Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0010100

Sequence Length

1614 nt

GC Content

0.3668

AUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-381.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -415.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 499.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((...(((..(((((........))))).)))...))))))...(((((((..(.....)..)))))))...(((((((((..........(.((((((....((((.((((..((.(((...(((((((..((..((((((((...(((..((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))..)))..)))........(((((((...((((((((.....((.((((...(((........)))..)))).)).......)))))))))))))))..(((((.((((((((((((((..((.(((.((.(((((....((((((......))))))......))))).)).))).....(((.((.....)).)))(((((((...((((((........))).)))...))).)))).....((((((......)))))))).)))))))))..(((((((((....(((((((((............)))).)))))..((((...))))))))))))).......))))).)))))..........(((((.(((........))).)))))..........))))))))....))..)))))))....))).))..))))...)))))))))))(((((((.(((..((.(((((((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........((.((.....)).))(((.........(((((((((....)))).)))))..)))....((((((((.....))))))))))))).)).))))))))))(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))...((((....)))).((((.((.(((((.......)))))..)).))))....)))))))))...(((((......)))))...(((((.(((.(((..........))).))).)))))((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........))))))(((((((...)))))))......(((((..((((((......((.((.....((((((.............))))))(((........))).......((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).))))))))))).)).......))))))..).))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((...(((..(((((........))))).))).,.)))))}...{((((((.,(.....|,,|||||||...{((((((({.........,{.({((((,..,((({,{{{{.,||,|((,,,{{{{{{{,{{{,,{{|||{{{...(({.,((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...)))..)))...)))).)))))..})}.,))).,,,{,.,{({{{,{{{{{{{{{{{{,,.,,.{(((({....|}))}}.,,.,|,,,||||{||,.,{{{{||||||||||||{|{{{((,,{{((((((((,{(((({,{,{,(({((.(((((,,,,({((({......)))))}.,,,..|||,|{||.|||,{..{{{{,{{...,,.,,{||(((((({...,{{{{,,,{{{{{{|,|{}},...{||{|||,.,{{(((((((......}))))),...}}}|||||,,{((((((((,.{{((,,,,|||}......,,,,,|}||,|}},...{{{{...})))}||||,},|{{{...}))),)}))}||..,,,.,.,},||||.|||,..},,}}}})}))))}.,}},,,...,,,},|||{{{{||{{||,,,}|..{{|||{}}..}}}}...||||||}}},,,{|||||{{{.,.{{.{(({{{{{{.{{{((((,((.,(({{{...,))})).)}.))))))).))))}}.......|}},|.,}}}))})}}||}}},....,}|}|,||||}}}})},},...,))))))})}}}}))})))),,,,})}.}},.,}}}},)),))}}}}},.|{((({....(((((((((.....))))))))).....})))}|,.,{{|,}}}))))})))}}}|},((((.{{{.....}},.}}},.....,..)}})))))}..,{{{{|,,,,.,)))),.}}|||||}|{|,{||,.......},))).,))})))}}{(((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),},||||,,},)),)))))...)))))))))..)..))))))))))))){({{......))}|(((.....))),.......)))))},((((((...))))))))))},,))}}){{(((((({{{{{{,,..||||,.|{{|{|.............}}}}},(((........))).}}}}}}||||(.((((.((((((.....)))))).))))})}||{{.(({(({((......,,.,)))),.,,}}}}....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))).{{{{......)))).)).,},,,)}...