Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_UBE3A_0002700

Sequence Length

2292 nt

GC Content

0.3887

GAAGCGAGCAGCUGCAAAGCAUCUAAUAGAACGCUACUACCACCAGUUAACUGAGGGCUGUGGAAAUGAAGCCUGCACGAAUGAGUUUUGUGCUUCCUGUCCAACUUUUCUUCGUAUGGAUAAUAAUGCAGCAGCUAUUAAAGCCCUCGAGCUUUAUAAGAUUAAUGCAAAACUCUGUGAUCCUCAUCCCUCCAAGAAAGGAGCAAGCUCAGCUUACCUUGAGAACUCGAAAGGUGCCCCCAACAACUCCUGCUCUGAGAUAAAAAUGAACAAGAAAGGCGCUAGAAUUGAUUUUAAAGAUGUGACUUACUUAACAGAAGAGAAGGUAUAUGAAAUUCUUGAAUUAUGUAGAGAAAGAGAGGAUUAUUCCCCUUUAAUCCGUGUUAUUGGAAGAGUUUUUUCUAGUGCUGAGGCAUUGGUACAGAGCUUCCGGAAAGUUAAACAACACACCAAGGAAGAACUGAAAUCUCUUCAAGCAAAAGAUGAAGACAAAGAUGAAGAUGAAAAGGAAAAAGCUGCAUGUUCUGCUGCUGCUAUGGAAGAAGACUCAGAAGCAUCUUCCUCAAGGAUAGGUGAUAGCUCACAGGGAGACAACAAUUUGCAAAAAUUAGGCCCUGAUGAUGUGUCUGUGGAUAUUGAUGCCAUUAGAAGGGUCUACACCAGAUUGCUCUCUAAUGAAAAAAUUGAAACUGCCUUUCUCAAUGCACUUGUAUAUUUGUCACCUAACGUGGAAUGUGACUUGACGUAUCACAAUGUAUACUCUCGAGAUCCUAAUUAUCUGAAUUUGUUCAUUAUCGUAAUGGAGAAUAGAAAUCUCCACAGUCCUGAAUAUCUGGAAAUGGCUUUGCCAUUAUUUUGCAAAGCGAUGAGCAAGCUACCCCUUGCAGCCCAAGGAAAACUGAUCAGACUGUGGUCUAAAUACAAUGCAGACCAGAUUCGGAGAAUGAUGGAGACAUUUCAGCAACUUAUUACUUAUAAAGUCAUAAGCAAUGAAUUUAACAGUCGAAAUCUAGUGAAUGAUGAUGAUGCCAUUGUUGCUGCUUCGAAGUGCUUGAAAAUGGUUUACUAUGCAAAUGUAGUGGGAGGGGAAGUGGACACAAAUCACAAUGAAGAAGAUGAUGAAGAGCCCAUCCCUGAGUCCAGCGAGCUGACACUUCAGGAACUUUUGGGAGAAGAAAGAAGAAACAAGAAAGGUCCUCGAGUGGACCCCCUGGAAACUGAACUUGGUGUUAAAACCCUGGAUUGUCGAAAACCACUUAUCCCUUUUGAAGAGUUUAUUAAUGAACCACUGAAUGAGGUUCUAGAAAUGGAUAAAGAUUAUACUUUUUUCAAAGUAGAAACAGAGAACAAAUUCUCUUUUAUGACAUGUCCCUUUAUAUUGAAUGCUGUCACAAAGAAUUUGGGAUUAUAUUAUGACAAUAGAAUUCGCAUGUACAGUGAACGAAGAAUCACUGUUCUCUACAGCUUAGUUCAAGGACAGCAGUUGAAUCCAUAUUUGAGACUCAAAGUUAGACGUGACCAUAUCAUAGAUGAUGCACUUGUCCGGCUAGAGAUGAUCGCUAUGGAAAAUCCUGCAGACUUGAAGAAGCAGUUGUAUGUGGAAUUUGAAGGAGAACAAGGAGUUGAUGAGGGAGGUGUUUCCAAAGAAUUUUUUCAGCUGGUUGUGGAGGAAAUCUUCAAUCCAGAUAUUGGUAUGUUCACAUACGAUGAAUCUACAAAAUUGUUUUGGUUUAAUCCAUCUUCUUUUGAAACUGAGGGUCAGUUUACUCUGAUUGGCAUAGUACUGGGUCUGGCUAUUUACAAUAACUGUAUACUGGAUGUACAUUUUCCCAUGGUUGUCUACAGGAAGCUAAUGGGGAAAAAAGGAACUUUUCGUGACUUGGGAGACUCUCACCCAGUUCUAUAUCAGAGUUUAAAAGAUUUAUUGGAGUAUGAAGGGAAUGUGGAAGAUGACAUGAUGAUCACUUUCCAGAUAUCACAGACAGAUCUUUUUGGUAACCCAAUGAUGUAUGAUCUAAAGGAAAAUGGUGAUAAAAUUCCAAUUACAAAUGAAAACAGGAAGGAAUUUGUCAAUCUUUAUUCUGACUACAUUCUCAAUAAAUCAGUAGAAAAACAGUUCAAGGCUUUUCGGAGAGGUUUUCAUAUGGUGACCAAUGAAUCUCCCUUAAAGUACUUAUUCAGACCAGAAGAAAUUGAAUUGCUUAUAUGUGGAAGCCGGAAUCUAGAUUUCCAAGCACUAGAAGAAACUACAGAAUAUGACGGUGGCUAUACCAGGGACUCUGUUCUGAUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-559.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -611.04

Frequency: 0.0000

Diversity: 531.72

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..((..((....))...)).)(((((((((((((((..((..(((....)))..))..))))...........(((((((.....)))))))....((((((((........)).)))))).....((((((((...((((((......))))))..(((...(((((....(((...(((.(((((.(((..(((.(((((........((..(((((..(....)..))))))).........)))))..))))))...........(((....((((((((((..((((((....((((..(((.(((.......))))))..))))....(((((..........)))))((((.(((....))).))))..((((......))))))))))..))))))))))......)))...(((..(((((((...(((....)))...))..)))))..))).....((((((.........))))))....))))).))).....)))......)))))..)))))))))))...((((((.(.((....))).)))))).....(.((((((((((...(((((((((...(((((((.......((((((((..(((((((((..........)))).)))))..))))))))...))))))).))))..........(((((...........)))))...)))))....)))))))))).)((((.((((......)))).)))).............(((.((((.....((((...((.(((((((...))))))).))))))..((((((((.((((((..((((((.((((((...))))))..((((((.(((.........)))...(((((.....)))))......(((((.....))))).........)))))))))))))))).)).)).))))))...((((....(((((.((((...)))).)))))...)))).......((((..(((........)))..))))(((((((((((((((((..((((((((.((((....((((((((.....((((.((((((((.(.((......(((((.........).))))......))).))))..........((((((((.((((((....(((((((((((((..((..((((......(((((......)))))..(((((..........(((......)))..((((.((........))..))))...(((((((.(((.((....((((((((((.((((((((.....((((.........((((((....)))))).....((((((....)))))).....(((((.((((((..........(((((.(((..((((((....((((...)))).....))))))...))))))))..........((..((((((((((((((...((((((....((((.....((((((..(((..(((..((((.((((((....(((((....))))))))..))).)))).)))....))).)))))).....))))...)))))).....))))))..............))))))))..))......)))))).))))))))).))))))))))))).)))))...)).))).))))))))))))....(.(((((....))))).)........(((((...)))))))))..))..))))))))))))))))))))))))))).)))).))))))))))))((((((((((((.((((((((((.((((((.....))))))(((((((((((((.(((...))))))).)))))))))....(((((((....((.(((((.((...)).))))).))......)))))))....(((((((((((((......((((((.(((...((((...((.((((.(((((((((...(((..((.......((((....)))))).)))...))))...))))).)))).)).(((((((.....................))))))))))).))).))))))......)))).)))))))))..........((((((((.(((((..((.(((((..((((.(((...))))))))))))))..))))).....(((......)))....)))))))).)))).)))))))))))).)))))))))).)))))))).))))......)))....)))))))))).......))))))))))))).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,..,({((((((.(({{.(((((..,{,,..(((({......((((.,...{.(((((((((((.....,,...(((((((.....))))))).,,.((((((((........)).)))))).....((((((((,..((((((......))))))..{((...{((((...,(((,{.(((.((({{.(((,.{{,.{||||..,{{...|},|(((((..(....)..)))))}..........}}}}}..}}}}}}...........,,,....((((((((((..((((((....((((,.(((.(((.......)}}})),}))))....{((((........,.)))}}((((.(((....))).))))..((((......))))))))))..)))))))))),,},,.)}},,.(((..(((((((...(({....}))...))..)))))..)))...,.((((((.........)))))}....)))}},)}}.|..,}}}......)))))..)))))))))))...((((((.(.((....))).))))))...,,{.((((((((((.,,({(((((({...(((((((.......((((((((..(((((((((..........)))),}))))..))))))))...))))))).))))}..|,,....,||{{.......,,,.,,,||||.,}})),...)))))))))).}{{{|.{{{{..,,,,|}||,|}}}...,.,,,,..}}}||,|},,....,||||..,{{,((({(({,..,,}}))}|}},}},..},))))))))))).}.,,.))))..{(.(((((((.(......,))))))).))..{{{{{.....,}}}))..,,}.,}}....||{{(,.(((((((((((..,,....,..))))),.{{{{,..||,}{{((....)))}||{....(((((.((((...}))).)))))...))),....})))))...}}}})))}....}}...)))))..}})),)))))|||,.((((((((.((((....((((((((.,{{.{{({{(({(((((.(.((......((((,.........,.))))......))).)))))...))),,.((((((((.((((((....(((((((((((((..((..((((.,,...(((((......)))))..{{(({..........(((......))).,(((({({.{....{{|,.,|||,...(((((((.{({.{,....((((((((((.((((((((.....((((.,,,{....,{||||.,,,)}}}}}.,,..((((({....}))))),,,..(((((.((((((..,,{{{,.,{((((,({{..{((({{..,,{{,,...,}}},,.,.}}))))..,))}}||||{,........||}|||{((((((((((({..((((((..,.((((.....((((((..{((..(((..((((.((((,(..,,((((,..,,))))),,}.,))).)))).)))....))).)))))).....)))).,.)))))).,},,}))})),...,.,.......}))))})}.,,,.}},,,)))))).)))))})}}.))))))))))))).))))).,.,}.})}.)))))))}}}}),,,.|,{(({(....}}}})}}},,,},,,{,,,....))))}))))..))..))))))))))))))))))))))))))).},}},))}.))))))))((((((((((((.(((((({{{,.((((((.....))))))(((((((((((((.(({...))})))),}))))))))....(((((((..,,((,(((((.({...)).))))),)).,,...)))))))....((((((((((((,,({.,,((((({.,(((({((((,..,,.((((,((((({{{{,{{{,,.{{{.,{{...((((....)))).)}))).})))))...))))}.,)))})).{((((((.....................))))))))))},)))}))))))..}}.}))})})))))))))..........((((((((.(((((..((.(((({.,((((.(((...))))))))))))))..)))))..,..(((......))}....}))))))).}}}}.))))))))))))},)))))}))).)))))))).,..,...{{,(((({{{.{||||((|...,,)),,....}})))))))..}))