Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0005300

Sequence Length

876 nt

GC Content

0.3756

AUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-203.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -223.94

Frequency: 0.0000

Diversity: 149.35

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))..((((((...(((((((....((((((.......))))))..))).))))...))))))...((((........(((.((((((((..............(((((.....))))).....((..(((.((.....)).)))..))..))))))))))))))).(((((((.......))))))))))(((.((((((.(((.(((.....((((((((((((((((..(((((((((((((......)))))))......))))))...((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))..........)))))))))..(((.((((((..(((...(((....)))...))).)))))).)))...........)))))))((((.....))))..((((...(((.(((....))))))..)))).((((.....))))...............((.(((((((((((((...(((((..(((...((((((........(((...)))........))))))))).))))).((((((.....))))))...))))))))))))).))...........((((....))))))).))).)))))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.....,,,,,,.(((((((((((...((((.....))))..)),}))))))))((((((((((,,((((.((............)))))))))))),....,))))...,,,(({.,(((((((.{{{(({((((,....,}}},})},))}.)))).,})))))).))}....,||}}}},,,.((((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,,,((..(((.{{.....}).)))..))..)))))))).|{{{{,...(({||.}}....,)))))))))(((.((((((.(((.(((.....((((((((((((((((..{{{{{(((((({{...,,,)})))}}{{.{{,..,,)))}}((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..{({...})}))))}.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((.......)}}}})))))))).....)))){({......))}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........))))))))){,{((.((((((..(((,{.(({....})),,.))).)))))).})),..........)))))))((((.....))))..,,{,...{{{.(({....}))}|},,||||.{(((.....))))..}}}}}},,.....{(.(((((((((((((...(((((..(((...((((((.,,.....,,....,)}.,...)))))).,.))).))))).((((((.....))))))...))))))))))))).}},,,,,......{{||,,..))))))).))).)))))).)))