Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0010000

Sequence Length

1432 nt

GC Content

0.3673

CAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-336.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -367.61

Frequency: 0.0000

Diversity: 330.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))).....((((.....((((((((....)))).((((((((((.(((.((.(((((((..((((((((((((......))))))))....(..((((((((...(((((((((((((((.((((((...((((((((((..(((((.(((.(((((.(((((((((((((((......)))))...........((((.(((((..(((((((......((((((((((((.........(((((((((.((......(((((((((((((((((((......)))))).......(((((((.(...(((((.((((....))))......((((((.((((......((((...)))).((((...((((...)))).))))......))))..)))))).......)))))).))))))).))))))........(((((((((((((........(((.(.((.......((((((........)))))))).).))).....((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........))).).)))))))))))))))).......)).)))))))))........)))))))))))))))))))..................))))).))))..((((((....(((((((((.....))))))))).....))))))......)))))))))))))))((.((((.(((((...............)))))..))))))....)))))))).)))))..))))))))).)).))).......)))))).))))))..((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........))))))(((((((...)))))))))))))))..).))))..))))))))).)))....((((((.............))))))(((........))).......((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).))))))))))))).......))))))...)))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((.,((((,,.{((((({({......,,|||{.|||||||..{,(({{.{(((((((((({,,(({((,{.,..,|{{{{{|({{..,,..,,((((....)))).|,||,||||.,||||,,.....}})})},}}}.{{.(((((,....}))))).,...(..((((((((...(((((((((((((((,(,((((,..{(((((((((..(((((.(((.(((((.((((((((((,{{,,......}}}}}..{{{.{{{{.((((,((({(..((((((({.....{(((((((((((.........(((((((((.((......(((((((,{{(((((((((......}))))),......(((((((.((({(((((.{(((,,..|||}......{,{{{|,||,||,,...{(({...}))}.{(((...((((...}))).)))}.,,.,,}}.},}),}})}.,,},.,)})))},))))))).}}}}},........{((((((((((((....,..((((((..........,{{(((({{.....})))),.....,..,{{{{...,..,,,,(({(({{((,,...,})),))}),.,}})))),)))))).......))).),})))))))}))))))).....,.)).)))))))))........))))))))))))))))))).....},.))..,}}}}})),))},,}}..{(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))}.....,}))))))))))))))||.((((.{(({{.......,,,.....}}}}}..}}}},.....})}))))).)))))..))))))))).)).))).......)))))).))))))..((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),},||||,,},)),)))))...)))))))))..)..)))))))))))))(({{......}}}|(((.....))),.......))))))(((((((...)))))))))))))))..)||||||,|||}}}|..},}))},.,}}},}}}.}}}}.,}}}},))).)|||...}}}}})))}.,))))|||{(.{(((.((((((.....)))))).)))))))))))))).(((((((.,......................(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))).((((......))))....,))}})))).