Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_XPO1_0015200

Sequence Length

1251 nt

GC Content

0.3693

UAAUCUAUGCCAGCAAUUAUGACAAUGUUAGCAGACCAUGCAGCUCGUCAGCUGCUUGAUUUCAGCCAAAAACUGGAUAUCAACUUAUUAGAUAAUGUGGUGAAUUGCUUAUACCAUGGAGAAGGAGCCCAGCAAAGAAUGGCUCAAGAAGUACUGACACAUUUAAAGGAGCAUCCUGAUGCUUGGACAAGAGUCGACACAAUUUUGGAAUUUUCUCAGAAUAUGAAUACGAAAUACUAUGGACUACAAAUUUUGGAAAAUGUGAUAAAAACAAGGUGGAAGAUUCUUCCAAGGAACCAGUGCGAAGGAAUAAAAAAAUACGUUGUUGGCCUCAUUAUCAAGACGUCAUCUGACCCAACUUGUGUAGAGAAAGAAAAGGUGUAUAUCGGAAAAUUAAAUAUGAUCCUUGUUCAGAUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-275.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -302.23

Frequency: 0.0000

Diversity: 350.30

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..(((...((((.((((......(((((((.(((.((((((....)))))).(((((((((......(((((((((((((......(((((((.(((.(((.((((((.((.........(((((...........))))).....((((((...((((...((((...))))))))((((((..((((((..(((..(((((..((((((.((((((.((.....................)).))))))))))))....))))).....)))...))))))))))))....))))))...)).))))........)).))).))).))))))).....(((....))).......(((((((((((.((..((.((((.(((((...........(((((..(((((((.(((((...(((..(((((........))))).)))...)))))(((.(((((((..(.....)..)))))))..)))((((((.........(((.((.((..(.((((((.....))).))).)..))..)).)))...))))))............(((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))))))))).))))).....(((((((...((((((((.....((.((((...(((........)))..)))).)).......)))))))))))))))))))).)))))).(((((((((..((.(((.((.(((((....((((((......))))))......))))).)).))).....(((.((.....)).)))(((((((...((((((........))).)))...))).)))).....((((((......)))))))).))))))))))).))))))))))).(((((((((............)))).)))))..((((...)))).((((...((((...)))).))))............))))))))))..))).(((((........))))).................)))))))))..))))))))))......((((((........)))))).............((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))))))).)))).)))))))(....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,..(((...((((.((((.....,(((((((.(((.((((((....)))))).(((((((((......{{{((((((((((......{{{,((((((((((..((((...((((((((,..((((({{........}))))).....(({(((...,{{{,,,((((,,,|||||,|,((((((..((((((..(((..(((((..((((((.((((((.((....(.........,,.....)).))))))))))))....))))).....)))...)))))))))))).,..}})}||....,............,,||,||{|,,{{....,||,|,.||{...,}}},,..},,|{{{{{{{{{{.({{,(({{(,((,.{{{.........,,,.,,(((((((((...}))|,})))}..(((((........))))).||,...,,}|||.(((((((((((.((((((.(((((({,..{{{(({{{{.........,{{,{{,{({,..(((,{{.,},.)))}||},||,|||||,.|},,,{|}}}}}....|||,||||||||{.{((((((..{((,,.((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...}||.,|||,,,||}}.|}}}},,})},|}||,,,,{..,|||||,,..,{{{{{{{{...,,.{{((({....|}))}}....,)}},,,))})}},,}}}}))))),)},}}}}||..|,|}}}}}.}))}|)))))})))))),{,,({,,..},,,.{(((({......)))))}...)))))).))))))))))}.,||,......||}},}))}})),})),))}||....,,{.,.|||.||...,}},}}}},.,{{{{{((({......}))}}},,..}}}}..,}}},||||||||}}}.(((((({{(,.......,,..}}}}.})}}}..{|||...,)))}})))}}})))))))))))))..))))))))))}}}))))))))))..}}}.(((((........)))))....,,,..........)))))))))..)))))))))).,....,{((((({{.....}))))......,.......((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))))))).)))).)))))))(....)