Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_UBE3A_0010400

Sequence Length

2342 nt

GC Content

0.4603

AGCCAGUCCUCCCGUCUUGCGCCGCGGCCGCGAGAUCCGUGUGUCUCCCAAGAUGGUGGCGCUGGGCUCGGGGUGACUACAGGAGACGACGGGGCCUUUUCCCUUCGCCAGGACCCGACACACCAGGCUUCGCUCGCUCGCGCACCCCUCCGCCGCGUAGCCAUCCGCCAGCGCGGGCGCCCGCCAUCCGCCGCCUACUUACGCUUCACCUCUGCCGACCCGGCGCGCUCGGCUGCGGGCGGCGGCGCCUCCUUCGGCUCCUCCUCGGAAUAGCUCGCGGCCUGUAGCCCCUGGCAGGAGGGCCCCUCAGCCCCCCGGUGUGGACAGGCAGCGGCGGCUGGCGACGAACGCCGGGAUUUCGGCGGCCCCGGCGCUCCCUUUCCCGGCCUCGUUUUCCGGAUAAGGAAGCGCGGGUCCCGCAUGAGCCCCGGCGGUGGCGGCAGCGAAAGAGAACGAGGCGGUGGCGGGCGGAGGCGGCGGGCGAGGGCGACUACGACCAGUGAGGCGGCCGCCGCAGCCCAGGCGCGGGGGCGACGACAGGUUAAAAAUCUGUAAGAGCCUGAUUUUAGAAUUCACCAGCUCCUCAGAAGUUUGGCGAAAUAUGAGUUAUUAAGCCUACGCUCAGAUCAAGGUAGCAGCUAGACUGGUGUGACAACCUGUUUUUAAUCAGUGACUCAAAGCUGUGAUCACCCUGAUGUCACCGAAUGGCCACAGCUUGUAAAAGAGAGUUACAGUGGAGGUAAAAGGAGUGGCUUGCAGGAUGGAGAAGCUGCACCAGUGUUAUUGGAAGUGAGCCACCAUUUGAAUUUGCUAGCUCAUGCUGCAGUAUUCAGAUUAGUGGGUGUUUUGUGAUCAUAUUUUCUGCGAUUCAAAUCAAGACCUAAAAUUGAUUCUCAUUCUGAGAUUUACAUUUUAUUAUCCAAUGUUAUUUGGUUAUUGUUUCAGUUUUAAAAUUUCUGACUUGUUAUUCUGACACACUUUAGGAUAACCUAAGUCAAUAGUUUAAUACAAAAAUUUCCCUUUGGUUAUAUGUUUUGAAUUAGGUUAUAUGUUCUGCAUUUACAAGCACAUACAGGAUUCUUACUUCCAGCAACUUGGCAGUAAAAGAAUAAGUAGACUCUUUAGGAGCCAAAGUCAAGCUUGGGAACUGUUGCUAGGUGGUAUAUAUUUCAUAGUUUAUGUUUGUUUCCAAGACAAGGUCUCACUCCAUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCACAGUUCACUGCAACUUUGACCUUCUGGGCUCAAGUGACCCUCCCACCUCAGCCUCCCAAGUUGCUGGGACUAAAGGCACCCACCACCACACCCGGCUAAGAGACGAGGUUUCAUCAUGUUGCCCAGGUUGACCUUGAACUCCUGAGCUCAAGUGGUCCUUAUGUCUUGACCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGACAUGAACUACCACACCUGGCAUAUGUCAUAGUUUUGAGAGUUUGAAUUCUAACCUCGGGACUUUGGUAACUUAUUUAUAAUAUUCUAGAAAUAUACUGUUAUUAGGAUGAGUAGAAAUUCAUUCAGACAGAAACUAUUAUAAAUUACUGCAAGAAAAAUGUCUGCUAGUUCUGCAUAUAUUCAUUUUUCUCUUGAUUAAAAAACAAUUUCCAAUUUGAGUAGAACAACUUUGCUAUGUUUAAUAGACCCAGGACAGAUUUAUUUUAAGGUAAUAAUCUUUCAAUCCUUCUUCUUCUAUACUGGAUUGGUUUAAAUUACUUAGCUUGUCUUAUCAAUGGUUUUUAAUAGCCUACUUUAAUAUAUGUAAAAAGUAGUAAUUAAUAUGUUACAGUUUGGUGGCAAACAUUUUGAUGCCAAAGUUCACAUAUUCUCUUGCUUAGGGAACAGAAAUUGGGAAGAUAGAUGUAGUUAUCAUUUGAUAAUGUAUUUAAACUCUAUCCCAUUUCAGGAUCUCAAAACUUUGUAACAGUUACAUAUUGUACUUCUAAGACUUAGAUUUGUUUUUCUUCUUGUGUCUUACCUUUUUGCAGUAAUAUUUUUAUUUUCCUAUCAUCAUGUCCUCAUUUUUUCCCUCUCUUCUCUUUCCCUGUUAAUUUUGAAAGUUUUGCUGCCUACGUGUUUGAAAACUUCUAAUCUGCCUCUCUUCCCUCAGUGCCAGCAGGUUUAUUUUUUGUUUUGCAAGCCAGCUCUGCCUCCUUACAGUAUGACAUCUGAUGCUGGAGGGUCGCACUUUCAAAAAUGAGUCAGCUGGUACAUGGGGUUAUCAUCAAUUUUUAGCUCUUCUGUCUGGGAGAUACAAGUUUGGAAGCAAUCUUGGGGUACUUACCCACAAGGCUGGUGGAGACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-751.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -794.16

Frequency: 0.0000

Diversity: 623.97

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...(((((..((((((........(((.((((.((((.(((((.((......)).))))))))))))).)))........))))))..)))))))((...((((((((((((((..((((.(((((((((((..(((((.(.(((((((.((((((.((.....))..))))))..((((((((.(((((..((.(((.((((...((.((((((..((((.(.((((((((((((((.((((((((......)))(((.....)))...)).))).))))))))))...(((..((((...)))).))).((((((((.....(.((((....)))).).....))))))))......((((..((.(((((.((((..((((.........))))..)))).))))).))..))))..))))))))))))))).)).)))).))))).....)))))))))))))))))).)).).)))))((((....)).)))))))))).(((.((((.((....)))))).)))...((((((((.....((((...((((.(((.........)))...))))..)))).....(((..((((.....))))..)))(((((.(((.((.((.......)).))))))))))..))))))))........(((((((.((((((((((((...))))((((.....))))))))))))........)))))))...((((((....(((((((((((((((((((((((((((...))))(((.(((((((((((((((.((((((((((((.(((....))))))).))))))))..))))(((((((((((.(((((..(((..((((((((.((.(((((((((((((.(((((...)))))............((.((((......)))).)).....)))))))))(((((..((((((((((((((((......))))))))))..))))))..)))))...................))))...)).)))))))))))..))))).)).))).....))))))..........))))))))))).)))..((((((((((....((((((.((..(((((((((((((.((((((((((((.((((((((((((............((((((((((((((..........(((..(((((.....(((((((..((((((((((((.((.......))))))))).)))....)).)))))))...))))).))).....((((((((..........(((((...((((((......(((((....((((..(((.(((((((..(((.((.....))))).)))))))..)))...))))...))))).....))))))....))))).)).))))))...))))))))))))))...))))))))......((.(((((((((.(((........)))))))))))).))(((....((((((((((((((...((((......)))).((((((((....))))))))....))))..))))))))))...))).(((((((((..(((.......)))......)))))))))...........)))).)))))).....((((((.....)))))).(((((..........)))))...........(((((((......(((((((...............))))))).....))))))))))))).))).....)))))))))).)).)))))).(((((.(((((((((.(((((..(((((((...(.((((((..((((...))))..)))))).)..)))))))...)))))..((((.(.(((((.(((((((((((((..((((((....)))))).))))))...))).)))))))))..).))))........(((.((((.....)))))))...((((((..(((...........)))...)))))).)))))))))...))))).................(((....)))................(((((............)))))))))))))))...((........))....(((((((....((......)).....)))))))..))))))))))))))))))).))))))))))..............))).)).))..)))))...((((((((..((.(((..((((.(((.(((((((...........)))))))..)))))))..))).))..))))))))...(((((((((....)))).))))))))))))))...))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{,,(({{{{,,(((((((((....}||)))))}|{{{((((((((((,,(((((.{({((((({{,,{{((((,{..{.{({{.((({(((({{,..,}}}.|||.{,|{...,},,.,.,|||||||||{||||||{{.|,||||{(({(((({(.{{,.,{{||..}})))),|((((((((.(((((.,{{.(((.((((...((.((((((..((((.(.((((((((((((((.((((((((......))){((.....)))...)).))).)))))))))),,.{{{.,|{((,,.,}}}.))),((((((((.....(.((((....)))).).....))))))))......((((.{((.(((((.((((..((((.........))))..)))).)))))}))..))))..))))))))))))))).)).)))).}))))...,.))))))))))))))}}})}))})})))})})|},...}}.,,||}||||||(((.((((.((....)))))).)))....(((((({...}))))))..((((.(({.,.......}}}.,,))))...{{{{{{{{(((..((((.....))))..)))..,.|(((({{..{{({{({({{|{{(||{{{|||,{..|}|||.....,,||(((({{{,{{((((((|{{|..,}},,||||,,...}))}))))))}}...,{{{({{{,,,,{{.(((((,{((({(((,(((.((,{,((((((((((((((.{{((,(({.{((((((((((((((.((((((((((((.(((....))))))).))))))))..))))(((((((((((.(((((..(((..{(((((((.((.(((((((((((((.(((({...})))).))).)))))}.{{.((((......)))).}}..,,,{..((.{({(((((..((((((((((((((((......))))))))))..))))))..))))))}.))..,,,,........))))...)).)))))))))))..))))).)).})).....))))))..........))))))))))).}))},)))))).,,(((({{,({,{{,....{(({,(((((((((.(((((((((...((((..((((((.,,,.,......,,,.}}||{(((({,...}))))|((..(((((.....(((((((.,((((((((((((.((.......))))))))),,))}},.}}.}})))))...))))).)},.)))))))))).)))))))))((((((......((......))......))))))...,,,,((((({|....((((,,({({(((((((.{(({,.,,...})).))}.(((((..(((((((((((.(((.,,....,..))).))).))))))))...)))))})))))))}))),{{.,,,,,|}{(|{{,.,.,,}),))))))),)))))))))..}}.,|||||,,||||,|...,,,,..(((({....((((((((....)))))))).)))))....,,,,,,,,{((((((((((((.{{(..{((((..{{.((((((((({......,,....,|{{{{{{,.......,,,..{(((..(({,(((....((((.((....((((((.,{{{.((({,,{{,...,{{,}},,}}}}.}}{{(((...............)))))))))))....)).))))))))))..)))}}||||}}}}},}),}......}))))))))).,})}))),,}},,((((((...{.((((((..((({...})))..)))))).}..))))))|{{{{.....}}}}|.,.((((,{(((((((((((((..((((((....)))))).))))))...))).))))))))).,,.,.,,........{{,{((((.....)))))}}...((((((..(((...........))}...))))))..))))))))))))).......,,}))),)}}..}}.)))))).})))),.}}}},}}}}})}}},.,.,,.......|,,}||||}))})}},,,.,))}}}}}})))))},..,})}))),)},,(({{{((((((((.{{{((({{{{{,|,..,||,,,...})..{((..(((..((((((........)))))).,)))..))),...}})))))))))).)))))))).})))),,,.,.,,....,,})))})}.)))))))))))))))},,.,||,...}},.||((((((....)))).)}))))))}|}},,})},,