Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZEB1_0014000

Sequence Length

365 nt

GC Content

0.4027

GAAAGCACUAUCAAGAAAGACUAAUGGAGUGACUAUCAAAAGGAAGUCAAUGGACAACCUUAAACUUCCACCACAAGAGGAAUAUAAAGAGGUCCCUCCUGCACCAAGAAAGAUCUGCAGAUCUUUUUCAGUGUUCUUGGAGGUGUGGGGUGUGAGAACUUGAUCAGUUUGUGUCAGCCACCUUGUUCUCUAAAGGGAAAGCCCCUCAAACCAUUUUGUAUUCUGUAUUACACUUCAGAAAGUGUGGAAGCAAAGGUCAUCUAAUCUUUAAAAGAGAUGGGACAACAAAGAAAUUCUAGCCUUUGGAGACAUCUAGACCAGCACUAUAUGGUACAAAGAUAAUUCGAGCCAUAAAUAGAAGCUAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-82.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -89.90

Frequency: 0.0000

Diversity: 89.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((.(((...........))))))).)).......((((((....((....))....)))))).........(((((((((((.(((.(((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))....)))))((.(((((..(((((((((((........))))).......))))))..........))))).)).))).)))))))))))....(((((((....)))))))....(((((((..(((.((((((...)))))).)))......(((...))).))))))).....((((..((((........))))....))))..)))((((...........))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.((((((.(((,,.....,,..))})))).)).}}....((((((....((....)),,..}))))).........{((((((((((.(((.(((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))....))))){(.(((((..(((((({,({..,,.....}})))....,..))))))..........))))).)}.))).))))))))))},,.,{((((({....}))))))),,}|,,,((({.{{{.{(((({...}})))},|}}...,..{{....}}}..,)))))||,...|||.}|||({{.{{{{{||||....,||...,))|,||}}},..}}}..))).,