Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0009900

Sequence Length

1263 nt

GC Content

0.3690

UUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-298.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -325.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 259.90

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((((((...(((((((((((((((.((((((...((((((((((..(((((.(((.(((((.(((((((((((((((......)))))...........((((.(((((..(((((((......((((((((((((.........(((((((((.((......(((((((((((((((((((......)))))).......(((((((.(...(((((.((((....))))......((((((.((((......((((...)))).((((...((((...)))).))))......))))..)))))).......)))))).))))))).))))))........(((((((((((((........(((.(.((.......((((((........)))))))).).))).....((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........))).).)))))))))))))))).......)).)))))))))........)))))))))))))))))))..................))))).))))..((((((....(((((((((.....))))))))).....))))))......)))))))))))))))((.((((.(((((...............)))))..))))))....)))))))).)))))..))))))))).)).))).......)))))).))))))..((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........))))))(((((((...)))))))))))))))....(((((...(((((....))))).((((((.............))))))(((........))).......((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).))))))))).((((......))))......)))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

..((((((((...(((((((((((((((,(,((((,..{(((((((((..(((((.(((.(((((.((((((((((,{{,,......}}}}}..{{{.{{{{.((((,((({(..((((((({.....{(((((((((((.........(((((((((.((......(((((((,{{(((((((((......}))))),......(((((((.((({(((((.{(((,,..|||}......{,{{{|,||,||,,...{(({...}))}.{(((...((((...}))).)))}.,,.,,}}.},}),}})}.,,},.,)})))},))))))).}}}}},........{((((((((((((....,..((((((..........,{{(((({{.....})))),.....,..,{{{{...,..,,,,(({(({{((,,...,})),))}),.,}})))),)))))).......))).),})))))))}))))))).....,.)).)))))))))........))))))))))))))))))).....},.))..,}}}}})),))},,}}..{(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))}.....,}))))))))))))))||.((((.{(({{.......,,,.....}}}}}..}}}},.....})}))))).)))))..))))))))).)).))).......)))))).))))))..((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),},||||,,},)),)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((({......})}|(((.....))),.......))))))(((((((...)))))))))))))))....(((((...{{(((.,..||||}.,{{{{{.............}}}}},{{{......,,|||.,|,||,(((((,{(((.((((((.....)))))).)))))))))...|||{{||{.,,,..},.,}}}}....,,......(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))).((((......))))......)))))...