Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0003200

Sequence Length

2671 nt

GC Content

0.3677

GAAUAAAAAAAUACGUUGUUGGCCUCAUUAUCAAGACGUCAUCUGACCCAACUUGUGUAGAGAAAGAAAAGGUGUAUAUCGGAAAAUUAAAUAUGAUCCUUGUUCAGAUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUGGUUUAACAAUGCAUGCAUCAAUUCUUGCAUAUAUGUUUAAUUUGGUUGAAGAAGGAAAAAUAAGUACAUCAUUAAAUCCUGGAAAUCCAGUUAACAACCAAAUCUUUCUUCAGGAAUAUGUGGCUAAUCUCCUUAAGUCGGCCUUCCCUCACCUACAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-636.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -694.09

Frequency: 0.0000

Diversity: 703.54

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(............(((((((((((((.((((((((..(((....)))....)))).)))).)).(((((((((((((((((.((((.(((........(((((((((...))).))))))..(((((........)))))..((((..(((.(((.(((((((..(.....)..)))))))..))).)))..)))).....((((((.....(((((((.(((((((((((((((((..(((((((((((.........(((..((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))..)))..)))......(((((((((.(((((((........((((((......(((.(((((((..((((((((...(((((((((((((((.((((((...((((((((((..(((((.(((.(((((.(((((((((((((((......)))))...........((((.(((((..(((((((......((((((((((((.........(((((((((.((......(((((((((((((((((((......)))))).......(((((((.(...(((((.((((....))))......((((((.((((......((((...)))).((((...((((...)))).))))......))))..)))))).......)))))).))))))).))))))........(((((((((((((........(((.(.((.......((((((........)))))))).).))).....((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........))).).)))))))))))))))).......)).)))))))))........)))))))))))))))))))..................))))).))))..((((((....(((((((((.....))))))))).....))))))......)))))))))))))))((.((((.(((((...............)))))..))))))....)))))))).)))))..))))))))).)).))).......)))))).))))))..((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........))))))(((((((...)))))))))))))))..)((((((((((((((....))))).((((((.............))))))(((........)))..)))))))))..((((.((((((.....)))))).))))(((((...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))))))).)))))).)))(((((((..............(((((.....))))).....((..(((.((.....)).)))..))..)))))))(((((((....((....)).....))))))).........(((.((((((((....(((((..(((..(((...(((((((((((((......)))))))......))))))...)))..))).....)))))((......)).)))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))(((..(((((...))))).)))...(((((.......)))))((((((((....(((((((((.........((((((((((.(((........)))))))))))))........((((..((....))..))))......((((........))))......)))).)))))..........)))))))).(((((((((.....((((...(((.(((....))))))..)))).((((.....))))................))))))))).((........))...)))))))))))).))))).........(((((((........).))))))..)))))))))))))...))).)))).))))))........)))))))))))(((((((........))))).))....)).))))))))).(((((........)))))((((((((.......(((((((((((....(((........)))....((((....))))............)))))))))))))))))))((((.((........)).))))....)((........))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.........(((((..(((((..{{.....,,,|,.|{{...,)),}}}}).})})}.((((((((...((({{.,,,.(({(((((((((((....(((((((((...)))}}}))))..(((((........)))))..{{{{..({{.({(.(((((((..(.....}..)))))}}..})),))),,|}}|.....,,.{,,,{{{,..{{{.,.||||,||||||||||||}}||||||,{{{{.,.......||,.|||((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...)))..)))...)))).)))))}.,}|{{|||(((,{.,,(((((.,.{((((..((((((((((,{(((((((.(((((((....(((({(({{,..,,,{{|{|||,..{{({({((((,..,(((((((((..(((((.{({.(((((.(((((((((({{{{{......}}}}},.{{{.{{{{.((((,((({(..((((((({.....{(((((((((((.........(((((((((.{(.,....(((((((,,{(((((((((......}))))),......(((((((,((({(((({.{{((,,..|||}......{,{{{|,||,||,,...{(({...}))}.{(((...((((...}))).)))).{,.,,}}.},}),}})}.,,},.,)})))},))))))).}}}}}}........{((((((((((((....,..((((((..........,{{((({{{.....})))),.....,..,{{{{...{..,,,,(({((,{((,,,..,})),))}),.,}})))),)))))).......))).),})))))))})))))))....,,,)}.)))))))))........))))))))))))))))))).....},.)),.,}}}}})),))}}}}}..{(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))}.....,))))))))))}}}))||,((((.{(({{...,,..,,,.....,}}}}..}}}},...,,}}}))))).)))))..))))))))).)).))))))).....))))).)).)))))))}.......((((((....}))))).(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),}}||||,,},)),)))))...)))))))))(((((((((((((((((((((((({.((((,{(((,....}})},,....))))...(((((((...))))))).{{{{{{{,{{((((((((((((((....}}}},.||||||....,,,,,,,..},}},.(((......,,}||.||}}|}||||{.((((.((((((.....)))))).))))|}|||,,.{(|({|((.,....},.,)))}..,.,}||....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))){(({((((((,{((({.((............))))))))))))}...,}}))),.,.,.(((.{(((((((.(((((,((((,....,,,,,}}}})}}.)))).}))))))).)))..,,,.,,,,,....{(((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,},{{..(((.{{.....}},)))..)),.))))))))|||||||.{{(({{{.,.....}))))))...,,.,|||.,..(((((((.....((((((((((((((((..{{{{{{((((({{...,,,)))))}}{{.({,,,,,})}}}((((.......(((((((((((((((((..(((.{((((..{{{...})}))))}.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((,......)}}}})))))))).....)))){((......})}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........))))))))}|,{({.((((((..(((,{.(({....))),,.))).)))))).))),..........)))))))((((.....))))...........)))))}}..,},)))))))))))))))))..}))).)))).....,.,,,,},|(((((((((({{...{((({..{((.,.{{{{||.||,,,..,,.....||||...,}}}}}..,))).))))}.((((({.....))))))...))))))))))))}{(((({||,......|||{{{||,,},.,,,))}}}.,,)))))),..,||||||.(((((........))))).}))))))))))))))),,}}}||,,......,........,,,.}}}||||.}}}))))}}.,,.,}}...)))))))),.((((....{((((.{......,.}))})}}})))))((........))