Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0011400

Sequence Length

1479 nt

GC Content

0.3644

AUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-345.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -375.90

Frequency: 0.0000

Diversity: 411.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((...(((..(((((........))))).)))...))))))...((((((.........(((((((((((..(((((((((..........(.((((((....((((.((((..((.(((...(((((((..((..((((((((...(((..((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))..)))..)))........(((((((...((((((((.....((.((((...(((........)))..)))).)).......)))))))))))))))..(((((.((((((((((((((..((.(((.((.(((((....((((((......))))))......))))).)).))).....(((.((.....)).)))(((((((...((((((........))).)))...))).)))).....((((((......)))))))).)))))))))..(((((((((....(((((((((............)))).)))))..((((...))))))))))))).......))))).)))))..........(((((.(((........))).)))))..........))))))))....))..)))))))....))).))..))))...)))))))))))(((((((.(((..((.(((((((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........((.((.....)).))(((.........(((((((((....)))).)))))..)))....((((((((.....))))))))))))).)).))))))))))(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))...((((....)))).((((.((.(((((.......)))))..)).))))....)))))))))...(((((......)))))...(((((.(((.(((..........))).))).)))))((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........))))))..(((((...)))))))))))..)))))((((((((((((((....))))).((((((.............))))))(((........)))..)))))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((...(((..(((((........))))).))).,.))))))...((((((.........((((({((((,..(((((((((..........,.{(((((,...((((.((((..((.{(({..(((({,,,{(({,(({{((((...(((.,((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...)))..)))...)))).)))))..))).,))).,,,{...{||||{{{,{({{({{{{...,..{{((({....||}}}}.,,.,||,.}}}}|||,,,{,,,||||||}}}}||||||,((({{.(((((((({(({{{{{|.|{((,((.(({{{....((((((......))))))......}}})},}|.}}}.,..,|||,,,..,{{.,.,|||((({({...{{(({{..,,,,,.|}},}}}...|||,}}},..,,{((((((......})))))},.,})))}}}}..{((((((((,.,,(({,,,|||}....,...,.,}}}},}}},,..{{{{...}))))))))}}}|,{,...,)))}),))}}|..,.,.,.,,|||||.|{|...,..,,}}).)))}}..,},,,...}}}))}}|,,,.||||}}}}})}..|,|}|.}}..}}}}...})}))))))}{{{((((({((,{,{{.((({{((((.{((((((.((..(((({....))))).)).))))))).)))),,.....,.||.{{..,,,)),))}|||||.....,|||{{{{|{,,,,))))},,,})}}))},},,,}))}))))}}},))).}},.,}}}}.}},||||}}},.|||{|{....(((((((((.....))))))))).....}}}|||,,|{{|.,,,)))).)))},,|},((((.,,,...,,))}.)))}..,.....)))))))))..{(((((......))))}.,.|((((.(((.(((..........))).))).))))}{(((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),},||||,,},)),)))))...)))))))))..)..)))))))))))))(({{......})}|(((.....))),.......)))))}.,(((((...))))))))))}..)))))(((((((((({(((....||||,.,{{{{{.............))))},(((........))).))))))))))))))))