Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0003100

Sequence Length

2564 nt

GC Content

0.3686

AUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUGGUUUAACAAUGCAUGCAUCAAUUCUUGCAUAUAUGUUUAAUUUGGUUGAAGAAGGAAAAAUAAGUACAUCAUUAAAUCCUGGAAAUCCAGUUAACAACCAAAUCUUUCUUCAGGAAUAUGUGGCUAAUCUCCUUAAGUCGGCCUUCCCUCACCUACAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-620.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -673.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 656.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((...(((..(((((........))))).)))...))))))...((((.((.(((.((.(((((((((.((((.(((((((.(((((((((.((..............(((((((((((((((((..(((((((((((.........(((..((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))..)))..)))......(((((((((.(((((((........((((((......(((.(((((((..((((((((...(((((((((((((((.((((((...((((((((((..(((((.(((.(((((.(((((((((((((((......)))))...........((((.(((((..(((((((......((((((((((((.........(((((((((.((......(((((((((((((((((((......)))))).......(((((((.(...(((((.((((....))))......((((((.((((......((((...)))).((((...((((...)))).))))......))))..)))))).......)))))).))))))).))))))........(((((((((((((........(((.(.((.......((((((........)))))))).).))).....((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........))).).)))))))))))))))).......)).)))))))))........)))))))))))))))))))..................))))).))))..((((((....(((((((((.....))))))))).....))))))......)))))))))))))))((.((((.(((((...............)))))..))))))....)))))))).)))))..))))))))).)).))).......)))))).))))))..((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........))))))(((((((...)))))))))))))))..)((((((((((((((....))))).((((((.............))))))(((........)))..)))))))))..((((.((((((.....)))))).))))(((((...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))))))).)))))).)))(((((((..............(((((.....))))).....((..(((.((.....)).)))..))..)))))))(((((((....((....)).....))))))).........(((.((((((((....(((((..(((..(((...(((((((((((((......)))))))......))))))...)))..))).....)))))((......)).)))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))(((..(((((...))))).)))...(((((.......)))))((((((((....(((((((((.........((((((((((.(((........)))))))))))))........((((..((....))..))))......((((........))))......)))).)))))..........)))))))).(((((((((.....((((...(((.(((....))))))..)))).((((.....))))................))))))))).((........))...)))))))))))).)))))((((((((.(((((((........).))))))...((((((.....))))))..)))))))).......)).)))))......)))).))))))).)))).......))))))))).))..)))(((((........)))))((((((((.......(((((((((((....(((........)))....((((....))))............)))))))))))))))))))((((.((........)).))))........)).))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((...(((..(((((........))))).))).,.))))))...((((.((.(((.((.(((((((((.((((.(((((((.(((((((((.((......,{{{{{{.((((((((((((((((({(((((((((((,.........(((.,((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...)))..)))...)))).)))))..))).,))),,{{{.,,|||||,,.,,{(((,...||,,,..,((({{{{{.{(({({{...,{{(({(({{{..,{{{{{{{{{|,,{(({({((((,..,(((((((((..(((((.{({.(((((.(((((((((({{{{{......}}}}},.{{{.,{{{.((((,((({(..((((((({.....{(((((((((((.........(((((((((.{(.,....(((((((,,{(((((((((......}))))),......(((((((,((({(((({.{{((,,..|||}......{,{{{|,||,||,,...{(({...}))}.{(((...((((...}))).)))).{,.,,}}.},}),}})}.,,},.,)})))},))))))).}}}}}}........{((((((((((((....,..((((((..........,{{((({{{.....})))),.....,..,{{{{,..{..,,,,(({((,{((,,,..,})),))}),.,}})))),)))))).......))).),})))))))})))))))....,,,)}.)))))))))........))))))))))))))))))).....},.)),.,}}}}})),))}}}}}..{(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))}.....,))))))))))}}}))||,((((.{((,{...,,..,,,.....,}}}}..}}}},...,,}}}))))).)))))..))))))))).)).)))}}}}...,,))))},)),))}}}}||,,.....((((((....}))))).(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),}}||||,,},)),)))))...)))))))))((({((((((((((((((((((((,.((({,{(((.....}})},,....}))),..(((((((...))))))).|||{{||.{{(((((((((({(((....}}}},.||||||......,,,....}}}},.(((........}}}.}}}))}||||{.((((.((((((.....)))))).))))|||||,,.(({({|((......}}.,)))}....,}}|....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))){(((((((((,{((((.((............))))))))))))}....}))))......(((.{(((((((.(((({,((((,....,,,,,}}}})},.)))).}))))))).))),,}}}.,,,,,..,.{(((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,},{{..(((.{{.....}},)))..))..))))))))|||||||.{{(({{{.,.....}))))))...,,.,|||,,,.(((((((.....((((({({((((((({..,{{{{{((((({{...,,,)))))}},{,({{,,||}}|},((((.......(((((((((((((((((..(((.|((((..{{{...})))))),.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((,......}}}}})))))))).....))))(((......}}}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........})))))}}}{{{{{.((((((..(((,{.(({....))),,.))).)))))).))),.........,)))))))((((.....))))....,......}}}}}},..}}})))))))))))))))))..}))).)))).....}}))).))))))){{{,{......,}))...)))))))))))).))))).........(((((((........).))))))..}||||||.,||||,|},,..,,,,}))},,.....)).)))))......)))).))))))).)))),......,)))))))).))..)))(((((........))))).,,,,,,,.....,,(((({{(((((....,.{{,.....,|,...,,((((....}}}}............}}}})})))))))|,}})}{{{|.|,.,,,,,..})}))))........)).))))..