Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0001700

Sequence Length

2181 nt

GC Content

0.3682

AUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUGGUUUAACAAUGCAUGCAUCAAUUCUUGCAUAUAUGUUUAAUUUGGUUGAAGAAGGAAAAAUAAGUACAUCAUUAAAUCCUGGAAAUCCAGUUAACAACCAAAUCUUUCUUCAGGAAUAUGUGGCUAAUCUCCUUAAGUCGGCCUUCCCUCACCUACAAGAUGCUCAAGUAAAGCUCUUUGUGACAGGGCUUUUCAGCUUAAAUCAAGAUAUUCCUGCUUUCAAGGAACAUUUAAGAGAUUUCCUAGUUCAAAUAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-528.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -573.87

Frequency: 0.0000

Diversity: 471.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((((((.((((((((((((.(.(((......))).).)))...((((((((..(..((((((...............(((((((((....(((((((((............)))).)))))..((((...)))))))))))))....))))))..).))))))))....))))))))).)))))..)))).(((((((((((((.((((...(((((((..(.(((((..(((((..((((((((((......))))).(((((((((((.((((((((..((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........((.((.....)).)).(((((....)))))((((((....))))))...)))))......))).)))))))))))...(((((((....((.(.(..((((.(((((((((((((((.....)))))))))..........((((((((.((..............((((..((.....))..)))).(((((..((((((.((((.(((((......)))))...(((((.(((.(((..........))).))).)))))((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........)))))).((((((...))))))((((((..(((((((.((((((((((....))))).((((((.............))))))(((........)))..)))))((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))..((((((..(((((.........)))))(((((.(.(((((.....)))))))))))...((((....(((((((((.((((.....))))((((((....((....)).....))))))...)))))))))....))))...))))))...((((((((((..(((((((((((((......)))))))......))))))...((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))..........)))))))))).....)))))))...))))))..............))))...))))))))))))).))))))))((((.....))))..((((...(((.(((....))))))..)))).((((.....)))).....(((((((......(((((((((((((...(((((..(((...((((((........(((...)))........))))))))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))((((((..........(((((((........))))).))))))))...........(((((........))))).))))))).(((((((((..((.(............).))........((((....))))....)))))))))...)))))).)))).).).))...))))))).....((((((...((((....((((.(((.......))))))).)))).))))))..))))).....)))))..))))).)..)))))))...)))).)))))))))..)))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

...(((((((((.(((((((((.,{.,.{({,,,...},,,),})}...((((((((..{..{{{{{{......,........(((((((((...,(({{{{{||,...........})}}.}))}}..{({{...}))})))))))))....}}))))..,.))))))}}....))))))))).)))))..)))).,{(((((((((((.((((...(((((((..(.(((((..(((((..((((((((((......))))}.(((((((((((.({{({(((,,((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).......{,({.((.....)).)),{{{{,....,,|||((((((....)))))},}}))}))..,...,)).)))))))))))...(((((((....((.(.(..((((.((((({(((((((((.....))))))))).......(((((,((((....)))}.})}},,|,,((((.,{{.....)),.}))}.,,,....,((((((((((.(((((......))))).,..,{{{.(((.(((........,.))).})).,|||(((((.......((((((....}))))).(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),}}||||,,},)),)))))...)))))))))(((((((((((((((((((((((({.((((,{(((,....}})},,....})))...(((((((...))))))).{((((((,({((((((((((((((....}}}},.||||||....,,,,,,,..}}}},.(((......,,}||.||}}}}||||(.((((.((((((.....)))))).))))}}}||,,.{(|({|((.,....},.,)))}..,,,}}|....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))){{{{((((((,{((({.((............))))))))))))}...,}}))),.,.,.(((.{(((((((.(((((,((((,....,,,,,}}}})},.)))).}))))))).)))..,,,,,|,,.....{(((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,}}{{..(((.{{.....}},)))..)),.))))))))|||||||.{{(({{{.,.....}))))))...,,.,|||.,..{{{{{{{.....((((((((((((((((..{{{{{{((((({{...,,,)))))}}{{.{{,..,,)))}}((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..{({...})}))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((.......)}}}})))))))).....)))){({......})}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........)))))))))|,{{{.((((((..(((,{.(({....})),,.))).)))))).)))}.,,.......)))))))((((.....))))...........})))}}}..,},)))))))))))))))))..)))).)))),.........,,.(((((((((((((...(((((..(((...((((((.,,.....,,.....)}.,...)))))).,.))).))))).((((((.....))))))...))))))))))))))))))}},.)))))))))|((({........}))},...||||||,..{{{,,{{.(((((........))))).}})}}}..{((((((((..,,,{,,....,.,......,.,,,....((((....))))....)))))))))..,)))))).)))).).).))...))))))).....((((((...((((....((((.(((.......))))))).)))).)))))).,))))).....)))))..))))).)..)))))))...)))).)))))))))..}))}.........