Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0002700

Sequence Length

950 nt

GC Content

0.3716

AAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUGGUUUAACAAUGCAUGCAUCAAUUCUUGCAUAUAUGUUUAAUUUGGUUGAAGAAGGAAAAAUAAGUACAUCAUUAAAUCCUGGAAAUCCAGUUAACAACCAAAUCUUUCUUCAGGAAUAUGUGGCUAAUCUCCUUAAGUCGGCCUUCCCUCACCUACAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-208.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -230.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 216.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((.............((((((((((((...(((((((....((((((.......))))))..))).))))...))))))...((((........(((.((((((((..............(((((.....))))).....((..(((.((.....)).)))..))..))))))))))))))).(((((((.......)))))))((((((.((((((.(((.(((.....((((((((((((((((..(((((((((((((......)))))))......))))))...((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))..........)))))))))..(((.((((((..(((...(((....)))...))).)))))).)))...........)))))))((((.....))))..((((...(((.(((....))))))..)))).((((.....))))...............((.(((((((((((((...(((((..(((...((((((........(((...)))........))))))))).))))).((((((.....))))))...))))))))))))).))...........((((....))))))).))).)))))).)))))).((((.((.(((((........))))).))))))..(((((((((..((.(............).))........((((....))))....)))))))))......))))))......((((.((........)).)))).........)))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

..{{{(({{..........}|||...,,,,(({.,(((((((.{{{(({(((({....,}}},})},))}.)))).,})))))).))}.....,,{{{,,,,.((((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,,,({..(((.{{.....}),)))..))..)))))))),,,(((({(((((((.......))))))){({(((.((((((.(((,(((.....((((((((((((((((..{{({{{((((({{...,,,)})))}}{{.{{,..,,)))}}((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..{({...})}))))}.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((.......)}}}})))))))).....)))){({......))}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........))))))))){,{((.((((((..(((,{.(({....))),,.))).)))))).})),..........)))))))((((.....))))..,,,,...,,|,|||....}}}|||,{||||.{(((.....))))..}}}}}},}.....{{.(((((((((((((...(((((..(((...((((((.,,.....,,....,)}.,...)))))).,.))).))))).((((((.....))))))...))))))))))))),|||||,|.....,{{{{,|,,}}}}}}}.})).)))))}.))))}}.(((,,((.(((((........))))).)))))}.,,,,,{{{(((,{(((((....,.{,,......|,...,,((((....))}}..........,,},}}}}))))|||,.,,,|{{{{.{,.,..,,.,})})))),,,,.}))))}))),,.