Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0002900

Sequence Length

1727 nt

GC Content

0.3700

GUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUGGUUUAACAAUGCAUGCAUCAAUUCUUGCAUAUAUGUUUAAUUUGGUUGAAGAAGGAAAAAUAAGUACAUCAUUAAAUCCUGGAAAUCCAGUUAACAACCAAAUCUUUCUUCAGGAAUAUGUGGCUAAUCUCCUUAAGUCGGCCUUCCCUCACCUACAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-414.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -453.16

Frequency: 0.0000

Diversity: 475.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((....)))))((((((....))))))....(((((((..((((((((.(((((((((..((..(((((.(((((((((.(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))(((((((....)))).)))..((..((((.(((((...............)))))..))))..)).(((((......)))))...(((((.(((.(((..........))).))).)))))((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........)))))).((((((...))))))((((((..(((((((.((((((((((....))))).((((((.............))))))(((........)))..)))))((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))..((((((..(((((.........)))))(((((.(.(((((.....)))))))))))...((((....(((((((((.((((.....))))((((((....((....)).....))))))...)))))))))....))))...))))))...((((((((((..(((((((((((((......)))))))......))))))...((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))..........)))))))))).....)))))))...))))))...))))))))).)))))...))))).))))))..........((((.....)))).((((..((.(((((.((((((.(((((.(((.((((.....))))..))))))))........(((((((((((((...(((((..(((...((((((........(((...)))........))))))))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))((((((..........(((((((........))))).)))))))).......(((.(((((........))))).))))))))).)))..)).))..)))).....................((((....))))...))))))))..)))))))..((((.....((((.((........)).)))))))))((........))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.((,,,......(((((((((....)))))}}))),,||||,..{{{{((((,(,({{({{{,{(((({{..{,((,(,{..{{{{,{{{,,.(((((((((.....))))))))).......{{{(({((((...,}}}}.||||,,{.,((((.,{{...,,)),.})),.,|,,,.,|{(((({((((,(((((......))))).,.,,{{{,(((.(((.,......,.))}.}}).}|||{((((,,....,((((((....|||}}}.(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),}}||||,,},)),)))))...))))))))){{{{{|{{|{{|||||{(((((((,.{({{,{(((.....}})},,....}))),..{((((((...))))))}.{((({{({((((({(((((({(((....}}}},.||||||......,,,....}}}},.(((........))}.}}}}}}||||(.{(((.((((((.....)))))).))))}}}||,,.(({((|((......},.,))))..,.,}}}....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))){(((((((((,{((({.((............))))))))))))}....})))),.....(((.{(((((((.(((({,((((,....,,,,,}}}})},.)))).}))))))).)))..|||{{|,,...,.{(((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,}}{{..(((.{{.....}},)))..)),.))))))))|||||||.{{(({{{.,,....}))))))...,,.,|||.,..{{|||{{....,|||{{{((((((((((..{{{{{{((((({{...,,,)))))}}{{.{{,..,,)))}}((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..{({...})}))))}.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((.......)}}}})))))))).....)))){({......})}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........)))))))))|.,{{.((((({..{{{||.{{,....))),,.))).)))))).)))},,,,,,,,.,)))))))((((.....))))..,,,......}}}}}}}..}},)))))))))}}))}))}..)))).)))),..,,.....,,.(((((((((((((...(((((..(((...((((((.,,.....,,.....)}.,...})))))...))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))}|||||},.}}}}}}}|}|((({..,.....}))}}.,.}}|}||,,.{{{,,{{.(((((........))))).}})))}.,|||{{{{((,.,,,{{{....,.,......,.},...,,((((....))))...,))))))),,,,})))))}|}}|,.}.}||||.,}}}}}}}..))))},}))}})||,.,,,,,,,,