Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0009500

Sequence Length

640 nt

GC Content

0.3750

GAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-147.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -164.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 162.86

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((((.((((((((.........((.((((.((((.......)))).)))).))..........))))))))......(((.((((((((((.(...(((..(((((.....(((((((..(((....(((((((((((...(((((.((((.....))))))))).....))))..)))))))..)))...................(((((((...))))))).(((((((.....(((((..(((((....))))).))))).....)))))))........(((........))).)))))))(((((.(((.((((((.....)))))).))))))))....(((((.((......)).)))))....((((....(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))......))))..)))))..)))...))))))))))).))).)))).)))))(.......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))...............((((((((..............(((((.....))))).....((..(((.((.....)).)))..))..))))))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.((((,((((((({.,{{{{...((.((({.{(((,,,....)))),)))).}).....}}.}})}))))}}..,,..,{{.(((((((((({(...(((..(((((.....{(({{((..(((,,..((((((((((({,.(((((.((((.....))))))))).},..)))},,)))))))..})),.}},,........,,,..(((((((...))))))}.{{(({{{{{,{,,{{{{{,{((((....))))}.}}}})},,..}}}}}}}........(((........))).}}}}}}|((((,{(((.((((((.....)))))).))))))))}...{({({,((......)}.})))}....||{{....(((((((((((...((((.....))))..)),}))))))))..,.,.}}}}..)))))..)))...))))))))))).}}}.)))).)))))(....,,,(({.,(((((((.(((((,((((,....,,},,})},))}.)))).,))))))).}}}........,...,,.((((((((........,,,.{.(((((.....))))),,,,,({..(((.{{.....}),)))..))..)))))))).,,)