Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_VIM_0004900

Sequence Length

1099 nt

GC Content

0.4440

GAUGUUGACAAUGCGUCUCUGGCACGUCUUGACCUUGAACGCAAAGUGGAAUCUUUGCAAGAAGAGAUUGCCUUUUUGAAGAAACUCCACGAAGAGGAAAUCCAGGAGCUGCAGGCUCAGAUUCAGGAACAGCAUGUCCAAAUCGAUGUGGAUGUUUCCAAGCCUGACCUCACGGCUGCCCUGCGUGACGUACGUCAGCAAUAUGAAAGUGUGGCUGCCAAGAACCUGCAGGAGGCAGAAGAAUGGUACAAAUCCAAGUUUGCUGACCUCUCUGAGGCUGCCAACCGGAACAAUGACGCCCUGCGCCAGGCAAAGCAGGAGUCCACUGAGUACCGGAGACAGGUGCAGUCCCUCACCUGUGAAGUGGAUGCCCUUAAAGGAACCAAUGAGUCCCUGGAACGCCAGAUGCGUGAAAUGGAAGAGAACUUUGCCGUUGAAGCUGCUAACUACCAAGACACUAUUGGCCGCCUGCAGGAUGAGAUUCAGAAUAUGAAGGAGGAAAUGGCUCGUCACCUUCGUGAAUACCAAGACCUGCUCAAUGUUAAGAUGGCCCUUGACAUUGAGAUUGCCACCUACAGGAAGCUGCUGGAAGGCGAGGAGAGCAGGAUUUCUCUGCCUCUUCCAAACUUUUCCUCCCUGAACCUGAGGGAAACUAAUCUGGAUUCACUCCCUCUGGUUGAUACCCACUCAAAAAGGACACUUCUGAUUAAGACGGUUGAAACUAGAGAUGGACAGGUUAUCAACGAAACUUCUCAGCAUCACGAUGACCUUGAAUAAAAAUUGCACACACUCAGUGCAGCAAUAUAUUACCAGCAAGAAUAAAAAAGAAAUCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUUUGGAAUAGGAAUAAGCUCUAGUUCUUAACAACCGACACUCCUACAAGAUUUAGAAAAAAGUUUACAACAUAAUCUAGUUUACAGAAAAAUCUUGUGCUAGAAUACUUUUUAAAAGGUAUUUUGAAUACCAUUAAAACUGCUUUUUUUUUUCCAGCAAGUAUCCAACCAACUUGGUUCUGCUUCAAUAAAUCUUUGGAAAAACUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-298.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -317.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 356.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.......)))))...((((..((((..((((..(((((..(((((.((((..(((((((.......)))))))))))...)))))...((((..((((((((((((.(((.((((.((..((((((.((((((......))))))..))))))..)).)))))))..))))).)).(((.((((....)))))))...........((((.(((.........(((((((((((((..(((.......)))..))).))).)))).))).))).)))).((((.((...(((..(((((..........))))).)))......)).))))..(((((((.((...)))))))))....)))))..))))...(((.(......))))((((....)))).)))))..)).))..))))....))))((((((((........((((((......((((..((.(((.(((.((((((((.....))))(((((((((((....((((....))))...))).......((((((((((((......))))))))))))...(((.((..(((....)))..))..)))((((((.(((((.....)))))))))))......)))))))).(.((((.((((((.................)))))).)))).)...........(((((.((((..(((..(((.(.(((......(((.(((((.((((((((...((..((....))..))..))))))))...........(((((.......)))))((............))................))))).)))......))).))))))))))))))))..((((((((...((((((((((((...((((((((.(((.((((((((((.((((..................)))).))))).....)))))........))).)))).))))...))))))))))((((((((((....)))))))))).....))...))))))))....)))).))).))).))..))))....))))))...))))))))..................

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((,,.....}})))..,((((.{((((,.(({{..{{(((,,({{{{.{||||,|,{{{{{.|,,,.{|||||||,,||...})},),,,||||..{((((((,(((({((,{((((,,,..((((((.((((((......))))))..)))))),.||{|||},,,},,)))).,,.(((.{({(....)))|)}},,,{....}})||||}||{..,..,,|}|||(((((((.,(,.(((.......)))..))).))).)))}})))})|),))|,.((((.((...(((..(((((..........))))).)))...,..)).))))..(((((((.{{...}})))))))....|||,|.,|}},...||,.|,....,))})||||....)))}.}))))..||,||..|}}}....)}))||{{{{{(.,......,(((({......||||..||.|(({((,,(,{(((((,,,..||||{((({{,,,{,,},.|||{.,},}))),}.}))...,,,,|(((((((((((......)))))))))))}..,(((.{({.{{(,,,,|||,,||,,||}((((((.(((((.....}))))))))))......}}}}}||}.{.{{{{.{|||||........,||,|,...}}}|||,||||...,,,...|,,,||{((.{{||}}},.,,,}|,,}||,..,,}}|||}|||||.((((((((...{{..{{....}}..}}..)))))))).,........{(((((.......))))}}|..,...,,....,,...........,{,..}}}}..}}},..{{,||,.||},},,}}}))})))},((((((({...(({(((((((((,..{(((({{{{((({{{{{{{{{{|,{{{|..................}}}}.}}))}....,||},,........}}}|}},,.}||}...}))))))))){(((((((({....}))))))))}.....))...))))))))....}}}||)))|)}}.|},.)}||,,..,})))),.,)))))}}}.......,}}}.....,,