Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0015100

Sequence Length

944 nt

GC Content

0.3633

GAAUAAAAAAAUACGUUGUUGGCCUCAUUAUCAAGACGUCAUCUGACCCAACUUGUGUAGAGAAAGAAAAGGUGUAUAUCGGAAAAUUAAAUAUGAUCCUUGUUCAGAUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-198.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -218.84

Frequency: 0.0000

Diversity: 296.56

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(................(((((...............(((....))))))))..((((((((((......(((.(((((...........))))))))(((((((((...))).))))))..(((((........)))))..((((..(((.(((.(((((((..(.....)..)))))))..))).)))..)))).......(.((((((....((((.((((..((.(((...(((((((..((..((((((((...(((..((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))..)))..)))........(((((((...((((((((.....((.((((...(((........)))..)))).)).......)))))))))))))))..(((((.((((((((((((((..((.(((.((.(((((....((((((......))))))......))))).)).))).....(((.((.....)).)))(((((((...((((((........))).)))...))).)))).....((((((......)))))))).)))))))))..(((((((((....(((((((((............)))).)))))..((((...))))))))))))).......))))).)))))..........(((((.(((........))).)))))..........))))))))....))..)))))))....))).))..))))...))))))))))).))))))))))..........((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........)(.((.....)).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,{{{,........,,,{{{(({,((......,,||.|||..,,|},.,..,..((((((((((..,,..(({,(,{{,.{,,........,,}},,,(((((((((...)))}}}))))..(((((........)))))..{{{{..(((.(((.(((((((..(.....}..)))))}}..})).)))..}},,.....,,{.((((((....((((.((((..((.{((,..(((({{{.,{{,,(({{((({...(({.,((((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...)))..))}...)))).)))))..))).,)))....,...(((({{{,,{(({({{{{......{,((({...,||}}},..,.|}},.}}}},}},,,,..,)))))}}}}}}}}}},,{({{{.{{{|||{{{({{{{{||,|{((.((.({{{{....((((((......))))))......))))),)).))),,...|||.....,{{,,..))||{{,{|...{{(({{........})).))}...}}}.))),..,,{((((((......})))))},.,))))}})),,{||||||||,,}.{({{{{{{|,...........)))).)))},..{||{...}))))))))}}}},|,...,))))),|||||..,,,,....,{{||,|{|,,,,..,,|||.,,,,,..}}}}}...}))))))|,,,.||||)))}))}..|,|}|.}}..})))...})}))))))},.})))))))}}..,.......{{((.{((((((.((..((({{....))))).)}.))))))).)))).........}|,,|,}})))},}