Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_VIM_0000300

Sequence Length

1376 nt

GC Content

0.6025

UCCUCUGCCACUCUCGCUCCGAGGUCCCCGCGCCAGAGACGCAGCCGCGCUCCCACCACCCACACCCACCGCGCCCUCGUUCGCCUCUUCUCCGGGAGCCAGUCCGCGCCACCGCCGCCGCCCAGGCCAUCGCCACCCUCCGCAGCCAUGUCCACCAGGUCCGUGUCCUCGUCCUCCUACCGCAGGAUGUUCGGCGGCCCGGGCACCGCGAGCCGGCCGAGCUCCAGCCGGAGCUACGUGACUACGUCCACCCGCACCUACAGCCUGGGCAGCGCGCUGCGCCCCAGCACCAGCCGCAGCCUCUACGCCUCGUCCCCGGGCGGCGUGUAUGCCACGCGCUCCUCUGCCGUGCGCCUGCGGAGCAGCGUGCCCGGGGUGCGGCUCCUGCAGGACUCGGUGGACUUCUCGCUGGCCGACGCCAUCAACACCGAGUUCAAGAACACCCGCACCAACGAGAAGGUGGAGCUGCAGGAGCUGAAUGACCGCUUCGCCAACUACAUCGACAAGGUGCGCUUCCUGGAGCAGCAGAAUAAGAUCCUGCUGGCCGAGCUCGAGCAGCUCAAGGGCCAAGGCAAGUCGCGCCUGGGGGACCUCUACGAGGAGGAGAUGCGGGAGCUGCGCCGGCAGGUGGACCAGCUAACCAACGACAAAGCCCGCGUCGAGGUGGAGCGCGACAACCUGGCCGAGGACAUCAUGCGCCUCCGGGAGAAAUUGCAGGAGGAGAUGCUUCAGAGAGAGGAAGCCGAAAACACCCUGCAAUCUUUCAGACAGGAUGUUGACAAUGCGUCUCUGGCACGUCUUGACCUUGAACGCAAAGUGGAAUCUUUGCAAGAAGAGAUUGCCUUUUUGAAGAAACUCCACGAAGAGGAAAUCCAGGAGCUGCAGGCUCAGAUUCAGGAACAGCAUGUCCAAAUCGAUGUGGAUGUUUCCAAGCCUGACCUCACGGCUGCCCUGCGUGACGUACGUCAGCAAUAUGAAAGUGUGGCUGCCAAGAACCUGCAGGAGGCAGAAGAAUGGUACAAAUCCAAGUUUGCUGACCUCUCUGAGGCUGCCAACCGGAACAAUGACGCCCUGCGCCAGGCAAAGCAGGAGUCCACUGAGUACCGGAGACAGGUGCAGUCCCUCACCUGUGAAGUGGAUGCCCUUAAAGGAACCAAUGAGUCCCUGGAACGCCAGAUGCGUGAAAUGGAAGAGAACUUUGCCGUUGAAGCUGCUAACUACCAAGACACUAUUGGCCGCCUGCAGGAUGAGAUUCAGAAUAUGAAGGAGGAAAUGGCUCGUCACCUUCGUGAAUACCAAGACCUGCUCAAUGUUAAGAUGGCCCUUGACAUUGAGAUUGCCACCUACAGGAAGCUGCUGGAAGGCGAGGAGAGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-523.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -546.61

Frequency: 0.0000

Diversity: 245.23

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((...(((((((.(((((((..((.((((((((((((..((((((((.(((............((((..((.((((.((........)))))).))..))))(((((((((.(((...(((..((((..((((((........((((.((((((.((((.(((((((((........))))))......(((((((((..(.((((((((((..(((((((..(((((.((((....))))......((((((.((.((((((((.(((((((((.....((....)))))))).....((((.((....))))))(((((.....)))))(((((.(.((.....))..).))))).))))))))))).))(((((((((((((((((((((..........((((....))))....)))))))))............((((........))))...))))))))))))............................))))))))))))))))))(((((.........)))))))))).))))).)..))))..))))).)))))...)).)))))).))))........))))).)..))))..)))))).)))).))))).............((((.........)))).)))))))))))(((.((((.((((((.(.......)))).)))((((.((((((((..(....(((((........)))))......)..)))))))).))))...)))).)))......)))))))))))).))....)))))))...((((((......))))))............((((((((..((...))..))))))))...(((((.((((((((.(.((..((((((((((.((((((......))))))..))))))..((((((....)).))))....(((.((((....)))))))...))))..)).).))))......((((.(((.((((..(((..(((.(((((....)))))...)))..))).((((.(((((((((.((...(((..(((((..........))))).)))......)).))))..(((((((.((...))))))))).(((.((...)))))...(((.(......))))((((....))))..((((..(((((.(((....))).)))))...)).)).................))))).))))(((((.((..((((((((..(((..(((.......))).)))..))).)))))..))...)))))(((((((((((......)))))))))))...)))).))).)))).)))).))))).)))))))...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

....((((..{(((((((.(((((((..((.((((((((((((..(((((((({(((............((((..((.((((.((........)))))).))..))))(((((((((.(((...(((..((((..((((((........((((.((((((.(({(,({,((((((.,....}.))))))...,,.(((((((((..(.((((((((((..(((((((..(((((.,,(({...,,)}.,},..((((((.{{.(((((((,{((((((||{|,.,.||..,,||,||{||.,.,,({{(,((,..,||||||((({{...,,)}}||(({,{.{||{.|,,.,,..)}))))),))))))))))),}}(((((((((({((((((((((,,......,.((((....)))).,..))))))))))........||,{|{{..,,.,..})))}.})))))))))))).......,,.,},...............))))))))))))))))))(((((.........)))))))))).))))).)..))))..)))))..}}},...)).)))))).))))........))))).)..))))..)))))).)))).))))).............((((.........)))).)))))))))))(((.((((.((((((.{.......})))},))((((.((((((((..(....(((((........)))))......)..)))))))).))))...)))).)))......)))))))))))).))....)))))))...((((((......)))))).....,.,,,,.((((((((..({...})..))))))))...(((((.(((({((({({((,.{{{,((((((.((((((......))))))..)))))),.||||||.,.,}}.|||,,,,.(((.((((....)))))))...|,,,.,)),)})})),.....((((.(((.((((,.(((..(((.(((((....))))).,.)))..))).((((.(((({((((.((...(((..(((((..........))))).)))...,..)).))))..(((((((.{{...}})))))))..,{,((.,.||||....||,.|,.....}}}}((((....))))..(({{..(((((.{({....))}.)))))...)).}}.........,,.,,...))))).)))){((((.((..((((((((..(((,.(((.......))).)))..))).)))))..))...)))))(((((((((((......)))))))))))..,)))).))).)))).)))).))))).))))))),}.))))