Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ZEB1_0011900
Sequence Length
1570 nt
GC Content
0.3522
UUUUCAGUUUAAAUUCUCAACUGGCAAUUGGCCGAAAACUCCCAUCUGAAGACAUGAUCAUCCAAAUGUCAUUUUGUGAUUUGGCUACUGUCUGCUUGACAUAGGAAAGCACUAUCAAGAAAGACUAAUGGAGUGACUAUCAAAAGGAAGUCAAUGAUUUCUUAAGAAUUUACAACAAAACCCUGUCAAAGCAGCAUUCUUACGUGAGAAUUUCACUUACGGGAGAGUUCUUACAGGAUUUCAAGAAGGAAAGCCCUGAAGAGGGACACUGAUUUCCUCAACUGAAUUUAAAAUUGUUACAUGCAGACAUUUUUAAAGGACAACCUUAAACUUCCACCACAAGAGGAAUAUAAAGAGGUCCCUCCUGCACCAAGAAAGAUCUGCAGAUCUUUUUCAGUGUUCUUGGAGGUGUGGGGUGUGAGAACUUGAUCAGUUUGUGUCAGCCACCUUGUUCUCUAAAGGUAAGCACUGUGUAGUGAGUGCACACUCGUGGGCCCAGGCUCCUAACCUAAGACUGGUUUUGGAAUGCUCCAUUGAGGGUGUGAGACCUUCAGACGUUCGCACAGAAGGGAGGCCCUACCUGUGGGUAGGACAUCACACAUUCAUCAAGAGGUGCUUUUCGUUAUUUAGAAGUGAAGCAUGUCCUGGGGAUGUAUGGAUAUUUUUGUUUUGUUUUACUUUAAAAAAAAUCCCAGUCAUAGUAAAACCUUCCAGUUUAGUCUGCAUUUAUUCAGUUAAUAACUGCUGGAGUUAAUCAAAAAUUUUUCUUGUAUGUCUUGAGAUAUGGAUUAAGAAUUUUGAAACAAUGACACCAUUUAGGCAAUCUAGUGACAUAAUAGCUUCAGUUGAUAGAGCCAGCUGUGAAGAAUUACUUUUCAUGAUCUUUUUGAAGCUGUAUCUUAUCUUUACUUCAGGGAAAGCCCCUCAAACCAUUUUGUAUUCUGUAUUACACUUCAGAAAGUGUGGAAGCAAAGGUCAUCUAAUCUUUAAAAGGUAUGUAAUCAUAAAAUUUUUUAUGUCAGAUCUUAAUUGAAAAAUAUUACUUAAAACUUGAAAAAAUUACUUAAAAUUGGCAAUUUCUUUUUCGUCUUACAACUUCUUCCUGUCUUCAGGAAAUGAAGAAUAAAUAUGUUGGUUCUAUCAGGGAAACCUUAUGAAGGAUAAGCAAAUUAAUGUCUGUGCUUUACUUCCAAAUUCUGACAUCAGAAAACCUUAUUGUUAACUAAUAUAAUCUAUAGAUGUCUCUCAAAAUGACCAGUCUUAAAUUCAAAUGUCAUUUGGAUAUCAUUAAUUGACUAUGGAGAAGAGCAGAAGCAUGCUGAUUUCGAAAAUGUCAUUAAUAUUAGGAUUAGGUCAGUCUUAGGCAAGAAUACUUUGAAUAACAAGAGACUAAAUGUCUAGUAAAACAUUUUAGAUUGUAAUUCCCAGUAUUCUGUAGUAUUAACAAUGAGACUUAAAGUACUGGUGAAGACAUUAAAUUUGUCCCUUUCAUUUAUCUUUUCUUAAAGCUCUUAAAGUGAUCCUGAAGACUUUAGUUCUACAAAAUGUGAACUUCUUAUGGACCAUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-387.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -414.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 464.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((((.........)))))).))(((((((((...((.((...((.(((((..........))))).)).)).)))))))))...((((.(((((..(((.......))))))))..))))....(((((...((..(((((((((((...))))))....................(((((..(((.(((..(((..((((((.......))))))..))))))))))))))........((((....((((((.((((((.......))))))..((((((..(((((((((((((((.....(((((((((((..(((((...(((((.........(((((((((((.(((.(((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))....))))).((((((((((.(((((.....)))))(((((.((((((((........)))))..(((((........))))).(((..(((((((..((((((.((((.......))))..)))..)))....(((((((.....)))))))..(.(((.....))).)..))))).))..))))))..)))))))))).)))))...((((.(((((((.(......(((((((((.((((((((((..(((((((......(((((((((((((((....................)))))))).(((((((((((.(((........))))))).....))))))).......(((((((((..(.((((((....)))))).)..)))))))))))))))).....))))....))).))))).))))).(((((((((((((.......)))))(((((((.....))))))).........)))))))).......)))))))))).))))))).))))..))).))))))))))).....((((((....)))))))))))..)))))..))....)))))))))))))))))).....))))))..)).)))).((......))..................................((((((((((((.((((((((...........((((((....)))))))))))))).)))).))))))))...))))))...))))(((((((....((((((((((((((..(((.(((((.....(((((....)))))...((((((((((((((..............(((((.......(((((((((((((((((((((...))))))))...((((((.(((..(.((((..((((......))))..)))).)....))))))))).)))))))).))))).....)))))((((((((..((((.((((......((((((........))))))....)))).))))..)))))))).))))..)))))))))).....)))))..)))..))))))).)))))))..)))))))....)))))..))..)))))...((((.(((..((((....(((((.(((...))))))))))))..))).)))).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{.{(((((.,.......}))))|.,,,{(((((({...{{.{{...{{,(((((..........))))).}},}),)}))))))),.,((((.(((({|,{{(,..,,|.||}}}|}}..}}})...|||||||,,|.||...{(((((((...)))))))}..}},.,,..........{{{({..|{|,|||{{(((,.((((((.......)))))).,)))))|}||,||||.{{((...,,{|}}}.{||||,.{|((((.......}))))},{(((({.,{(,,,.(((((((((({{{{.,,{{{{{((({..{{(({...((((({,,.,..|,||||,,,,,,|,{||.|||||.((((..(((((((((....)))))))))..))))..,,)}}))||{||||({{(,{{{({,,,,,||||},,||}}|{,{((((........)))))..(((((........))))),|},..|,((((....))})}..,,(,,.{{{{||}}.{{((..,.}}},,(((((((.....)))))))},|,|||.{{{{|,|{{{.,.}}}|,,|}}}}||||||||{|||,{(((({.{{{.((.((((((({(.,......||||.||})))}.}}.|}|}))))}.||{,,....,|||{.|||||||||............,,,,,,.,))},}}}),||||{||,,,}}|||}},...,{|||{........))))))|{,..{({(((((((((..(.((((((....)))))).)..)))))))))))}}}||{|...,))}.,{{|...}))))})))),..|||,|))}}}|((((((((((((,(((((((.....))))))),.,{{{{{|||||.|},.....{{||||,|||||(((....,))))|,.|,,.,}}})},,,,,....{((((({....))))))))))).})))))..,.....))))))))))||||||,,|||{,|,,||}||}}}|,|,....,,,.||}......,,,..,......,{{{{{{{{{.,,.....,,||,|||||.||||||||.......{{{{((((((....)))))),,)))),,..,,...))))))))))))||||...}}}.{((((((....((((((((((((((.,(((.(((({.....(((((....)))))...((((((((((((({.......,....,,{((((.......(((((((((((((((((((((...))))))))...(((((,{(((..{.((((..((((......))))..)))).}....))))))))).)))))))).))))).....))))}((((((((..((((.((((....,.((((((........)))))).,,.)))).))))..)))))))).)))}.,)))))))))).....)))))..)))..)))))))))})))))..)))))))....,}}}}},,,,,,.,.,...{(((.(((..((((....(((((.(({...})))))))))))..))).))))..,
Back