......)))))))).))))))}..(((((((.....))))))){{{{,...,,,}).{((,{((((((((((.((((((((.((..((((((...(((.((((((.((((((((.........))))))))..((((............)))})))))).))).))))))..))...((((((((........,........,,....)))))))))))))))))))))))))))))}...(((((((((((.{.((((((((((((((..((((((((((((........))),,,,((({{...(((((,(({.{{(,,{,.{|||,.},,,,.,|,||||||.((((((((((...(((.,{..(((.{(.....(((((....)))))}}.))}..},.)))...))))))))))}|||||,.....,|,,||{{|{{||,,,,.,,,||{{{{||||,.....,,{,,,.....{{{{{{.,,||}..,,..((((((......((....((({....)))}.............(((((...))))).....))......))))))......,}})))))))}....)))))||||..,.},)))}})))).))))...)))))))).((.((((((........)))))).))((({....})))...........,,....}))))),...)))},)))).)))......})))))))))|}}||,|,||{{{{{,((((((.......)))))}.,,.,}}}))).}.}),)),.