Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_UBAP2_0009000

Sequence Length

1093 nt

GC Content

0.4712

CUUAUGGAAGUGACAGGGAAAAAUCAGGAUGAAUGCAUAGUGGCCCUACAUGAUUGUAAUGGAGAUGUGAACAAAGCUAUCAAUAUAUUGCUGGAAGGGAAUUCAGACACAACUUCAUGGGAGACUGUAGGGUGUAAGAAAAAGAAUUUUGCAAAAGAAAAUUCAGAAAACAAAGAGAAUAGAGAGAAGAAAAGCGAGAAAGAAUCGAGUCGUGGACGUGGAAACAACAACCGGAAAGGAAGAGGCGGCAAUCGUGGCAGAGAAUUUAGAGGUGAAGAAAAUGGAAUUGAUUGCAAUCAAGUGGACAAACCUUCAGAUCGUGGCAAGCGAGCCCGGGGUAGAGGAUUUGGACGUGGCAGAGGGAGAGGGGCAGGAAGGUUCUCAACCCAAGGCAUGGGGACAUUUAAUCCUGCAGACUAUUCAGAUUCUACAUCUACAGAUGUGUGUGGGACAAAGCUAGUAGUUUGGGAAGCUGCUCAGAAUGGUGCAGAUGAGGGAACUGAACUGGCAUCAAAUACUCACAACAUAGCUCAGGAUCUGUCAAACAAAAGUUCUUAUGGACUCAAAGGGGCUUGGAAGAAUUCUGUGGAAGAGUGGACAACAGAAGACUGGACUGAAGAUCUUUCUGAAACAAAGGUCUUCACUGCCUCAUCUGCUCCAGCAGAGAAUCACAUCUUACCUGGGCAAAGCAUUGAUCUGGUAGCCUUGCUCCAGAAGCCUGUUCCUCACAGUCAAGCCUCAGAAGCCAACUCCUUUGAAACUUCCCAACAGCAGGGCUUUGGCCAAGCCCUUGUCUUCACAAAUUCGCAACACAACAAUCAGAUGGCACCAGGGACUGGCAGCUCCACUGCCGUCAACUCCUGUUCUCCUCAGAGCCUGUCAUCCGUCCUUGGCUCAGGAUUUGGAGAGCUUGCACCACCAAAAAUGGCAAACAUCACCAGCUCCCAGAUUUUGGACCAGUUGAAAGCUCCGAGUUUGGGCCAGUUUACCACCACCCCAAGUACACAGCAGAAUAGUACAAGUCACCCUACAACUACUACUUCUUGGGACCUCAAGCCCCCAACAUCCCAGUCCUCAGUCCUCAGUCAUCUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-297.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -316.96

Frequency: 0.0000

Diversity: 178.92

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(....).(((((((.((((......(((((...((((..(((......)))...))))((((((.((((.....(((............))).(((.....)))...)))).))))))((((...(((((((((.........(((((((.......)))))))........................((....(((.......)))..))((((...(((((((.....(((((..(((((.(((((.....(((((((.(..(((.((((.(((.(....(((.(((((...........(..((((((((....(((.(((......))))))....)))).))))..)..(((((..((((((..((((((..(((((((.((...))..)))))))......))))))...)).......((((((((..((....))))))))))(((((((.((.(((.((((((((((.(......).)))).(((.(((.((((.(((...................))).))))..))).))).......((((....))))(((((((((.((((.....(((((.((..((.((((.(((((....(((((.(((((((((((.......)))))))))))(((((..(((((((((((..((((......))))..))))....))))..)))..)))))......)))))....)))))..)).)).))...)).))))).)))))))))))))..))))))))).))..)))))))((((..((((((((.((.......................)).))))..))))..))))..)))).)))))))))).)))).))).))))))).)))))))))))))))(((.(((((((((((.(((((((.....(((....))).......))..)))))))))))))))).))).........)))...)))))....)))).))))))).....((((...........))))....)))))))))...........(((((..........)))))..)))).)))))...))))..)))).))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(....).(((((((.((((......(((((,..{({,.,(((,,,,{{||,...))))((((((.((((.....,,{...........,)||{((......))),,.)))).))))))|||,...(((((((((.........(((((((.......)))))))........................,.....(((.......)))..}}{{((..((((((((.....((.....)),{(.(((((.....(((((((.(..(((.((((.(((.{....(((.(((((..........{(..((((((((....(((.(((......))))))....)))).))))..),.(((((..((((,{..((((((,.(((((((.{(...,)..)))))))......))))))...}}.......{{((((({,.,,....)})))))))}(((((((.({.(,((((((((((((,(.....,).)))).(((.(((.((((.(((...................))).))))..))).)))......,((((....))))|((((((((.((((.....{((((.((..((.((((.(((((....(((((.(((((((((((.......)))))))))))(((((..(((((((((((..((((......))))..))))}...,))}..)))..)))))......)))))....)))))..)).)).))...)).))))}.))))))))))))}..))))))))}.))..)))))))((((..((((((((.((.......................)).))))..))))..))))..)))).)))))))))).)))}.))).))))))).)))))))))))))))|(({(((((((((((,({(((({,....{{{....||}...........||||,)))},}))))).,,}}}}}..,})))))}))))))))),)))).)))),,}.,,..((((...........))))....))))))))).,,.,,.....{((((..........))))},,)))}.)))))...))))..)))).))).