Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_UBE3A_0004400

Sequence Length

1763 nt

GC Content

0.3834

AUGUGACUUACUUAACAGAAGAGAAGGUAUAUGAAAUUCUUGAAUUAUGUAGAGAAAGAGAGGAUUAUUCCCCUUUAAUCCGUGUUAUUGGAAGAGUUUUUUCUAGUGCUGAGGCAUUGGUACAGAGCUUCCGGAAAGUUAAACAACACACCAAGGAAGAACUGAAAUCUCUUCAAGCAAAAGAUGAAGACAAAGAUGAAGAUGAAAAGGAAAAAGCUGCAUGUUCUGCUGCUGCUAUGGAAGAAGACUCAGAAGCAUCUUCCUCAAGGAUAGGUGAUAGCUCACAGGGAGACAACAAUUUGCAAAAAUUAGGCCCUGAUGAUGUGUCUGUGGAUAUUGAUGCCAUUAGAAGGGUCUACACCAGAUUGCUCUCUAAUGAAAAAAUUGAAACUGCCUUUCUCAAUGCACUUGUAUAUUUGUCACCUAACGUGGAAUGUGACUUGACGUAUCACAAUGUAUACUCUCGAGAUCCUAAUUAUCUGAAUUUGUUCAUUAUCGUAAUGGAGAAUAGAAAUCUCCACAGUCCUGAAUAUCUGGAAAUGGCUUUGCCAUUAUUUUGCAAAGCGAUGAGCAAGCUACCCCUUGCAGCCCAAGGAAAACUGAUCAGACUGUGGUCUAAAUACAAUGCAGACCAGAUUCGGAGAAUGAUGGAGACAUUUCAGCAACUUAUUACUUAUAAAGUCAUAAGCAAUGAAUUUAACAGUCGAAAUCUAGUGAAUGAUGAUGAUGCCAUUGUUGCUGCUUCGAAGUGCUUGAAAAUGGUUUACUAUGCAAAUGUAGUGGGAGGGGAAGUGGACACAAAUCACAAUGAAGAAGAUGAUGAAGAGCCCAUCCCUGAGUCCAGCGAGCUGACACUUCAGGAACUUUUGGGAGAAGAAAGAAGAAACAAGAAAGGUCCUCGAGUGGACCCCCUGGAAACUGAACUUGGUGUUAAAACCCUGGAUUGUCGAAAACCACUUAUCCCUUUUGAAGAGUUUAUUAAUGAACCACUGAAUGAGGUUCUAGAAAUGGAUAAAGAUUAUACUUUUUUCAAAGUAGAAACAGAGAACAAAUUCUCUUUUAUGACAUGUCCCUUUAUAUUGAAUGCUGUCACAAAGAAUUUGGGAUUAUAUUAUGACAAUAGAAUUCGCAUGUACAGUGAACGAAGAAUCACUGUUCUCUACAGCUUAGUUCAAGGACAGCAGUUGAAUCCAUAUUUGAGACUCAAAGUUAGACGUGACCAUAUCAUAGAUGAUGCACUUGUCCGGCUAGAGAUGAUCGCUAUGGAAAAUCCUGCAGACUUGAAGAAGCAGUUGUAUGUGGAAUUUGAAGGAGAACAAGGAGUUGAUGAGGGAGGUGUUUCCAAAGAAUUUUUUCAGCUGGUUGUGGAGGAAAUCUUCAAUCCAGAUAUUGGUAUGUUCACAUACGAUGAAUCUACAAAAUUGUUUUGGUUUAAUCCAUCUUCUUUUGAAACUGAGGGUCAGUUUACUCUGAUUGGCAUAGUACUGGGUCUGGCUAUUUACAAUAACUGUAUACUGGAUGUACAUUUUCCCAUGGUUGUCUACAGGAAGCUAAUGGGGAAAAAAGGAACUUUUCGUGACUUGGGAGACUCUCACCCAGUUCUAUAUCAGAGUUUAAAAGAUUUAUUGGAGUAUGAAGGGAAUGUGGAAGAUGACAUGAUGAUCACUUUCCAGAUAUCACAGACAGAUCUUUUUGGUAACCCAAUGAUGUAUGAUCUAAAGGAAAAUGGUGAUAAAAUUCCAAUUACAAAUGAAAACAGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-425.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -464.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 623.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..((..(((.(((...(((((...........)))))......))).)))..((((.(((....))).))))..((((......)))).((((((((((((..((...((((......(((..(((((((...(((....)))...))..)))))..))).....((((((.........)))))).......(((.(((...((.......)).))).)))))))...))..))).)))))))))))..))))((((((.........((((....))))((((((....(((((((.......((((((((..(((((((((..........)))).)))))..))))))))...)))))))))))))..(((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((..((((....((((...))))....)))))))).)))))))))(((((.....((((.....((((...((.(((((((...))))))).))))))..((((((((.((((((..((((((.((((((...))))))..((((((.(((.........)))...(((((.....)))))......(((((.....))))).........)))))))))))))))).)).)).))))))...((((....(((((.((((...)))).)))))...))))....(((..((((.((((.((.((((((.((((.(((.((((.((((((.........((((((.(((.((((((......))))))(((((((((((((.......................((((.......))))....(((((((.(...(((((((((((...((...(((......................(((((......)))))))).))...))))....)))))))...).)))))))........)))))).)))))))......(((((((...(((((.(.....).)))))....))))))).........))).)))))))))))).))))(((((....)))))((((.(((((.((...((((...)))).))))))).))))....))).))))))))))..)).)))).))))..)))(((((((........)))))))..((((((((((..((((((....((((.....((((((..(((..(((..((((.((((((....(((((....))))))))..))).)))).)))....))).)))))).....))))...)))))).)))).......))))))......))))......)))))...))))))))))))))).....)))))))))).(((((((.(((.....))).))).))))......(((.((((((....).))))).)))....((((.((((((((..((((.(((((((((((((((...)))))))((((((((....((((.(((((((.((........)).....((((((.....))))))(((((((((((((.(((...))))))).))))))))).(((..((.....))..)))((((...))))))))))).))))))))))))...((((((((.(((..((((....((((.((((...((......))..)))).))))..))))..)))..))))))))((((....)))).(((.....))))))))))).))))...))))...))))..))))........))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((..(({.(((.,,,...|||{|},,.,,.....|||||,..,,.|}}.}}}.,{({(.(((....))).))))..{({{.,,.,,|||}.((((((((((((,,((...{|||,,||..(((..((((({(...(({....}))...}}..)))))..)))..,{{((((((..,....,,|}|}}|,.....,({(,(((...{{.....,,|,,||}.}}}}))),}.))..}||||||}}}}}}.|,,||||((((((,,.,{.((((((({{{.{{{{((((((,...(((((((.......((((((((..(((((((((.,,....,..)))),}))))..))))))))...))))))),)))))..||,....,||{,,{,,.{{{{{{{{|,{{({.|{||{{,.,}|||||}},.,{{{{.{{||..,.,,|}||,||}}..,},}}||,,|||||.({{,..,,.{{{{{{{(({{(({(({,..|},||||{|,,.,,..|||||(((,((((((..,{((((..((.(((((((,{.....,,))))))).))..{{{{{.....,||||}....},}}}....,,{{||||,,||}|||||........,,.}}})))))))))),}},)}.|}}}}},|||{((.,..(((((.((((...}}}}.)))))..,))),....{{{,,((({.{{((,{,.{(((({,{{{{.{|||||||,|||{||,||,,,||||||,,,,|||,{{{|||},,,.})))}))|||||||{{{{((.......((,..........|,|{{|{.......)))),,|.{{(((((.{.,,(((((((((((...,((({(((....,...,......,......(((((......))))),}},}},..}}}}....})))))}...},)))))}},,,,....}))))},)))}}}||,,,,,{((({((...(((((.(.....|.)))))....}}||||}.,,,.....,|||},}}}})))))}.,},{(((({....}))))},||.{(((({,({{{({,,,,,{||,.|||||||,||||{,..|}},||||}||}}},,}}.}}}},)))}..})}{((((((........))))))},{{{((((((({..((((((..,.((((.....((((((..{((..(((..((((.((((,(..,,((((,..,,))))),,}.,))).)))).)))....))).)))))).....)))).,.)))))).,}}},}}}}}},,,}}}..,,..,}}},,,|,,},}}}}..}))))))}))))))),..,}}})))))))),{||||||,{{{.,...)))}))}.)))).,..|.((({(....))))),}}}}}}}},|,...}}}}}}}}))}},.|||||.}|||||||(((((({...)))))))((((((((....((((.(((((((.{(........||.....{(((({.....}))))}(((((((((((((.(({...))})))),})))))))).(((..((.....))..)))((({...})))))))))).))))))))))))..,,,||||,,,|||}}||,|}}}}}}|{||((({{{.({{,,...},.))),}))))}.))||,,|,,.}|,}||||}|{((....)))}.|||....,)))}},,}}},.,}})},}}....}}))},,.}},........})))))}