Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0007800

Sequence Length

1124 nt

GC Content

0.3737

UUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-273.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -298.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 285.37

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((....(((((((((((((..........................((((..((((((...((((((((.(((((.(((.(((..........))).))).)))))((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........))))))(((((((...))))))).(((((((.....(((((..(((((....))))).))))).....)))))))..))))..)))).....)))))).)))).((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))....(((((((.(((...(((((..............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))..((((((..(((((.........)))))(((((.(.(((((.....)))))))))))...((((....(((((((((.((((.....))))((((((....((....)).....))))))...)))))))))....))))...)))))).((((....))))...))))).....))).)))))))..)))))))..))))))..((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(((((...,,((((((((((((,,.,,,,{{..,,...,,.,.,,.,{({,{{{(({{,,.,,(((({((,.((((({({({({(..........}}}.|}}.}}}}}{(((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),}}||||,,},}),)))))...)))))))))..)..)))))))))))))(({{......}}}|(((.....))),.......)))))}(((((((...))))))).{((((((,(({{{{({(({({(((....))))}.}|||||....,,}},,,..)})},.|||,.....,,))),}))))}||||(.{(((.((((((.....)))))).))))})}||{{.{({(((((.,,,..,|,|||}},.},}}}}....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))),{{{((((((,{((({.((............))))))))))))}...,)}))),,,...(((.{(((((({.(((({,((((,....,.,..,})})},.)))).}))))))}.))),,|{||||}}},}}}||||||||,,....,.,,,.,.(((((.....))))),,}}|,{|{((({.,..,,,||||||.,|||.}}}})))|,{((((..,,((,,,.},....}))))))..,}},,}}},}....}}}}...,|}))}.,{||,...}))}...,}}||{{{{{|}..,))))))},))))))),.}))))),.((((.......(((((((((((((((((..(((.{((((..{({...})}))))}.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((,......)}}}})))))))).....)))){((......))}.((((((((((.(((........))))))))))))))))))}....