Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_UBAP2_0020300

Sequence Length

2473 nt

GC Content

0.3753

GUGUGAGCCACCGUGCCUGGCCAGGGUAUCAUUUGCUAUAUGAAAUGGGGUAAAGUGUUUCUCAGAUGUUUUACAAAGACAGCUGGCCCCUUUAUAAAGAUAGAGUACCUUUCGGCGAGGCUGUGUAAAGAUGUACAUUGUGUAUACAUACACUUUAUGCCAACUCUUCUGGGAUGAUUUUUCCAGGACCUCUGGAAUUUACUUUUUGUAUUCUAACCUAAGAGGACUGGAUUCUGUUUUACACAGUUGUCUAGUAUUUUCAUAUUAGCAAACAUAAUAAAUUGAGUUUGUUCAGUGUGGGCAUUAUUUUCUCUGGCAUAGAUAAGCUUUAUUGUUUAAUUAGAAAAGAAAUGCAGAAAAAUAUUAAAGAUUAAAUCAAAUUAAACAUCCUCACUUAAAUAAUGACUUAUACCUCUUCCUUCAGUAAGUACAUAGGCUCCUAUUUGAACUAAAAAAUGUAAUUCUAUAUGCUGUUUGCUGAUAGCUUGCUUUUUCUAUCAAGGACCUCUUUCUAUAUGUACCUAUGUAACUGGUAAAAUGGCUACAUACUGCUCCAUUUAUGGAUACACUAGACUACUUAGUCUCCUGAAUUUGAUAUUUUGGGAAUCCGCCUCCCCUCCUUUUAUGCUGUUGAUCAUUUUGUCUGCACAUAAAUGUUUGAACAAUUCUUACGUUAUUAUUAUUAUUAUUUUUGAUACAGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCAGGUUCAAGCCUUCUAGGUUCAAUUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGUGCCUGCCACCACUCUCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUAAGAGUUUCACAAUGUUGGCCAGGAUAGUCUCCAACUCCUGGCCUCAAGUGAUCUUCCUGCUUUGGCCUCCCAAUGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCAGUGUGCUCGGCCACGUUGUUUUAUUUGAAUAAGGGCCUAGAAGUAGAAUUGCUGGGUUGAAAGAGUAUGCACCAAAUAGGCCAGGCGCAGUGGCUUAUGCCUGUAAUACCAGUACUUUGGGAGGCCGAGGUAGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGAGCACCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAUUACAAAAAUUCACUGGGUGUGGUGGUGUACGCCUAUAACCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGACAGGAGUUAUCACUUGAACCCAGGAGAUGCAGGUUGCAGUGAGCCGAGACUGUGCCAUUGCACUCCACUCUGGGUGACAGAGUGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAUUGGGGGGUACUAUUUCUAAGUAACCUUCUAGAAAGGUUACAAUAGAUGCAUGCUCACCAGAACUGUAUGAUAAUACCUCAUUGUUUCACCUUAACUAUCAGGUGAUAGUAUAUUCAGUCUUCAUUAUUAAAGCUUAGAGGUGGAACAUAAUUUAUAUCUUUUUCAUAUCCAUUUUAUAUCUAAUUAAAUAUGUGAGUUCAUCACAGCUUUGCAGAAGACCAGAUAUUCCAUUUCAAAAAAAGAGUUUGGAAGUUGGCUUCCACUGUUAUGGAAAUAAUUCAACUUAUCACCCAAAUUUUAGUUUAUUAAUUUCCAGUGCUAAUGUUUACUUUGGAUAUAUAAUGUCAAAUUUUGUUUUUCUGUAAGAUUUUUAAAAAGCAUAAAACAGUUACUCUUAAUUUUGGAUGGAGUCAUUUCCAGUCCCUUCUGAAAUAAGGCAGAUUAUGAAUAAGUAAAUGGAAACUAUUGGGCCAAUUUUAGGAUUUCUCUGUAACUACCCUGCUUGAUAAUUUUUAUAUCCACUUAUAGUCAAGAAUGUAGUAUCUUUUUCUUUCUCAGCCAUUUAUAUAUAUAUAUAUAUGGUAGAUUAGAUUUGGUAUCACCAUUAGGGGAGAGGUGGAGAAGGGAGGUUAUAUAAAUUAUUUGACUUCUCACUAGAAGAAUUCUUUGGAGGUUAAAAAUUUAGGUGCUUUAUAAAUUUUUUAAAAACCCACCAAAACCAAGCUAAAAUUUUACUUAUCUGCCAUUAAAUUGUUUUAGAUAAUUAGUUUGAAUAAUGGAACAGGCAAGGUUGUAUUCCUGGAGCUUUUGGGGCAUCAUUCUAAGUAAUUUUGUGGUCUUUGAAUUAAUAAGUAGAUUUAAGGCCUAAUAGAGAGGUAAGUGAGGUGGUGUAGAAUAGGAGCUUGGGGAAAUGACUUUUACUGUAUUCCUAAAUUUGCAUAGGAAAGGGCUUUAUGUUGGGAAAAUGUACAGUAUUUUGUCAGGUCAGCUAAUAGCUGUAAUUAUUUAGCAACAGGAGCUUAGCAAGAGGAUUGUUACCUUCAUCAUCAAUAAAGUAGAACUAUAGGGAAAGAAUUUAAAUGAUAAGCAGGUGAGCUGCAAGCUGUGGGUAGUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-885.87 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -929.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 425.65

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.((....((((.((((((((((..((((((.((((((..(((((...........(((.((((((...)))))).)))))))))))))).)).)))))))))))..))).)))).(((((..(.((((((...))))))).)))))(((((((((....((((((((......))))))))(((((((....(((.....)))......))..)))))(((((((.((((.....))))..)))))))...(((((((((((((((.(((....))).))))))).))))))))............)))))))))((((......(((((((((.((...............................)).)))))))))......)))).....)).)))))))((((.(((.((((.......(((((((((..(((..(((((.(((......((((..((((....((((((((((((((((((((.((.(((.((((((((.((((((..((((((.(((......))).))))))....((((....)))).......((((....))))(((((((........))))))).((((((((((((....(((((.(((.(((......))).))))))))((((((.......(((((((...............(((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((...(((((((((((((((((((.((.((((..(((((((((((...)))......((((.((((((.((((((((((((((((((((((.(((.(((((..(((((((((.(((((..((((((((((.(((((((((((((..(.(((((((.((((((((((((....((((.((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((((.((((((.((((...(((...(((((.......(((((((((......)).)))))))....))))).....)))...)))).)))))).))))))))))))))))..))))))).)))))))))))))))))).))))))).)))))))))))))).))))....)))))))))))).))))))))..))))))))))))).))))))))))..))))).)))))))))..))))).))).)))))))))))))))))))))).))))))..))))))))))))..)))).)).)))))))))))))))))))...))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))).)))))))............(((.(((((.....((((.((((((((.....))))))))..))))....))))).)))((...((((....)))).))..(((((((((((.((((((....))))))......((.(((........)))))..)))))))))))......................((((.(((((((((.(((((((((((.....)))).((...)).((((.((((...(((((.(((.......)))..))))).))))))))....((..((((((((((..((((...............)))).))).)))))))..))..)))))))..))))))))).))))................)))))))........))))))...((((....((((((..((((....(((..((((((....(((.....((((......))))....)))....))))))..)))...))))..)))))).....)))).(((((....((((((......((((......))))))))))...))))).......(((.(((..(((((.(((((....))))).))))))))..)))..((((...))))...)))).))))))))...(((((((((.(((...))).))))))))).............(((((.(((((((((((((.........)))))))))....))))..)))))..((((((((........(((((((.((......))...)))))))))))))))......(((((((..((((((((.(((((.(((((((((..(((((((((.......((((..((((((.(((((........))))))))))).....)))).......)).)))))))....))))))))).)))))))))))))..))))..)))......)))))))))))))).))).)).)))))))).))).)))....))))))..))))..)))).....))).)))))))).)))))))))....((((........))))(((((...((((......((....))......)))).)))))..((((.....))))..)))).))).))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((.({....((((.((({((((((..(({{((.((((((..(((((..,,,...,..{{(.{{{{{{...,))))).))}))))))))))).)).}))}))))))}..))).)))).(((((..,.(((({{..,|||}}},.))))){((((((({....((((((((......))))))))(((((((({..{((.....)))})))......)))))(((((((.((((.....))))..)))))))...,((((((((((((((.(({....})).))))))).)))))))|.,..........})))))))}((({......(((((((({.{{.....,,|..................,,...)).}))))))))......)}}}.....}).)))))))((((.(((.((((.......(((((((((..(((..((((,....{((((..{(((.((((({.(((((({.(((((((.((((((....(((((((((({.,,((((.((((,.....{,,,..|||}.}}))),.,},|{{{...,)))},,,,..,((((....))))|((((((........))))))}.,(((((((((((,,..{((((.(((.(((......))).)))))))|((((..(({...,))..))))}.............(((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((({,,.(((((((((((((((((((.((.((((..((({{{{{|||...,||{,,,..((((.((((((.((((((((((((((((((((((.(((.(((((..{((((((((.(((((..((((((((((.(((((((((((((..(.(((((((.((((((((((((.,..((((.((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.(((((((.,((((((((((((((((.((((((.((((.,.((({{,{{{{{,,,,,,.|((((((,{,,...,)}.))))))}....}}}}}.....},,...)))).)))))).)))))))))))))))),.))))))).)))))))))))))))))).))))))).)))))))))))))).))))..,.)))))))))))).))))))))..))))))))))))).))))))))))..))))).))))))))}..))))).))).)))))))))))))))))))))).))))))..)))),)))))))..)))).)).))))))))))))))))))).,,})))))))))))))).))))))))))))))))))))))))).)))))))...........,(((,{(((({{{..((((.((((((((.....))))))))..}}||,,{,|||||.,,.|,...|||||,..,}},.....(((((((((((.((((((....))))))......((.(((........)))))..))))))))))).......,..,,..,,,,,,,.{{{{,(({{{{{{{.{{{{,,(((((.....))))}(({{{{{{(((({(,(({{{(((((,((({{{,.,{|||,.|||||{.,,,))))}|{{((,.((((((({({..((((...............)))).)}),})))))),,||,.|}}|||}..}}}||||}}.,}))...,,{{{{{|,,,,..}}}}}},,,.....,))))}..}}}}},.}}}}}|,,}}}|||}}}|||}.,}}),,,}}}.,}}}}}...}}}))),)}}}}}}}}.}}},,,||||},,,{|||{{{||||.,||||||.....}}},.{((((....((((((......{{{{......))))))))))...))))),,,....,,,.{{(..(((((.(((((....))))).)))))})),})))..}))},,,.)))..,)))).)))))))))})))))))))...((((((.(((((((((,{{..((({...,))).)))))))))))))))))((((.{((.{{{,...,))).}}}..)))).....((((((((........(((((((.((......))...)))))))))))))))....)))))).))))))).}....(((((.(((((((((..(((((((((,...,..((((,{((((((((((((........)))))))))))..,,}))),..,....}}))))))))....))))))))).))))).((((...(((((((((((((.....(((((((......,))))))))))))....))))))))....)))).)))))).}))))))))))))))))))))).))))))))),,..{{((.,,.,,.|||},,{{,({..{{,{,,....||..,,})......}}},.,}}}}..((((.....))))..)))).))).))..))