Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_UBAP2_0023800

Sequence Length

369 nt

GC Content

0.4363

GCUGGUCUCUUAGGCUAAAGUGAUCCUCCUGCCUUGGCCUACUAAAGUGCUGAGAUUACAGGUGUGAGCUUAAUGCCUGGCCCCAUAUGUAAAAUUAAAAAAAAAAAGUAAAAUGAACAACCAAGAAAUAGGACAUUACUGCUACCUGGAAGUCUCCUGUGUAUGCCAGCUCCCAAGGCAUUUCUUUUCGCUUUCCUUGAGGUAACCAUUACCCUACAUUAUAGGUUUACUAUUCCUUUGUGUUGUUGUUUUAAAAUAGAGACAAGGUCUAGCUAUGUUGCCCAGGGUGGUCUUGAACUCCUGGACUCAAGUGAUCCUCCUGCUUGGCCUCCCAGAGUCCUGGGAUUAUAGGUAUGAGUCACUCUGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-91.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -98.37

Frequency: 0.0000

Diversity: 89.07

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((.(((((((..(((((((......((((((((....((...((((.((((((.(((((...(((.(((((((((........(((..........................))).........)))).)))))..))))))))..))))))....))))...))...)))))))).......))))))).)))))))..))))....((((.....))))..........((((((.((..(........)..)).))))))....((......))(((((((........)).))))).(((((((((..(((.((((((...((((((....))))))...)))))).)))))))).)).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,{((({{(({(((..{((((((......((((((((....{,...((((.((((((.(((((,..(((.(((((((((........{{{....,,...............,,,..}}}.........)))).)))))..))))))))..))))))....))))...}}...)))))))).......))))))}}))}}}||{{|},,,||||{{{{{..{|{||....{{|..|{{{{|{,{{,,(,,,.....},,)),)))))).,})}}|,,}.}},{{|||||,,......}).))})).....(((((..(((.((((((...((((((....))))))...)))))).)))))))).,)}))