Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0006800

Sequence Length

1678 nt

GC Content

0.3766

CAAUUCACGUGCUUCUGAGAUAAAUUUGAAGAAACUACAACAUCUUGAGUUGAUGGAAGAUAUUGUGGAUUUGGCAAAGAAAGUUGCUAAUGAUUCAUUCCUUAUUGGAGGCUUAUUGAGAAUUGGUUGUAAAAUAGAAAAUAAAAUCUUGGCAAUGGAAGAAGCUCUGAAUUGGAUAAAAUAUGCAGGCGAUGUAACAAUUCUAACUAAAUUAGGAUCAAUUGACAAUUGUUGGCCUAUGUUAAGUAUUUUCUUUACUGAAUACAAGUACCACAUAACUAAAAUUGUAAUGGAAGACUGCAAUUUGCUUGAAGAACUUAAAACUCAAAGUUGUAUGGAUUGUAUAGAGGAAGGAGAACUAAUGAAAAUGAAAGGAAAUGAAGAGUUUUCCAAAGAAAGAUUUGAUAUAGCUAUUAUCUAUUACACCAGAGCCAUUGAAUAUAGACCUGAAAACUACCUUCUUUAUGGUAACCGAGCUCUUUGUUUUCUUCGUACUGGACAGUUUAGAAAUGCACUCGGUGAUGGAAAGAGAGCCACUAUUCUGAAGAACACUUGGCCAAAGGGUCAUUAUCGUUAUUGUGAUGCUCUUUCUAUGCUGGGGGAAUAUGACUGGGCCCUGCAAGCAAACAUAAAAGCUCAAAAACUCUGUAAAAAUGACCCUGAGGGAAUCAAGGAUCUAAUUCAGCAGCAUGUAAAGUUACAAAAACAAAUAGAAGACCUACAAGGUCGAACAGCAAAUAAGGAUCCAAUUAAAGCCUUUUAUGAAAACAGGGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAAGUCAGCCUCCAAAACAUAAAGGAAAACAAAAAUCUCGAAACAAUGAAUCAGAAAAGUUCAGUUCUAGUUCACCAUUGACUUUACCAGCAGAUUUGAAGAACAUCUUGGAGAAACAGUUUUCUAAAUCUUCCAGAGCUGCACACCAGGAUUUUGCUAAUAUAAUGAAAAUGCUGAGAAGCUUAAUUCAAGAUGGCUAUAUGGCCUUAUUGGAGCAGCGUUGCCGCAGCGCUGCACAGGCCUUUACAGAGUUGCUGAACGGUUUAGAUCCUCAAAAAAUAAAGCAAUUGAACCUGGCCAUGAUUAACUAUGUUUUGGUCGUCUAUGGACUUGCCAUUUCUCUCCUUGGAAUAGGACAGCCUGAGGAAUUAUCUGAAGCCGAAAACCAGUUUAAGAGGAUUAUUGAACACUACCCCAGUGAGGGCCUUGAUUGCUUGGCCUACUGUGGAAUUGGAAAAGUAUAUUUGAAAAAAAACAGAUUUCUAGAAGCUCUCAAUCACUUUGAGAAAGCAAGAACCUUGAUUUAUCGUCUUCCUGGAGUGUUAACUUGGCCCACGAGUAAUGUGAUUAUUGAAGAGUCUCAGCCACAAAAAAUAAAGAUGCUGUUAGAGAAAUUUGUUGAAGAAUGCAAGUUCCCUCCAGUGCCAGAUGCCAUUUGUUGCUAUCAGAAGUGCCAUGGAUAUUCUAAGAUCCAGAUAUACAUAACUGAUCCAGACUUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-393.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -425.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 418.54

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((..((((((.((((..(((.((((((.(((((..........))))).)))))).)))..))))..(((((.(((((((........))))))).)))))...(((((.((((.((...((((....(((((((((((((((((.....((((((...(((((((.....((.((((((((....(((((((.....)))))))......)).)))))).))(((((((((((.((((((((.((..((((((...(((.((((((.((((((((.........))))))))..((((............)))))))))).))).))))))..))...((((((((.......................)))))))))))))))))))))))))))...)))))))......))))))...(((((.((((.(((((...((((........))))..((((...(((((((((((.((..((((..((.......((.(((.((((.(((...(((((((((((((((((....((((((((((....((.((((...((.(((.(((.((((((((.(((((((((....((..(((((((((........((((((((((.................((((((...)))..))).((((((......((....((((....)))).............(((((...))))).....))......))))))......)).))))))))....)))))))))..))))).........)))))).............((((((........))))))..))))))))))).))).))...)))).))....))))))..))))....))))))).....))))))((((((.(.(((..((........))..)))).)))))).....)))).))).)))).))))))).))))..))....)))))))))))...))))...................))))).))))))))))))))).........((((.((((((((.....((((((((....)))))))).)))).)))).))))...)))))))))))................(((....)))....(((((...((((....))))...)))))(((((((((...)))))))))...((((.......(((((((......(((.((...)).))).....)))))))......))))((((((((.......))))))))))))..))..)))).)))))(((((((...........))))))).)))))))))))......((((...((((.(((.(((((.......((((((..(((((..(....)..))))))))).))...(((((......(((((........))))))))))...((((((((.....))))))..)).......)))))..))).)))).)))).......(((((.....))))).))))))..)))).(((((((.(((.(((((..........((((...(((.(((((((........)))))))..)))))))...........))))).)))(((((..(((...(((((........)))))......)))..)))))..)))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({((((((((((({,(((,.,.{{{{..|,,.{{{{{{,(((((,,,,,.....}}}}}.}}}|||,||{(((({......}))))}|,{||,,||((({{,,,||{((((,.,,(((((,((((.((,..{((({...(((((((((((((((((.....((((((...(((((((.....((.,((((({{....(((((({.....})))))}..,|,,}},}))))|,|}(((((((((((.((((((((.((..((((((...(((.((((((.((((((((.........))))))))..((((............)))})))))).))).))))))..))...((((((((........,.........,....))))))))))))))))))))))))))),,,)))))))......))))))...{((({.((((.((((,..,({{(,..,,,,,}||,..((((...{((((((((({.{{,,(((,..{{,......,|.,,|,{{({.(((,......(((((((((((((....((((((((((....((.((((..,((.((,{((,.((((((({.{{((((({{....((..(((((((((........((((((((((.................,{{(((...)))..}},.((((((......((....((({....)))}.............(((((...))))).....))......))))))......)),})))))))....)))))))))..}}})},,..,|,..}}))),..........,,.((((((........)))))).,)))))))),}}})),}).,,,)))).))....))))))..))))....))))))).....))))))((((((.(.((({,,(,,....,,|}..}})}.))))))....,})))},))}),)),},}}}))}))))..,,....}))))))))))...))))...,.,}}},..}},,..,))))).))))))))))))))).........((((.((((((((.....((((((({....}))))))).))))}}))).))))...))))))))))},,.......,.},.,.{||....))),,..|||||,,,|{{{....||||...}}|},(((((((((...))))))))).,,||||......,({{((((...,,{(((,({,,{|||,,......}}}}}}}......||||{,(((,,,....,,,,)))))}}}}}}.,,}..})}}.|}|}}{(((.,,...})),.}}}))))))).,.,)))}}}))}}.....,,((((((,..,,,..}}}}}}.....({((((..{((((..{....}..))))))))).))...|||....||,.,{{{{........}}||}||}|}|||}}((((((.....)))))}.,{((({...}}}}.,..,|{{|||,,{|||{{,,...{((((.....))))).)))))}..,}}}.{{(((((,(((.{({{{.......,.,{{{{..,(|(.(((((((........))))))),.))))))}}....,,,...})))),))){((((..(({...(((((........)))))....,,),}..)))))..)))))))..,