Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0004400

Sequence Length

2222 nt

GC Content

0.3704

CAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-532.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -582.91

Frequency: 0.0000

Diversity: 559.04

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..))))))))((...((.(((((((((...(.((((..(((((((....))((.(((......))).))...((((((((......))))))))...)))))..)))).)..))))))))).))..(((((..(((......)))..))))).((..((((((((((.((((((.((((..............((.((((((....(((((..............(((...(((((((((.((((((((((((.(.(((......))).).)))...((((((((..(..((((((...............(((((((((....(((((((((............)))).)))))..((((...)))))))))))))....))))))..).))))))))....))))))))).)))))..))))...))).............))))).)))))).))...))))))))))((((.(((((......))))).(((((((((((.((((((((..((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........((.((.....)).)).(((((....)))))((((((....))))))...)))))......))).)))))))))))..((((...((((((((((.(((((((((....(((((((((.....))))))))).....)))))((((((((.((..............((((..((.....))..)))).(((((..((((((.((((.(((((......)))))...(((((.(((.(((..........))).))).)))))((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........)))))).((((((...))))))((((((..(((((((.((((((((((....))))).((((((.............))))))(((........)))..)))))((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))..((((((..(((((.........)))))(((((.(.(((((.....)))))))))))...((((....(((((((((.((((.....))))((((((....((....)).....))))))...)))))))))....))))...))))))...((((((((((..(((((((((((((......)))))))......))))))...((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))..........)))))))))).....)))))))...))))))..............))))...))))))))))))).))))))))((((.....))))))))...)).))))))))...)))).((((((.((((.....))))..))))))..........(((((((((((((...(((((..(((...((((((........(((...)))........))))))))).))))).((((((.....))))))...))))))))))))).)))).........((((....)))))))).))))))...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,))))))))((...((.(((((((((.{{({..,,}}||,{{{{...,|},,|||||,,,,,{,,{,{.,,,.{,.(((((,....})))))....,))))..))))}},,))))))))).)}..(((((..(({..,,..|||,.}}|||,({,{({((((({(((((((((({{{{{......}||}}..{{{.{{{{.(((({(({{(..(((((((,.....{(((((((((((.........{((((((((.{(,,....(((((((,,{(((((((((......}))))),......(((((({,((({(((((.{(((,,..|||}......{,{{{|,||,||,,...{(({...}))}.{(((...((((...}))).}))}.{,.,,}}.},}),}})}.,,},..)})))},))))))).,}}}}}........{((((((((((((....,..((((((.......,..,{{({({{{....,})))),.....,..,{{{{,..{..,,,,(({((,{(({,,..,}))}))}),.,}})))),)))))).......))).),})))))))})))))))....,,,)}.))))))))),.......))))))))))))))))))).....},.)),.,}}}}})),))}}}}}..{(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))|,....|}}))))))}||||}||,,((((.,{{.,.,.}},.,)),,,},...||{{{{{{{{{{,{{{{{..,,.,))))}.}}}|||||{{|,{{{.,........}}}.,}}.,{(((((((.......((((((....}))))).(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),}}||||,,},)),)))))...)))))))))(((((((((((((((((((((((({.((((,{(((,....}})},,....))))...(((((((...))))))).{((((((,({((((((((((((((....}}}},.||||||....,,,,,,,..},}},.(((......,,}||.||}||}||||(.((((.((((((.....)))))).))))}}}||,,.{(|({|((.,....},.,)))}..,,,}||....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))){{{{((((((,{((({.((............))))))))))))}...,}}))),.,.,.(((.{(((((((.(((((,((((,....,,,,,}}}})},.)))).}))))))).)))..,,,,,|,,.....{(((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,}}{{..(((.{{.....}},)))..)),.))))))))|||||||.{{(({{{.,.....}))))))...,,.,|||.,..{{{{({{.....((((((((((((((((..{{{{{{((((({{...,,,)))))}}{{.{{,..,,)))}}((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..{({...})}))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((.......)}}}})))))))).....)))){({......})}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........)))))))))|,{({.((((((..(((,{.(({....})),,.))).)))))).)))}..,.......)))))))((((.....))))...........)))))}}..,},)))))))))))))))))..}))).)))),.........,,.(((((((((((((...(((((..(((...((((((.,,.....,,.....)}.,...)))))).,.))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))))))))}}.}))))))}}}||{,...,}}},))))),.,.},))