Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZEB1_0013000

Sequence Length

1090 nt

GC Content

0.4119

UUUUCAGUUUAAAUUCUCAACUGGCAAUUGGCCGAAAACUCCCAUCUGAAGACAUGAUCAUCCAAAUGUCAUUUUGUGAUUUGGCUACUGUCUGCUUGACAUAGGAAAGCACUAUCAAGAAAGACUAAUGGAGUGACUAUCAAAAGGAAGUCAAUGAUUUCUUAAGAAUUUACAACAAAACCCUGUCAAAGCAGCAUUCUUACGUGAGAAUUUCACUUACGGGAGAGUUCUUACAGGAUUUCAAGAAGGAAAGCCCUGAAGAGGGACACUGAUUUCCUCAACUGAAUUUAAAAUUGUUACAUGCAGACAUUUUUAAAGGACAACCUUAAACUUCCACCACAAGAGGAAUAUAAAGAGGUCCCUCCUGCACCAAGAAAGAUCUGCAGAUCUUUUUCAGUGUUCUUGGAGGUGUGGGGUGUGAGAACUUGAUCAGUUUGUGUCAGCCACCUUGUUCUCUAAAGUUACAAAUUAUAAUACUGUGGUAGAAACAAAUUCAGAUUCAGAUGAUGAAGACAAACUGCAUAUUGUGGAAGAAGAAAGUGUUACAGAUGCAGCUGACUGUGAAGGUGUACCAGAGGAUGACCUGCCAACAGACCAGACAGUGUUACCAGGGAGGAGCAGUGAAAGAGAAGGGAAUGCUAAGAACUGCUGGGAGGAUGACACAGGAAAGGAAGGGCAAGAAAUCCUGGGGCCUGAAGCUCAGGCAGAUGAAGCAGGAUGUACAGUAAAAGAUGAUGAAUGCGAGUCAGAUGCAGAAAAUGAGCAAAACCAUGAUCCUAAUGUUGAAGAGUUUCUACAACAACAAGACACUGCUGUCAUUUUUCCUGAGGCACCUGAAGAGGACCAGAGGCAGGGCACACCAGAAGCCAGUGGUCAUGAUGAAAAUGGAACACCAGAUGCAUUUUCACAAUUACUCACCUGUCCAUAUUGUGAUAGAGGCUAUAAACGCUUUACCUCUCUGAAAGAACACAUUAAAUAUCGUCAUGAAAAGAAUGAAGAUAACUUUAGUUGCUCCCUGUGCAGUUACACCUUUGCAUACAGAACCCAACUUGAACGUCACAUGACAUCACAUAAAUCAGGAAGAGAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-266.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -288.05

Frequency: 0.0000

Diversity: 302.33

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((..............((((.....))))...........)))))))..(((((.(((..((((((...((((((((((.....((((.(((((..(((.......))))))))..))))....((((((((((.....((((((((...))))))))...................((((....)))).(((((..((((((.......))))))..))))).....((((.((((......))))..))))..(((((((.((...((((((.........(((((.((((.......)))).)))))((((....))))...............)))))).....))..)))))))........(((((((((....)))))))))..(((((((((((((.(((((((((.....(((.((((((((((.((.(((((..((((...................))))..))))).)).)))))))....((((.....))))......((((((.((((((.(........).))))))))))))(((.((((..((((...((...))...))))....))))..)))(((((((...(((((((.((((((.....((.........))....))))))(((((((((((((((..........((.....((((((..((((((...))))))........)))))).....))....(((.(((..(((...(((...........))))))....))).)))....(((((.(((...))).)))))........))).))))))))))))........((....))(((((..(((..((....))....)))..))))).((.((((((((.(........).))))))))))....))).))))...)))))))))).))).......))))))))).)))))..))))))))......((((.((((.......)))).))))....)))))))))).(((((((........)))))))......)))).......))))))))))))...........)))...))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((..............{(((.....)))}.........,.}}}}}}}..(((((.(((..{{({(,{,,{{((((,||{,,..,((((.(((({,,{{(,..,,|.}|})))})..})))...}|}}|||{||.|{...{(((((((...)))))))}..,...............{((({..{{|,||{,{(((,.((((((.......)))))).,)))))||||}||||.{(((,,,..{|}},.{|||,..,||||,|.,{,.,(((|(({.{(({{(((((((.((((.......)))).)))))||((,...||||..,{{(({{,{.,,,||||,}......,,,}},}}}),,((((..(((((((((....)))))))))..))))}}}})|})))},}}}}}|||||,,{{|,,|||{{((({.{{.{{{{{.,{(({,,,,,.,,...........,,,},,))))).)}.))))})}.,}})}))).))},})},.,...((((((.((((({.{........}.))))))))))))(((..(((((((((((({({.,({.,{,,(((....)))..}}....(((((..((((((((((((((.....{,.........))....))))))(((((((((((((((,...,,...,{,.....((((((..((((((...))))))........)))))).....,,....{{(.(({..{{{..,|||..,,,......},.))}....)}).})),,..(((((.(((...))).)))))........))).)))))))))))){{((,,..{{....}}(((((..(((.,({....))....)))..))))).{{.((((((((.(.,....,.).))))))))}}....}}},.((((({{...,).))))){{{{.......)))),.))))))))....))))),,{{{,((((.((((.......)))).))))..,}))))}}}}})}}||},,|.})))))))))))..)))...}}..,,}}}..|||},,,))),},.......,..})).,,))))).