Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_XPO1_0000500
Sequence Length
2972 nt
GC Content
0.3688
GAAUAAAAAAAUACGUUGUUGGCCUCAUUAUCAAGACGUCAUCUGACCCAACUUGUGUAGAGAAAGAAAAGGUGUAUAUCGGAAAAUUAAAUAUGAUCCUUGUUCAGAUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUGGUUUAACAAUGCAUGCAUCAAUUCUUGCAUAUAUGUUUAAUUUGGUUGAAGAAGGAAAAAUAAGUACAUCAUUAAAUCCUGGAAAUCCAGUUAACAACCAAAUCUUUCUUCAGGAAUAUGUGGCUAAUCUCCUUAAGUCGGCCUUCCCUCACCUACAAGAUGCUCAAGUAAAGCUCUUUGUGACAGGGCUUUUCAGCUUAAAUCAAGAUAUUCCUGCUUUCAAGGAACAUUUAAGAGAUUUCCUAGUUCAAAUAAAGGAAUUUGCAGGUGAAGACACUUCUGAUUUGUUUUUGGAAGAGAGAGAAAUAGCCCUACGGCAGGCUGAUGAAGAGAAACAUAAACGUCAAAUGUCUGUCCCUGGCAUCUUUAAUCCACAUGAGAUUCCAGAAGAAAUGUGUGAUUAAAAUCCAAAUUCAUGCUGUUUUUUUUCUCUGCAACUCGUUAGCAGAGGAAAACAGCAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-727.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -791.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 745.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((......((((.((.((...(((.....((((..(((....)))....))))....)))...)).)).)))).....(((((.((((((((....(((((((((...))).))))))..(((((........)))))..((((..(((.(((.(((((((..(.....)..)))))))..))).)))..))))...........(((((..(((....))).))))))))))))))))))((((.(((((((((..(((..((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))..)))..))).......((((((((............((((((((......))))))))............))))))))((((((....((((.((((((((((((.(((((.((.((((...(((.((.(((((....((((((......))))))......))))).)).))).....))))))...((((((...(((((((.((((((((((((.(.(((......))).).)))...((((((((..(..((((((...............(((((((((....(((((((((............)))).)))))..((((...)))))))))))))....))))))..).))))))))....))))))))).((((.(((........(((((((((.((((...(((((((..(.(((((..(((((..((((((((((......))))).(((((((((((.((((((((..((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........((.((.....)).)).(((((....)))))((((((....))))))...)))))......))).)))))))))))...(((((((....((.(.(..((((.(((((((((((((((.....)))))))))..........((((((((.((..............((((..((.....))..)))).(((((..((((((.((((.(((((......)))))...(((((.(((.(((..........))).))).)))))((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........)))))).((((((...))))))((((((..(((((((.((((((((((....))))).((((((.............))))))(((........)))..)))))((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))..((((((..(((((.........)))))(((((.(.(((((.....)))))))))))...((((....(((((((((.((((.....))))((((((....((....)).....))))))...)))))))))....))))...))))))...((((((((((..(((((((((((((......)))))))......))))))...((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))..........)))))))))).....)))))))...))))))..............))))...))))))))))))).))))))))((((.....))))..((((...(((.(((....))))))..)))).((((.....)))).....(((((((......(((((((((((((...(((((..(((...((((((........(((...)))........))))))))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))((((((..........(((((((........))))).))))))))...........(((((........))))).))))))).(((((((((..((.(............).))........((((....))))....)))))))))...)))))).)))).).).))...))))))).....((((((...((((....((((.(((.......))))))).)))).))))))..))))).....)))))..))))).)..)))))))...)))).)))))))))))).))))..))))))))))))).))))).).))))))..((((.(((((.....))))).))))((((........)))).....))))).))))))))))....)))))))))))))....((((((((((((...............))))).)))))))......))))(((((((((...((((((((.........)))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((......{{(({{{,(({{.,{(....,{{{{..(((....))},,,,)})),}},|||,.,||.||{||||,,,,.{{{{{{{(({{{{{....(((((((((...)))}}}))))..(((((........)))))..{{({..(((.(((.(((((((..(.....)..)))))))..))).)))..}}}}......,.,,,{{{{{..{{{,,.,}}}.}}}}|})))))}})))}}{(((.(((((((({...,..,{,((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...)))..)))...)))).)))))}.}}{((((((((,{,,.(((((.,.{((((..(((((((((({{(((((((.(((((((....(((({(({{,..,,,{||{|||,..{{({({((((,..,(((((((((..(((((.{({.(((((.(((((((((({{{{{......}}}}},.{{{.,{{{.((((,((({(..(((((((,.....{(((((((((((.........{((((((((.{(,,....(((((((,,{(((((((((......}))))),......(((((({,((({(((({.{{((,,..|||}......{,{{{|,||,||,,...{(({...}))}.{(((...((((...}))).)))).|,.,,}}.},}),}})}.,,},.,)})))},))))))).}}}}}}........{((((((((((((....,..((((((.......,..,{{({({{{....,})))),.....,..,{{{{,..{..,,,,(({((,{(({,,..,}))}))}),.,}})))),)))))).......))).),})))))))})))))))....,,,)}.)))))))))........))))))))))))))))))).....},.)),.,}}}}})),))}}}}}..{(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))}.....,))))))))))}}}))||,((((.{(({{...,,..,,,.....,}}}}..}}}},...,,|}|))))).)))))..))))))))).)).))})))).....))))).)).)))))))}.......((((((....}))))).(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),}}||||,,},)),)))))...)))))))))(((((((((((((((((((((((({.((((,{(((,....}})},,....))))...(((((((...))))))).{{(((((,{{((((((((((((((....}}}},.||||||....,,,,,,,..},,},.(((.,....,,|||.||}||}||||{.((((.((((((.....)))))).))))}}}||,,.{(|({|((.,....},.,)))}..,,,}||....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))){{{{((((((,{((({.((............))))))))))))}...,}}))),.,.,.(((.{(((((((.(((((,((((,....,,,,,}}}})}}.)))).}))))))).)))..,,,.,,,,.....{(((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,},{{..(((.{{.....}},)))..)),.))))))))|||||||.{{(({{{.,.....}))))))...,,.,|||.,..{((((((.....((((((((((((((((..{{{{{{((((({{...,,,)))))}}{{.{{,,,,,})}}}((((.......(((((((((((((((((..(((.{((((..{({...})}))))}.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((,......)}}}})))))))).....)))){((......})}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........))))))))}|,{({.((((((..(((,{.(({....})),,.))).)))))).))),..........)))))))((((.....))))...........))))))}..,},)))))))))))))))))..}))).)))).........,,,.(((((((((((({...(((((..(((...((((((.,|,.....,.....}},|...}}})))..,))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))((((((,,,....,.|{{{{{({.,|,....}}}}},},))))))...,{{,,({.(((((........))))).))))))))))))))))..}))}}..................},.})))))).}}))))))}.....{{{.,|.|{{{|,,.)))}.}},}))....((((.{{..((((((((.((.,,,,.{{{((((.(((.......))))))),)))..(((((({(((..{{{,,,{..,{{{.(((((.......))))).)))),,}...,{((((..(((({,.,{(.(((({.{.(((((....)))))).))))).))))))))..}),)})))}.))))))..)).)))))))).}})))).........,,....)))))))))}}||.|,.((((((((((((....,,.........))))).)))))))..,,..))))(((((((({,,,((((((((.........)))))))))))))))))
Back