Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0003500

Sequence Length

2744 nt

GC Content

0.3677

UACUAUGGACUACAAAUUUUGGAAAAUGUGAUAAAAACAAGGUGGAAGAUUCUUCCAAGGAACCAGUGCGAAGGAAUAAAAAAAUACGUUGUUGGCCUCAUUAUCAAGACGUCAUCUGACCCAACUUGUGUAGAGAAAGAAAAGGUGUAUAUCGGAAAAUUAAAUAUGAUCCUUGUUCAGAUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUGGUUUAACAAUGCAUGCAUCAAUUCUUGCAUAUAUGUUUAAUUUGGUUGAAGAAGGAAAAAUAAGUACAUCAUUAAAUCCUGGAAAUCCAGUUAACAACCAAAUCUUUCUUCAGGAAUAUGUGGCUAAUCUCCUUAAGUCGGCCUUCCCUCACCUACAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-653.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -710.33

Frequency: 0.0000

Diversity: 686.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(....((.....)).)(((((......((((........((((((((((((((((((((.......((((((((.............((((((.(.....((((((((.(((((.((...((((((((......(((.(((..(((((((.(((((........((((((((((((((((...))).))))))..(((((........)))))((((((((((......(((((((..(.....)..)))))))...(((((((((..........(.((((((....((((.((((..((.(((...(((((((..((..((((((((...(((..((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))..)))..)))........(((((((...((((((((.....((.((((...(((........)))..)))).)).......)))))))))))))))..(((((.((((((((((((((..((.(((.((.(((((....((((((......))))))......))))).)).))).....(((.((.....)).)))(((((((...((((((........))).)))...))).)))).....((((((......)))))))).)))))))))..(((((((((....(((((((((............)))).)))))..((((...))))))))))))).......))))).)))))..........(((((.(((........))).)))))..........))))))))....))..)))))))....))).))..))))...)))))))))))(((((((.(((..((.(((((((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........((.((.....)).))(((.........(((((((((....)))).)))))..)))....((((((((.....))))))))))))).)).))))))))))(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))...((((....)))).((((.((.(((((.......)))))..)).))))....)))))))))...(((((......)))))))))).))))))))))))......))))))))))))...((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........))))))..(((((...)))))))).))).....))))))))...))))))).).....))))))).....).)))))).....(((........))).......((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))...))))))))......))))))))))))(((((.(.(((((.....)))))))))))...((((....(((((((((.((((.....))))((((((....((....)).....))))))...)))))))))....))))......((((((((((((((((..(((((((((((((......)))))))......))))))...((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))..........)))))))))..(((.((((((..(((...(((....)))...))).)))))).)))...........)))))))((((.....)))).))))))))((.(((.((((((.(((((.(((.((((.....))))..))))))))........(((((((((((((...(((((..(((...((((((........(((...)))........))))))))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))((((((..........(((((((........))))).)))))))).......(((.(((((........))))).))))))))).)))))((((((((((....(((........)))....((((....))))............))))))))))((((.....((((.((........)).)))))))).))))...)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(....{{.....}}.}(((((......(({{........((((((((((((((((((((.......((((((((.............((((((.{.....((((((({.(((((.((..,((((((((....,,{,,...,,,(((((((,({(({...,,..,{{{{{{{(((((((((...}))|,}))}}..(((((........))))).||{{{.|({|.{{{.(((((((..(.....)..)))))))..}||{|||{{|.........,,.,{{((({..,(({{,,|||.}||}||||}}|||||}}||||{,{{|||{{,...(({.,((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...)))..)))...)))).))))),.))),}))),,|,|.,|||||}||||||||{,,{{,,.,,.{((((,....}))))}.,,..|,,{{{{{{({..,(((((({(({{{{{{{({(((({..{(((((((((.,(((((.{{{,(((((.((((({{{{({{{{{......}}))},.,,,.,{||.((((,{{{,{..(((({((,...,.,{((((((((((...,,,,,.{{(((((((.{(,,....{((((({,,{{{(((((((......}))))),...,,,|{{{{{{,((({(((({.{{((,,,.|||}......,,{,,|,||,|},,...{(({...}))),||||,,,|{({...}))).)})),||.,,,,.},,},}}}}.|,|,..),}}}}}))))))).,}}}},......,.|(((((((({(((...,|..{((({(,,..,,,,..,||||||||,...,|}}}},,,.,.,,.{{{{{,,,{.,{{{{((,((,,(({{,..,,))})),)}.}}))))),))))}}.......))).},,)))))))}}))))}}....,,}}}.))))))))),.,.....))))))))))))))))))),...,}}.}},.,}}}},)),))}}}}}..{(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))|....,|}})))))))))))))|},((((.{((,,...,}..}},,....,,,,},,))))}}...,||||}}}}.}))))..))))))))).)),))),......)))))),)))))}..{(((((....((((((((({.(((..(.(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}....||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),},||{|,}}}}),)))))...)))))))))..}..))))))))))))){({{......})}|(((.....))),.......)))))}{((((((...))))))))})))}}}..)))))))).,.})))))).,..,..})))))).....}.)))))).....{{{......,,|||.,{,{{,(((((,{(((.((((((.....)))))).)))))))))...|||{,}|{.,,,,,)}.,}}},............(((((((((((...((((.....))))..)),}))))))))((((((((((,{((({.((............)))))))))))),....}))))......(((.{(((((({.(((({,((((,....,,,..,})})},.)))).}))))))).)))...))))))))......))))))))))))|{{{{.{.(((((.....)))))}}}}},...((((....(((((((((.{(((.....)))}{{((((,...((,,..}}...,,))))))...)))))))))....))))......((((((((((((((((..{(({{{((((({{...,,,)))))}}{{.({,..,,)))}}((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..{({...})}))))}.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((.......)}}}})))))))).....)))){({......))}.((((((((((.(((........))))))))))))),,,.......))))))))){,{((.((((((..(((,{.(({....))),,.))).)))))).}))}..........)))))))((((.....)))).,))))))).,.{((,{{{,||.{({((((((.((((.....))))..))))))}}........(((((((((((((...(((((..(((...((((((.,,.....,,.....)}.,...})))))...))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))((((((,,.......,({(((({..,.....}))}),),))))))...,,,.{((.(((((........))))).))))))})}.}}|||((({((((((....,.{,,......|,,....((((....))))............))))))))))|||{..,,|{{||.|,.,..,,.,})})}}}}}}).})))...)))))